文章標(biāo)題：Spatial oncology: Translating contextual biology to the clinic
期刊：Cancer Cell
影響因子：48.8

文章摘要：在過去的兩個(gè)世紀(jì)里，細(xì)胞組織背景下的顯微鏡檢查一直是組織病理學(xué)診斷的推動(dòng)力。最近，通過單細(xì)胞圖譜鑒定出的先進(jìn)分子生物標(biāo)記物的興起增加了我們對(duì)癌癥細(xì)胞異質(zhì)性的了解，但尚未對(duì)臨床治療產(chǎn)生重大影響。將分子圖譜分析與微環(huán)境特征相結(jié)合的空間技術(shù)為了解細(xì)胞的相互作用和組織提供了重要的原位背景，有望彌補(bǔ)這一轉(zhuǎn)化差距。此文章中，作者回顧了空間轉(zhuǎn)錄組工具如何用于研究腫瘤生態(tài)系統(tǒng)及其臨床應(yīng)用。詳細(xì)介紹了細(xì)胞-細(xì)胞相互作用、微環(huán)境組成以及組織重塑對(duì)免疫逃避和治療抵抗的影響。此外，作者還強(qiáng)調(diào)了多組學(xué)空間剖析在描述臨床相關(guān)特征（包括神經(jīng)周圍侵襲、三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)和腫瘤-基質(zhì)界面）方面的新興作用。最后，作者探討了臨床整合策略及其對(duì)治療和診斷方法的增強(qiáng)作用。
 

高分文獻(xiàn)二 02
標(biāo)題：Nature -產(chǎn)前皮膚圖譜揭示了人體皮膚形態(tài)發(fā)生的免疫調(diào)節(jié)

文章標(biāo)題：A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis
期刊：Nature
影響因子：50.5
文章摘要：人類產(chǎn)前皮膚上有包括巨噬細(xì)胞在內(nèi)的先天性免疫細(xì)胞，但這些細(xì)胞是只起免疫作用，還是在形態(tài)發(fā)生中具有其他功能，目前尚不清楚。在此，作者結(jié)合單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，繪制了人類產(chǎn)前皮膚（孕后 7-17 周）多組學(xué)綜合參考圖譜，以描述皮膚微解剖組織的特征。該圖譜揭示了非免疫細(xì)胞和免疫細(xì)胞之間的串聯(lián)是毛囊形成的基礎(chǔ)，與無疤痕傷口愈合有關(guān)，并且對(duì)皮膚血管生成至關(guān)重要。作者將由人類胚胎干細(xì)胞和誘導(dǎo)多能干細(xì)胞衍生的生發(fā)皮膚類器官（SkO）模型與產(chǎn)前和成年皮膚進(jìn)行了系統(tǒng)比較。SkO模型密切再現(xiàn)了毛囊發(fā)育過程中的體內(nèi)皮膚表皮和真皮細(xì)胞類型，以及與遺傳性毛發(fā)和皮膚疾病發(fā)病機(jī)制有關(guān)的基因表達(dá)。然而，SkO 模型缺乏免疫細(xì)胞，內(nèi)皮細(xì)胞的異質(zhì)性和數(shù)量明顯減少。我們的體內(nèi)產(chǎn)前皮膚細(xì)胞圖譜顯示，巨噬細(xì)胞和巨噬細(xì)胞衍生的生長(zhǎng)因子在驅(qū)動(dòng)內(nèi)皮發(fā)育方面發(fā)揮作用。事實(shí)上，將誘導(dǎo)多功能干細(xì)胞衍生的自體巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)移到SkO培養(yǎng)物中后，血管網(wǎng)絡(luò)重塑得到了增強(qiáng)。因此，先天性免疫細(xì)胞是皮膚形態(tài)發(fā)生的關(guān)鍵角色，而非傳統(tǒng)的免疫角色，它們通過與非免疫細(xì)胞的串聯(lián)實(shí)現(xiàn)這一功能。
 

高分文獻(xiàn)三 03
標(biāo)題：Cell-福爾馬林固定石蠟包埋中RNA的生物學(xué)空間探索-空轉(zhuǎn)新技術(shù)
 

文章標(biāo)題：Spatially exploring RNA biology in archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues
期刊：Cell
影響因子：45.5
文章摘要：對(duì)福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織中的 RNA 生物學(xué)進(jìn)行空間探索的能力為組織病理學(xué)研究帶來了變革性的潛力。在這里，我們介紹了病理學(xué)組織兼容的確定性條形碼（Patho-DBiT），它結(jié)合了原位多聚腺苷酸化和空間全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的計(jì)算創(chuàng)新，專為探究臨床存檔 FFPE 樣品中的多種 RNA 而定制。它可以對(duì)基因表達(dá)和 RNA 處理進(jìn)行空間協(xié)同分析，揭示特定區(qū)域的剪接異構(gòu)體，并對(duì)保存 5 年的臨床腫瘤 FFPE 組織進(jìn)行高靈敏度的轉(zhuǎn)錄組圖譜繪制。此外，還能捕獲全基因組單核苷酸 RNA 變異，以區(qū)分人類淋巴瘤中的惡性細(xì)胞和非惡性細(xì)胞。Patho-DBiT 還能繪制microRNA調(diào)控網(wǎng)和RNA剪接動(dòng)態(tài)圖，解碼它們?cè)诳臻g腫瘤發(fā)生中的作用。單細(xì)胞水平的 Patho-DBiT 剖析了驅(qū)動(dòng)腫瘤克隆結(jié)構(gòu)和時(shí)空細(xì)胞動(dòng)態(tài)進(jìn)展。Patho-DBiT 是一個(gè)寶貴的平臺(tái)，可用于揭示 FFPE 組織中豐富的 RNA 生物學(xué)特性，幫助臨床病理學(xué)進(jìn)行評(píng)估。

高分文獻(xiàn)四 04
標(biāo)題：Molecular Cancer -解密 LGALS2 的作用：洞察乳腺癌患者的三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)相關(guān)樹突狀細(xì)胞激活和免疫治療潛力
 

文章標(biāo)題：Deciphering the role of LGALS2: insights into tertiary lymphoid structure-associated dendritic cell activation and immunotherapeutic potential in breast cancer patients
期刊：Molecular Cancer
影響因子：27.7文章摘要：癌癥研究的最新進(jìn)展突顯了三級(jí)淋巴結(jié)構(gòu)（TLS）在調(diào)節(jié)免疫反應(yīng)中的關(guān)鍵作用，尤其是在乳腺癌（BRCA）中。在這里，利用基于生物網(wǎng)絡(luò)的計(jì)算策略和機(jī)器學(xué)習(xí)（ML）方法對(duì)來自 6000 多個(gè) BRCA 樣本的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行了綜合分析，并確定 LGALS2 是 TLSs 中的一個(gè)關(guān)鍵標(biāo)記。單細(xì)胞測(cè)序和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示了LGALS2在TLS相關(guān)樹突狀細(xì)胞（DCs）刺激中的作用，并揭示了腫瘤微環(huán)境（TME）在宏觀和微觀層面的復(fù)雜性。LGALS2 表達(dá)的升高與生存期的延長(zhǎng)有關(guān)，而生存期的延長(zhǎng)與以多樣化免疫細(xì)胞浸潤(rùn)和活躍的抗腫瘤通路為特征的強(qiáng)健免疫反應(yīng)有關(guān)，這導(dǎo)致了 “熱 ”腫瘤微環(huán)境。蘇木精-伊紅（HE）、免疫組織化學(xué)（IHC）和體內(nèi)驗(yàn)證分析證實(shí)了LGALS2與TLS相關(guān)DC的共定位及其在BRCA免疫激活中的作用。將 LGALS2 鑒定為 BRCA 的一個(gè)關(guān)鍵因素，不僅凸顯了它在新型 TLS 引導(dǎo)的免疫療法中的治療潛力，還為患者分層和治療選擇開辟了新途徑，最終改善了臨床管理。