單細(xì)胞空間數(shù)據(jù)的質(zhì)量受多種因素影響，怎么樣才能讓自己的單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組研究更加順利？在選擇好CosMx SMI平臺(tái)后，需要注意哪些問題，平臺(tái)已有哪些可參考的內(nèi)部經(jīng)驗(yàn)？本期，小編整理SMI實(shí)驗(yàn)過程中需要注意的要點(diǎn)及已經(jīng)做過的樣本情況統(tǒng)計(jì)信息，為您將要進(jìn)行的單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)提供參考。

秘訣1：不同組織樣本類型，單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)表現(xiàn)因樣而異

為了了解不同組織和疾病類型中，轉(zhuǎn)錄本及基因檢出情況差異，對(duì)210個(gè)組織切片數(shù)據(jù)進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)，這些樣本都是用人1k 通用靶標(biāo)或小鼠1000神經(jīng)靶標(biāo)RNA的panel檢測(cè)而來，如下圖所示：平均轉(zhuǎn)錄本數(shù)量（counts數(shù)）（圖 1）和每個(gè)細(xì)胞平均檢測(cè)到的獨(dú)特基因數(shù)量（圖 2）。

從這些整理的數(shù)據(jù)中得出了兩個(gè)關(guān)鍵的信息：

1) 根據(jù)每個(gè)細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄本和基因來統(tǒng)計(jì)RNA信號(hào)，發(fā)現(xiàn)在組織類型上有很大的差異，不同組織類型高低不同。這可能是組織固有的組織生物學(xué)和panel中基因有關(guān)。

2) 組織塊和切片質(zhì)量是影響數(shù)據(jù)質(zhì)量的主要因素，同一組織類型內(nèi)，可以看到轉(zhuǎn)錄本和基因數(shù)量也存在異質(zhì)性。

因此，在自己的樣本檢測(cè)中，也要客觀分析所檢測(cè)到的樣本轉(zhuǎn)錄本和基因檢出情況，也可以將自己的數(shù)據(jù)和目前已做樣本進(jìn)行比較驗(yàn)證。

圖1. 不同組織和疾病類型中每個(gè)細(xì)胞的平均轉(zhuǎn)錄本數(shù)量

圖2. 不同組織和疾病類型中每個(gè)細(xì)胞的平均獨(dú)特基因數(shù)量

 
秘訣2：做好樣品制備，提高檢測(cè)樣本質(zhì)量

好的組織制備是進(jìn)行成功的單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)，拿到比較理想檢測(cè)數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)。因此，在樣本制備過程中，可以參閱《CosMx 載玻片制備手冊(cè)》和《樣品切片技巧和竅門》來獲得高質(zhì)量的樣本。

此外，官方總結(jié)了各種組織類型，并建議對(duì)實(shí)驗(yàn)條件進(jìn)行修改，以優(yōu)化數(shù)據(jù)質(zhì)量。以下表一是對(duì)不同組織類型的匯總，所涉及到的組織類型，官方都提供了調(diào)整建議，以獲得高質(zhì)量的數(shù)據(jù)。表二是已測(cè)試過的組織類型，有現(xiàn)成的實(shí)驗(yàn)條件參考。這些經(jīng)驗(yàn)建議都為單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)的成功開展打下了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

表一
 

表二
 

秘訣3：儀器運(yùn)行條件的設(shè)置

儀器運(yùn)行時(shí)間取決于所檢測(cè)的組織面積（FOV數(shù)量）。目前，針對(duì)不同的基因檢測(cè)panel(人6k，人1k，小鼠1k，64蛋白)，最大限度地增大掃描區(qū)域，獲得最優(yōu)的基因檢出效率，我們已推出多種FOV解決方案，感興趣的老師可以與當(dāng)?shù)劁N售進(jìn)行詳細(xì)溝通咨詢。