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細(xì)胞系錯誤鑒定:終結(jié)的開始

瀏覽次數(shù):3719 發(fā)布日期:2016-6-29  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

2010年5月ATCC SDO(Standards Development Organization)工作組在Nature review cancer雜志上發(fā)表了題為《Cell line misidentification:the beginning of the end》前瞻性報道。以下是全文內(nèi)容。

摘要:

細(xì)胞系作為正;蚰[瘤組織的模式細(xì)胞被廣泛應(yīng)用于科學(xué)研究和藥物開發(fā),然而很大一部分的細(xì)胞系被錯誤標(biāo)記或被其它個體、組織、種系來源的細(xì)胞所替代,由于科學(xué)界無法解決此類問題以致大量因使用錯誤鑒定的細(xì)胞系而導(dǎo)致誤導(dǎo)或存在潛在錯誤的學(xué)術(shù)論文發(fā)表。通過近年來的努力而開發(fā)出的STR分型方法已成為對人源細(xì)胞進(jìn)行鑒定的標(biāo)準(zhǔn)方法,STR分型的應(yīng)用成為根除細(xì)胞錯誤鑒定這一問題的重要一步。

細(xì)胞系作為體外模型而被廣泛應(yīng)用于生物醫(yī)學(xué)研究。正確數(shù)據(jù)的獲得常常依賴于細(xì)胞系的特性,尤其是當(dāng)它用來替代其來源者的組織時。令人感到驚訝的是,細(xì)胞錯誤鑒定的發(fā)生率卻不低,以致原來把某一細(xì)胞歸為另一細(xì)胞系的來源者通常都是錯誤的?。細(xì)胞錯誤鑒定問題已有50年歷史,基于國際細(xì)胞庫的分析數(shù)據(jù)顯示:1977年細(xì)胞錯誤鑒定率為16%,1999年為18%,直到最近幾年,應(yīng)用于生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的細(xì)胞系需要鑒定的問題仍然很少有人關(guān)注。于是ATCC標(biāo)準(zhǔn)開發(fā)組織工作組ASN-0002(SDO,一個目前正在開發(fā)人類細(xì)胞系鑒定標(biāo)準(zhǔn)的工作組)成員寫了這篇科學(xué)與社會文章。ATCC SDO成立于2007,旨在開發(fā)最好的應(yīng)用于生命科學(xué)的標(biāo)準(zhǔn),及使用一致的工序來平衡工業(yè)界、政府、協(xié)調(diào)部門和學(xué)術(shù)界的意見。我們期望此標(biāo)準(zhǔn)草案能夠在2010年得到公眾的審查和評論,隨后,最終草案被美國國家標(biāo)準(zhǔn)研究院(ANSL)批準(zhǔn)。

這里我們描述了細(xì)胞錯誤鑒定形成的原因、給科學(xué)界帶來的影響和歷史,以及為解決此問題所做的努力。我們討論了目前能用于細(xì)胞鑒定的不同方法并推薦使用STR分型來鑒定人類細(xì)胞系;蛟S因為其重要性,一個通用的STR分型數(shù)據(jù)庫正在建設(shè)當(dāng)中。

細(xì)胞錯誤鑒定的發(fā)現(xiàn)

人類和動物細(xì)胞培養(yǎng)物的錯誤鑒定是一個長期的問題,最初意識到此問題可追溯到上世紀(jì)50年代。核型分析和免疫學(xué)方法最先被應(yīng)用于細(xì)胞鑒定,當(dāng)大量的種系錯誤鑒定被報道后,促使ATCC在1962年建立細(xì)胞系鑒定庫。

種內(nèi)的細(xì)胞在1962年還不能鑒別,到1966年Stanley Gartler引入生化多態(tài)性的概念來對人類細(xì)胞進(jìn)行鑒別(基于同工酶的表達(dá))。1966年,在關(guān)于細(xì)胞、組織及器官培養(yǎng)的第二個十年回顧會議上,Gartler報道了這樣一個現(xiàn)象:據(jù)推測來源于18個獨立個體的細(xì)胞系卻全是Hela細(xì)胞(Hela細(xì)胞為人類第一個被建立的細(xì)胞系),例如包括來源于正常腸上皮細(xì)胞(Int-407)、正常羊膜細(xì)胞(WISH)、正常肝細(xì)胞(Chang liver)、喉癌(Hep-2)和口腔癌(KB)。Hela細(xì)胞來源于一位名叫Henrietta Lacks的宮頸腺癌患者,由于Hela細(xì)胞享有非凡的地位所以它被分派至世界各地,流行于各實驗室之間。因此,直到如今,許多科學(xué)家都還未察覺到Hela細(xì)胞存在與其它細(xì)胞發(fā)生交叉污染的可能性。Hela細(xì)胞具體極強和快速的生長能力,由于生長過快以致它會很快抑制其它細(xì)胞的生長。

否認(rèn)和自滿

對于Gartler的發(fā)現(xiàn),一些人甚至那些應(yīng)該知道更多的科學(xué)家們都表現(xiàn)出了抵制和敵對的態(tài)度,但是有一位科學(xué)家Walter Nelson-Rees,對Gartler的話引起了特別注意。Nelson-Rees承包了一家從屬于國家腫瘤研究院的細(xì)胞庫,他與同事們開發(fā)出一種利用核型分析來對細(xì)胞進(jìn)行鑒定的方法,他在一系列發(fā)表的文章中指出:在送至細(xì)胞庫的培養(yǎng)物中,據(jù)稱為一個獨特的細(xì)胞培養(yǎng)物里面卻存在大量的交叉污染,Nelson-Rees的工作表明,由Hela細(xì)胞引起的交叉污染極為普遍,甚至經(jīng)過多年后所有的細(xì)胞系都可能被懷疑是Hela細(xì)胞,除非可以證明它不是。Nelson-Rees不僅在科學(xué)文獻(xiàn)中提出需要注意交叉污染問題,他還通過信函通知受此問題影響的科學(xué)家。Nelson-Rees對細(xì)胞鑒定最后的貢獻(xiàn)于2009年發(fā)表(逝世后不久)。

當(dāng)Nelson-Rees第一次公布他的發(fā)現(xiàn)時,一些科學(xué)家根本不予理睬甚至否認(rèn)他的證據(jù),并繼續(xù)發(fā)表包含錯誤信息的學(xué)術(shù)論文。結(jié)果,Nelson-Rees在想不出任何辦法下只得對使用了污染細(xì)胞系的論文或個人進(jìn)行了標(biāo)注。在那個時代(也許今天),Nelson-Rees的行為被認(rèn)為是非科學(xué)的,他受到了許多同僚的攻擊。他將自己標(biāo)榜為治安維持會會員,1981年,NIH終止了與他的合同。自從那以后,細(xì)胞錯誤鑒定現(xiàn)象愈演愈烈,問題逐步擴大。接下來的10至20年內(nèi),細(xì)胞庫分發(fā)了許多錯誤命名的細(xì)胞。

評估由交叉污染或細(xì)胞錯誤鑒定而產(chǎn)生多少誤導(dǎo)性和錯誤的研究是困難的。從1969到2004年,錯誤鑒定培養(yǎng)物的使用在PubMed數(shù)據(jù)庫中增加了大約10倍,而使用培養(yǎng)細(xì)胞發(fā)表的論文僅增加了2-2.5倍。到2004年,Hela細(xì)胞只是冰山一角,許多其他細(xì)胞系在不同“外衣的偽裝”下盛行于世界各地實驗室。

一項針對正在從事細(xì)胞培養(yǎng)的工作人員調(diào)查顯示:483例被調(diào)查者中,32%使用了Hela細(xì)胞,9%的人在不知情下使用了Hela污染物,只有33%的調(diào)查者對他們使用的細(xì)胞進(jìn)行了鑒定。35%的人獲得細(xì)胞的途徑是其他實驗室,而不是大的細(xì)胞庫。

在過去的超過50年的時間,對于細(xì)胞錯誤鑒定問題,盡管有人會自鳴得意,并在一些情況下人們最初的反應(yīng)為否定,但仍有一小部分的人致力于補救此問題。在個人努力中其中占大部分的是相關(guān)人員寫信給編輯要求審稿人注意細(xì)胞錯誤鑒定問題,以及要求作者提供證據(jù)以證明在研究中使用的細(xì)胞系既沒有交叉污染也不是錯誤鑒定的細(xì)胞。但這些努力在Nelson-Rees的合同終止后大部分都被忽視了,盡管當(dāng)時DNA指紋識別技術(shù)的出現(xiàn)帶來了新的和更多再生的方法,這一技術(shù)在90年代初期一再揭示了細(xì)胞錯誤鑒定的程度。

2004年,Roland Nardone開始了第二次的改革運動,他得到了后來成為ATCC 標(biāo)準(zhǔn)制定組織副主席的Joseph B. Perrone的支持,Joseph B. Perrone不僅為他提供了許多的主意,并且還提供了激發(fā)這場改革運動的所需要的義憤。與其他相關(guān)的科學(xué)家一起,Nardone提出了一個全面而相互協(xié)調(diào)的倡議,以同時尋求引起對此問題本質(zhì)和重要性的意識和請求受此問題影響的組織和個人的參與,這些組織包括NIH,Howard Hughes醫(yī)學(xué)院。

案例和影響

交叉污染和錯誤鑒定已有一段很長的歷史,這其中有許多的案例,我們很難去判斷哪一個是最重要及代價最高的。

已被描述的經(jīng)典案例是Hela細(xì)胞污染(關(guān)于Hela細(xì)胞污染有好幾個案例),令人驚奇的是,許多被Hela細(xì)胞污染的細(xì)胞系居然在一些備受尊敬的雜志上仍被使用,而這一使用距離它們最先發(fā)現(xiàn)為Hela細(xì)胞的時間長達(dá)40年之久。

T24是另外一種生長快速的細(xì)胞系,它常常污染許多經(jīng)推測來源于不同膀胱癌的細(xì)胞系。EVC304最先被認(rèn)為是自發(fā)轉(zhuǎn)化的人類正常內(nèi)皮細(xì)胞系,但后來卻發(fā)現(xiàn)它是T24膀胱癌細(xì)胞系。令人感到意外的是,EVC304不是內(nèi)皮細(xì)胞的這一論述對它作為內(nèi)皮細(xì)胞模型的公開發(fā)表幾乎沒多大影響。

推測來源于人類的前列腺癌細(xì)胞系TSU-Pr1和JCA-1也是來源于T24膀胱癌細(xì)胞系。這些研究發(fā)表在雜志Cancer Research上,但它并不能阻止后來一篇TSU-Pr1作為前列腺癌細(xì)胞系模型的研究論文發(fā)表在Cancer Research上。

DNA指紋分析揭示NCI/ADR-RES細(xì)胞系實際上為卵巢腫瘤細(xì)胞系OVCAR-8,而不是乳癌細(xì)胞系。大約有300篇已發(fā)表的論文使用了錯誤鑒定的NCI/ADR-RES細(xì)胞系。NCI/ADR-RES包含在NCI60細(xì)胞,兩者STR分型相同。

1篇描述食管細(xì)胞系錯誤鑒定的論文宣稱:基于這些被污染的細(xì)胞而產(chǎn)生的實驗結(jié)果導(dǎo)致繼續(xù)的臨床試驗需招募EAC(食管腺癌)病人,以及需得到超過100多個刊物和至少三個NIH腫瘤研究所的承認(rèn),還牽涉到11個US專利。

長達(dá)50年的壓制,為什么?

這里有三大群體需對細(xì)胞錯誤鑒定負(fù)責(zé):科學(xué)家個人、科學(xué)期刊、資金管理部門。在過去50年大部分時間里,只有科學(xué)家個體對此問題提出了抗議。然而要想擺脫許多科學(xué)家故意公然使用錯誤鑒定的細(xì)胞系這一結(jié)論是很難的,再者,作者通常會很不情愿發(fā)表一項基于使用錯誤鑒定細(xì)胞的聲明。

John Maddox,Nature雜志的編輯,在1980年針對引人注目的交叉污染問題寫了一篇評論,標(biāo)題為“科研工作需為誠信負(fù)責(zé)”。盡管他對此問題幾乎完全缺乏洞察力,但他提出建議:沒有理由懷疑眾所周知的少數(shù)幾個案例在任何意義上只是交叉污染問題的冰山一角。在相同的評論里,一些科學(xué)家們像Nelson-Rees遭受誹謗,因為這篇文章指出:如果這些文明行為(即科研中的誠信問題)遭到自詡為治安團成員的破壞,那么它將成為一場災(zāi)難。細(xì)胞系交叉污染的歷史暗示誠信并不像許多科學(xué)家們希望相信的它適用于世界各地科學(xué)界的那樣。

與此問題相關(guān)的科學(xué)雜志編輯的回應(yīng)繼續(xù)不斷地得到啟發(fā)。數(shù)百篇科學(xué)雜志文章描述了細(xì)胞錯誤鑒定的事例,但直到現(xiàn)在,科學(xué)雜志或資金管理部門還沒有采取根除此問題的行動。

一個很有影響力的組織培養(yǎng)期刊的編輯被邀請考慮將細(xì)胞鑒定作為發(fā)表論文的必要條件,但他回應(yīng)說:那將是財政自殺。其它期刊的編輯也拒絕考慮這一質(zhì)控方案,他們認(rèn)為一旦引進(jìn)這一發(fā)表論文的障礙,那些有意愿投稿至他們雜志的作者人數(shù)將會大大減少。

在過去的兩年里,態(tài)度開始發(fā)生改變,一些期刊如In Vitro Cellular and Developmental Biology、International Journal of Cancer、Cell Biochemistry 和Biophysics and the American Association for Cancer Research(AACR) journals要求細(xì)胞系在發(fā)表前需做鑒定。Nature雜志指出:首先基金組織必須要求細(xì)胞進(jìn)行鑒定并提供必要的資金。一旦他們這樣做了,Nature將會在文章發(fā)表之前要求細(xì)胞鑒定。與此同時,基金組織繼續(xù)對此問題置之不理。

基金組織是維持科學(xué)標(biāo)準(zhǔn)最有權(quán)力的部門,但令人驚奇的是,他們拒絕考慮處理甚至不承認(rèn)細(xì)胞錯誤鑒定問題。例如,NIH發(fā)表于2007年的通告忽視了科學(xué)家個體和審稿人未能解決細(xì)胞錯誤鑒定這一問題。一位Nature編輯指出:這一通告只不過讓人強迫接受這一現(xiàn)狀。

一些科學(xué)家個人嘗試去解決這一問題,但卻遭遇來自基金部門不予幫助的回應(yīng),他們要么趨于否認(rèn)要么將問題弱化。來自Cancer Research UK的一位資深科學(xué)家最近的一項聲明提出:細(xì)胞錯誤鑒定問題每一年都有抬頭;鸩糠炙坪跻咽艿竭@個問題的威脅并對試圖解決這一問題的科學(xué)家們加以抵抗,另外基金部分對那些試圖尋找解決方案的科學(xué)家予以非難以及使他們喪失名譽。

任何在美國或英國的支持生物醫(yī)學(xué)研究的主要基金部門本應(yīng)在過去的10年里面根除細(xì)胞系錯誤鑒定問題,而根除這一問題所需經(jīng)費要少于科學(xué)與社會所公布的基金部門提供給每一項目的平均經(jīng)費。然而,這些基金部門一次又一次地忽略,或是在某些情況下壓制有關(guān)這一問題的爭論,并且繼續(xù)為使用錯誤細(xì)胞的研究項目提供資助。有關(guān)基金部門對科學(xué)進(jìn)行歪曲和欺騙控制這一角色可能存在更大的牽連。

對于細(xì)胞系錯誤鑒定問題不管是期刊還是基金部門都應(yīng)是無法容忍的。有跡象表明,Nardone的“討伐”運動正在不斷地獲得影響力,并且人類細(xì)胞系鑒定的標(biāo)準(zhǔn)將會成為Nardone遺產(chǎn)中一個明確的證據(jù)。

細(xì)胞錯誤鑒定的根源

大部分的細(xì)胞系在學(xué)術(shù)環(huán)境中被建立,在學(xué)術(shù)環(huán)境下,組織培養(yǎng)通常被認(rèn)為是一種對技能少有要求的技術(shù),其所用到的必要設(shè)備如流動柜和孵育箱使用起來沒什么限制。在這些情況下,嘗試建立一種新的細(xì)胞系通常會導(dǎo)致交叉污染是不足為怪的。在送至德國的微生物和細(xì)胞培養(yǎng)收藏所的550個個白血病和淋巴瘤細(xì)胞系中,59/395(15%)被初創(chuàng)者送來的細(xì)胞系以及23/155(15%)的二級來源是錯誤的。可以推測大部分二級來源的細(xì)胞系已被交叉污染或被初創(chuàng)者錯誤鑒定。

有許多緣由可以引起細(xì)胞培養(yǎng)物錯誤鑒定,每一個實驗室都存在風(fēng)險;蛟S細(xì)胞錯誤鑒定最直接的原因就是在常規(guī)操作過程中對細(xì)胞培養(yǎng)容器進(jìn)行了錯誤標(biāo)記。造成這種問題出現(xiàn)的原因有:實驗員的工作負(fù)荷、缺乏注意以及在細(xì)胞操作過程中的分心。

培養(yǎng)物的交叉污染以及隨后污染細(xì)胞的過量生長是另一個引起細(xì)胞系錯誤鑒定的常見原因。這種情況發(fā)生的幾率在以下條件會增加:試劑的共用、在再喂養(yǎng)操作時反復(fù)使用相同的試管、在沒有充分分離每一細(xì)胞類型情況下同時對多個培養(yǎng)物進(jìn)行操作。當(dāng)交叉污染發(fā)生時,一種細(xì)胞類型迅速生長而超過另一種,在4-5次細(xì)胞傳代后,一個純的污染細(xì)胞培養(yǎng)物將會形成。

在使用其它物種的滋養(yǎng)層(例如小鼠3T3細(xì)胞)來繁殖人類干細(xì)胞或原始細(xì)胞時有意地共培養(yǎng)會導(dǎo)致交叉污染或人類細(xì)胞系過生長。正常情況下,滋養(yǎng)層細(xì)胞處于無增殖狀態(tài),但只要生長抑制程序不完全,它就會不斷繁殖并逐步取代人類細(xì)胞。體細(xì)胞雜交雖不常見但也會發(fā)生,如人類套細(xì)胞淋巴瘤細(xì)胞系NCEB-1就攜帶了小鼠的七條染色體。

異種移植也會導(dǎo)致細(xì)胞系交叉污染和錯誤鑒定,來自異種移植的復(fù)蘇細(xì)胞會被宿主動物細(xì)胞所替代。

一般而言,交叉污染最終的結(jié)果將會是少量適應(yīng)細(xì)胞完全且快速的替代。兩個細(xì)胞系不能持續(xù)共存于同一個培養(yǎng)環(huán)境,除非它們是共生關(guān)系,但這種情況據(jù)我們所知還未有報道。一個細(xì)胞群經(jīng)過許多次傳代后還能包含一個穩(wěn)定的混合基因組,唯一已知的情況是接續(xù)的體細(xì)胞雜交。

簡單、經(jīng)濟的質(zhì)控措施能夠阻止或至少會減少細(xì)胞錯誤鑒定的發(fā)生。由于缺乏重視及未采用質(zhì)控措施導(dǎo)致細(xì)胞錯誤鑒定現(xiàn)象極其普遍。大量質(zhì)控措施的實行以及相應(yīng)文件的適當(dāng)調(diào)整被認(rèn)為是生物制藥領(lǐng)域出現(xiàn)相對較低細(xì)胞錯誤鑒定報道的因素。

交叉污染檢測

許多方法已被用來檢測交叉污染,包括同工酶分析、核型分析、人類白細(xì)胞抗原(HLA)分型,免疫分型和DNA指紋識別。這些方法都可以鑒別出某一種細(xì)胞系,但是分辨能力各不一樣。然而,這些方法在不同實驗室所得到的數(shù)據(jù)卻不盡相同,以致沒有任何一種方法可以用來建立一個標(biāo)準(zhǔn)參考數(shù)據(jù)庫。

許多實驗室利用STR分型來鑒定人源細(xì)胞系。STR分型是一種用來做親緣分析的方法,它的原理是在一單管中同時擴增多個多態(tài)性DNA片段。STR位點是由不同數(shù)目重復(fù)單元組成的重復(fù)DNA序列。每一個STR位點均能被擴增且擴增產(chǎn)物標(biāo)記上不同顏色的熒光,使得擴增產(chǎn)物很容易通過片段大小和顏色來區(qū)分。STR分型快速、經(jīng)濟、易于自動化,能得到可重復(fù)的數(shù)據(jù),且數(shù)據(jù)格式適合建立一個標(biāo)準(zhǔn)參考數(shù)據(jù)庫。由于快速、鑒定的細(xì)胞系結(jié)果明確,STR分型的應(yīng)用價值最大。

STR分型——潛力及局限

3-5個堿基重復(fù)的DNA重復(fù)序列已常規(guī)性地用來做親緣鑒定、法醫(yī)鑒定、以及鑒定在20年之前的大災(zāi)難中遇難的受害者。隨后,STR分型用于細(xì)胞鑒定中。用STR分型來做細(xì)胞鑒定有幾大優(yōu)勢。

腫瘤細(xì)胞系包含許多遺傳改變,因此用STR分型來分析腫瘤細(xì)胞系的標(biāo)準(zhǔn)必須與正常組織不一(見補充信息Box3)。腫瘤細(xì)胞通常會表現(xiàn)出雜合性丟失(即缺失一個等位基因以致難以與純合子相區(qū)分),另外由于DNA復(fù)制,腫瘤細(xì)胞可攜帶等位基因的多個拷貝。與此類似,在腫瘤細(xì)胞培養(yǎng)過程中,腫瘤細(xì)胞系既可失去等位基因的一個拷貝,也可偶爾獲得一個拷貝。所以,相同細(xì)胞系的亞系可能會含有不同的STR分型。

對比相同的等位基因,已往發(fā)表的數(shù)據(jù)表明,75%的一致性已能鑒別出所有已知的交叉污染細(xì)胞系,一致性超過50%的兩個細(xì)胞系不會認(rèn)為是來源于不同個體,因此,在單一細(xì)胞系和存在交叉污染的細(xì)胞系之間存在25%的“緩沖區(qū)”,任何細(xì)胞系只要一致性水平在50%和75%之間,它就應(yīng)該認(rèn)為是可疑的。

在分析人類細(xì)胞系基因型中,其主要的問題包括雜合子峰高不平衡(即一等位基因的峰高或面積遠(yuǎn)大于另一等位基因)、某一基因座出現(xiàn)多個等位基因、等位基因丟失(目的片段未能擴增)。由于腫瘤細(xì)胞系為非整倍體,所以其雜合子峰高不平衡以及在一個或多個基因座出現(xiàn)多個等位基因的現(xiàn)象非常典型。

基因分型所需費用是大家主要關(guān)心的問題,但是相對于細(xì)胞系的整個工作來講其費用就微不足道了。STR分型的費用包括DNA提取、STR 位點的PCR擴增、毛細(xì)管電泳分離擴增片段和數(shù)據(jù)分析。增加STR基因座的數(shù)目如從6個到15個將會達(dá)到一個非常高的分辨率。

STR分型存在一個大的局限,就是它不能檢測來源于其他物種的污染細(xì)胞,哪怕是人類細(xì)胞被過生長的其它物種細(xì)胞所覆蓋,用人類或高等靈長類特異性引物也不會有DNA擴增。在PCR中采用用物種特異性引物可以用來檢測來源于其它物種的污染細(xì)胞。如果應(yīng)用于其它物種的STR分型已被建立(目前局限于少數(shù)幾個具有重要商業(yè)價值的物種),STR分型無疑可被用來鑒定污染細(xì)胞。

對于大部分已被建立的細(xì)胞系,供體組織已不能獲得,那些被廣泛使用的細(xì)胞系其最初來源者要么退休要么已辭世。在這些情況下,一種基于儲存于細(xì)胞庫中可能是最老的細(xì)胞群假想出現(xiàn)了。這些分型將需要標(biāo)記上“臨時”來指示缺乏對最初供體組織的分型鑒定。

在下面描述的數(shù)據(jù)庫可用之前,能用來對比STR分型的可用資源極為有限。ATCC和DSMZ細(xì)胞庫網(wǎng)站,以及CLIMA(細(xì)胞系分子鑒定整合數(shù)據(jù)庫)提供了一些信息,至少兩種系列的STR分型數(shù)據(jù)已公布。目前,最有用的資源之一是Amanda Capes-Davis 和Ian Freshney收集的錯誤鑒定細(xì)胞系清單,這在歐洲細(xì)胞培養(yǎng)物收藏所(ECACC)網(wǎng)站上也可查看。所有的科研工作者都應(yīng)對照這一清單來核對他們正在使用的細(xì)胞系名稱。

交互式數(shù)據(jù)庫

有人提議建立一個旨在開發(fā)可用STR分型數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫,這些數(shù)據(jù)可作為人類細(xì)胞系鑒定的數(shù)據(jù)。交互式數(shù)據(jù)庫任何人都可進(jìn)入,但只有數(shù)據(jù)庫管理員才能對數(shù)據(jù)進(jìn)行修改或補充。這個數(shù)據(jù)庫不僅提供DNA分型,還能允許實驗室將他們的細(xì)胞系STR分型數(shù)據(jù)與數(shù)據(jù)庫里的細(xì)胞系數(shù)據(jù)相比較,這樣便于確保實驗數(shù)據(jù)的可靠性。

通用標(biāo)準(zhǔn)是組成一個好的數(shù)據(jù)庫的必備條件,應(yīng)用細(xì)胞鑒定的標(biāo)準(zhǔn)可以建立起一個由每一個有確定STR分型的單一細(xì)胞系組成的交互式數(shù)據(jù)庫,并為STR分型檢測以及分析提供必備條件。標(biāo)準(zhǔn)制定委員會的成員將會與NCBI協(xié)作開發(fā)交互式數(shù)據(jù)庫所需要的條件,數(shù)據(jù)庫由NCBI維護。數(shù)據(jù)庫最初只包含科研人員常用的并保存在大型細(xì)胞庫的500個已證實的細(xì)胞系。

每一個細(xì)胞系在被提交至數(shù)據(jù)庫之前都會確定其STR分型。比對STR分型數(shù)據(jù)最有效的數(shù)據(jù)庫會由一組常見的標(biāo)記物組成。然而,并不是所有的數(shù)據(jù)都是收集相同的STR位點或是用同一代的測序儀器得到的。針對相同的STR標(biāo)記使用不用引物組合是法醫(yī)和人身份鑒定中的慣例,美國的聯(lián)邦調(diào)查局聯(lián)合DNA索引系統(tǒng)(CODIS)就是采用13個核心STR位點組合來錄入數(shù)據(jù)的。為了能維持進(jìn)入CODIS的數(shù)據(jù)之間的整合,各實驗室必須使用CODIS認(rèn)可的STR分型試劑盒和儀器,并且嚴(yán)格按照質(zhì)量保證標(biāo)準(zhǔn)來操作。CODIS認(rèn)可的試劑盒已經(jīng)歷了大量的驗證研究,包括旨在解釋使用不同引物組合時出現(xiàn)STR分型差別的一致性研究。相同的程序會是細(xì)胞STR分型所必需的。

未來

從增加的數(shù)據(jù)可信性、只需很少的時間和費用,以及研究被錯誤鑒定的細(xì)胞系的所花費的精力來看,細(xì)胞系STR分型鑒定將會在科學(xué)研究中產(chǎn)生重大影響。細(xì)胞系的精確鑒定在研發(fā)基于細(xì)胞下的醫(yī)學(xué)產(chǎn)品起到至關(guān)重要的作用,它能避免將人體細(xì)胞暴露于錯誤鑒定細(xì)胞中的風(fēng)險。盡管這種錯誤鑒定大部分可以通過遵循質(zhì)控措施而避免,例如正確標(biāo)記、在生產(chǎn)基于細(xì)胞的醫(yī)學(xué)產(chǎn)品時采取跟蹤計劃,但是當(dāng)用來證實一個來源于預(yù)期供體的細(xì)胞產(chǎn)品以及它被有意地與其它供體細(xì)胞混合時,利用可明確鑒定細(xì)胞和組織的標(biāo)準(zhǔn)方法將會提供安全保障。這個問題對于個體化醫(yī)療和應(yīng)用基于干細(xì)胞的技術(shù)(包括誘導(dǎo)多能干細(xì)胞)非常重要。

沒有一個單一的方法可提供所有的信息來鑒定一個人類細(xì)胞系。STR分型是這一時期的最佳代表,因此,隨著新信息的可用,STR分型標(biāo)準(zhǔn)將會不斷地改進(jìn)。向任何人開放的交互式、可搜尋的數(shù)據(jù)庫將會大大減低錯誤鑒定細(xì)胞的使用率;鸩块T和期刊也被鼓勵采取對使用錯誤鑒定細(xì)胞“零容忍”的政策并要求作者提供證據(jù)以支持其使用的為正確的細(xì)胞系。

 

 

原文鏈接 http://www.hybribio.cn/research-view.aspx?id=319

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來源:凱普生物科技有限公司干細(xì)胞研究所
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