1．為什么通過elisa、WB能檢測到的蛋白在itraq實驗中沒有檢測到？
       人血漿中的蛋白是有上萬種的，而一般質(zhì)譜只能檢測到五六百種，也就是說只占了其中的百分之幾，這是普遍現(xiàn)象，說明咱們的方法是不存在問題的；其次，ELISA/WB與質(zhì)譜相對來說靈敏度不一樣，前者具有放大效應(yīng)，因為其間會用到相應(yīng)的抗體，所以只要選對抗體，感興趣的蛋白基本都會被檢測到；因此， ELISA/WB檢測到的蛋白在組學(xué)中沒有被檢測到也是正常的。
 
2．itraq的結(jié)果，用elisa驗證了兩個差異蛋白，發(fā)現(xiàn)都是陰性結(jié)果，是什么情況，出現(xiàn)陰性的概率有多大？一般我們會提到這個概率嗎？
       iTRAQ結(jié)果中，選擇的蛋白是否得分夠高，變化倍數(shù)大不大，選擇的抗體特異性是否好，都可能會影響WB和iTRAQ的結(jié)果，如果以上三方面沒有什么問題的話，基本上80%還是方向一致的。
 
3．iTRAQ、TMT、Labe lfree實驗用的是什么質(zhì)譜儀，其定量是基于一級質(zhì)譜還是二級質(zhì)譜？
       基于LC-MSMS的實驗技術(shù)主要使用的是ABI5600-Triple-TOF，同時公司也具有Thermo Q-Exactive質(zhì)譜儀平臺，部分實驗項目使用的是QE-Exactive完成。其中標(biāo)記定量技術(shù)iTRAQ和TMT是依據(jù)二級質(zhì)譜的報告基團離子峰進行定量，而Labe lfree是基于一級質(zhì)譜峰進行定量。
 
4．蛋白組學(xué)實驗文章一般發(fā)表在哪些期刊上，各有什么區(qū)別？
MCP（molecular & cellular proteomics（影響因子7分左右）
JPR(journal of proteome research（影響因子5分左右）
Proteomics（影響因子4分左右）
Journal of Prteomics(影響因子4分左右),
Electrophoresis(影響因子4分左右),
Plos One(影響因子3分左右),
其它的雜志還包括BMC Genomics, Expert Rev Proteomics, BMC Syst Biol, OMICS, Proteomics Clin Appl, Proteome Sci
 
5．有兩個Mix混樣，在計算差異表達蛋白時如何使用？
       計算差異表達蛋白時，將WT組（113、114、115）與Mix1（119）和Mix2（121）的比值取平均值，APO1組（116、117、118）與Mix1（119）和Mix2（121）的比值取平均值，平均值再進行差異篩選。
 
6．生物學(xué)重復(fù)和技術(shù)重復(fù)的區(qū)別？
       生物學(xué)重復(fù)是指不同生物個體或者不同生物群體的樣品之間進行地相同處理而進行的實驗，而技術(shù)重復(fù)是指同一樣品進行的多次相同實驗。舉例：對來自三只健康小鼠A、B、C的血清樣品分別各進行一次雙向電泳，這三次雙向電泳就是生物學(xué)重復(fù)；而取其中一只小鼠的血清樣品進行三次雙向電泳，或者將三只小鼠的血清混合后的樣品進行三次雙向電泳，這三次實驗就是技術(shù)重復(fù)。總結(jié)生物學(xué)重復(fù)的樣品來自不同的個體或者是群體，重復(fù)之間樣品不同；而技術(shù)重復(fù)的幾次實驗的樣品完全相同，可以來自單一個體，也可以是多個個體的混合樣品，但用于重復(fù)實驗的樣品完全一樣。
 
7．結(jié)果報告中怎么沒有差異多肽的定量？
       多肽組質(zhì)譜數(shù)據(jù)進行搜庫匹配后的結(jié)果會進行歸一化整理并尋找差異多肽，所以說差異多肽的定量結(jié)果是有的，且以Excel發(fā)給客戶，報告中一般會提及差異多肽的個數(shù)，具體的定量信息如果客戶有需求也是可以添加的。
 
8．哪些技術(shù)需要進行重復(fù)實驗，以及具體采用生物學(xué)重復(fù)還是技術(shù)重復(fù)來完成？
       Label free需要進行三次重復(fù)，而iTRAQ、TMT一般建議客戶做3次實驗重復(fù)，如果實驗方案后期設(shè)計了大量的驗證實驗如WB或ELISA等，最好做也能做兩次重復(fù)；如果不進行重復(fù)實驗后期的驗證實驗也少，在后期發(fā)表文章的時候結(jié)果可能會受到一些審稿人的質(zhì)疑，從而影響文章的發(fā)表，特別是一些高分雜志較為突出，對于立志于發(fā)表高水平文章的研究人員建議客戶最好進行重復(fù)實驗設(shè)計。如果是進行技術(shù)重復(fù)，各實驗結(jié)果之間的數(shù)據(jù)重復(fù)性會更好，而生物學(xué)重復(fù)由于多種原因可能導(dǎo)致重復(fù)性與偏差或者不好，一般情況下Label free最好使用技術(shù)重復(fù)，這樣有利于后續(xù)數(shù)據(jù)的分析，而其他是實驗可以采用生物學(xué)重復(fù)或者技術(shù)重復(fù)。代謝組根據(jù)樣品的不同選擇合適的數(shù)量進行生物學(xué)重復(fù)。
 
9．如何來判定哪些蛋白是和自己研究相關(guān)的蛋白，挑選什么樣的蛋白來進行后期的驗證實驗？
       需要研究人員根據(jù)自己研究的相關(guān)生物學(xué)背景，再結(jié)合生物信息學(xué)分析的結(jié)果，以及查看相關(guān)的文獻資料來確認(rèn)哪些蛋白可以用于后續(xù)深入的研究。
 
10．樣品寄送過程，哪些需要低溫？哪些需要干冰？哪些常溫就可以？
       細(xì)胞、組織、蛋白溶液、菌體等樣品最好采用干冰運輸，對于SDS-PAGE條帶和2D點以及酶解好的肽段樣品直接常溫運輸即可�？梢岳斫鉃樾枰�提取蛋白或提取好的蛋白樣品（易降解）都需要低溫運輸，而處于凝膠中的蛋白或者是酶解好的肽段可常溫運輸。
 
11．哪些樣品需要去除高豐度蛋白？怎么去除？
（1）一般情況下，血清、血漿樣品中都會存在高豐度蛋白（白蛋白等免疫蛋白），如果客戶是此類樣品，需提前跟客戶溝通好，一定需要去除高豐度蛋白；目前有成熟的試劑盒可以去除血清中的高豐度蛋白。

（2）體液樣品，細(xì)胞培養(yǎng)液等樣品，出現(xiàn)高豐度蛋白的情況也比較高，這類樣品，如果出現(xiàn)高豐度蛋白，需要先通過質(zhì)譜鑒定是否是常見免疫蛋白，然后再采用高豐度蛋白去除試劑盒進行去除。
 
（3）其他樣品存在高豐度的情況不常見，如在實驗過程中發(fā)現(xiàn)高豐度蛋白，解決方案如上。其他樣品可能會出現(xiàn)鑒定出來的高豐度蛋白沒有合適的試劑盒可以去除，這時候需要跟客戶提前告知風(fēng)險。
 
12．蛋白質(zhì)組結(jié)果一般需要做哪些方面的生物信息學(xué)分析？
       目前一般文獻中的分析主要為維恩圖分析、熱圖分析、火山圖分析、層次聚類分析、蛋白質(zhì)功能分析（GO分類為主）、蛋白質(zhì)所屬代謝通路富集分析（基于KEGG的pathway）、差異蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測等方面。
 
       其它一些比較特異的高級分析包括多組數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析、多pathway延伸分析、磷酸蛋白激酶預(yù)測分析、互作網(wǎng)絡(luò)及生物調(diào)控模型構(gòu)建分析。