一、選樣之精準(zhǔn)，賦予數(shù)據(jù)生命

或許你認(rèn)為每次實(shí)驗(yàn)前的選樣與準(zhǔn)備步驟毫無(wú)新意，但在iTRAQ定量蛋白組學(xué)中，這卻能巧妙賦予數(shù)據(jù)生命。選擇適合的生物樣品，對(duì)疾病的闡釋?zhuān)瑢?duì)結(jié)果的真實(shí)性有著深遠(yuǎn)影響。選樣期間，我們應(yīng)盡量減少個(gè)體差異而選擇均一的樣品，對(duì)樣品的質(zhì)量嚴(yán)格把關(guān)。減少干擾因素，讓數(shù)據(jù)更加清晰。

二、蛋白提取與鑒定，漩渦中尋找真相

只有在適用且準(zhǔn)確的手段下，才能找出真實(shí)的定量結(jié)果。因此，選擇適合的蛋白提取和鑒定方案，確保蛋白的完整性和生物活性，是前期實(shí)驗(yàn)的關(guān)鍵。在蛋白提取過(guò)程中，要嚴(yán)厲抑制蛋白酶活性，防止蛋白降解。精確地鑒定每一種蛋白，是找出疾病發(fā)生、發(fā)展規(guī)律的有效途徑。

三、標(biāo)簽修飾，演奏生命的樂(lè)章

標(biāo)簽修飾是iTRAQ技術(shù)的精華部分，它讓我們有機(jī)會(huì)生成更可靠的定量信息。掌握正確的標(biāo)記方法，省略不必要的標(biāo)記步驟，既可以節(jié)約實(shí)驗(yàn)時(shí)間，又可以增加實(shí)驗(yàn)的可重復(fù)性。對(duì)于標(biāo)記效率的測(cè)定和檢查，也有助于了解實(shí)驗(yàn)的進(jìn)展，及時(shí)改正實(shí)驗(yàn)錯(cuò)誤。

四、實(shí)驗(yàn)操作中的盲點(diǎn)，才是探索未知的階梯

實(shí)驗(yàn)步驟與細(xì)節(jié)，似乎微不足道，但卻關(guān)乎iTRAQ定量分析的準(zhǔn)確性與有效性。尤其是多樣本處理和混合過(guò)程中，誤差的控制應(yīng)當(dāng)精準(zhǔn)到微量。同時(shí)，對(duì)iTRAQ實(shí)驗(yàn)不同階段的優(yōu)化，無(wú)疑可以為整個(gè)實(shí)驗(yàn)流程提供更大效率和質(zhì)量保障。

五、數(shù)據(jù)解析，揭示定量的真理

數(shù)據(jù)解析過(guò)程中，定量策略的選擇，需要根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)來(lái)定。有時(shí)我們關(guān)注的是全局蛋白表達(dá)差異，有時(shí)又對(duì)某特定蛋白的表達(dá)差異更感興趣。更重要的是如何優(yōu)雅地處理實(shí)驗(yàn)中的不可避免差異，在量化結(jié)果展示時(shí)保持透明度。

本章除了詳述從樣本制備到數(shù)據(jù)解析的整個(gè)實(shí)驗(yàn)流程，還強(qiáng)調(diào)了在蛋白定量質(zhì)量的關(guān)鍵：精確的樣本選擇、嚴(yán)謹(jǐn)?shù)牡鞍滋崛『丸b定，正確的標(biāo)記方法，細(xì)心的實(shí)驗(yàn)操作，并且，相關(guān)的數(shù)據(jù)解析和展示也應(yīng)具備透明性。蛋白定量質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)中所有小細(xì)節(jié)都會(huì)影響到結(jié)果的一致性和可復(fù)制性，因此我們需認(rèn)識(shí)并重視每個(gè)步驟，制定出一個(gè)科學(xué)且有效的蛋白定量策略。

圖1

總結(jié)一句：iTRAQ定量蛋白組學(xué)實(shí)驗(yàn)的每一個(gè)步驟都值得我們用心對(duì)待，只有這樣，我們才能以最精準(zhǔn)的實(shí)驗(yàn)方法，探索出最真實(shí)的生命秘密。