Innopsys熒光芯片掃描儀助力尋找腹主動脈瘤生物標志物
瀏覽次數(shù):933 發(fā)布日期:2023-9-1
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腹主動脈瘤(AAA)是一種常見的老年疾病,65歲以上人群中,男性腹主動脈瘤患病率為4-7%,女性為1-2%。全球每年約有20萬人死于動脈瘤破裂,由于AAA在發(fā)生破裂前通常無癥狀,因此為了評估腹主動脈瘤破裂的風險,一些國家建議對65歲以上的人群進行超聲篩查。目前還沒有一種生物標志物可以作為臨床篩查和監(jiān)測AAA的工具,從而尋找潛力的AAA生物標記物是目前預(yù)防和治療的迫切需求。
這篇文章于2022年12月發(fā)表在《biomolecules》雜志,作者來自于北京協(xié)和醫(yī)院。在本研究中,作者利用了蛋白質(zhì)組學和免疫學兩種方法分析了目前常見的440種細胞因子,并從中找到了AAA生物標志物的潛力因子。
實驗中所有陽性樣本均來自于協(xié)和醫(yī)院AAA患者,對照樣本均來自于協(xié)和醫(yī)院體檢患者。作者利用商品化的細胞因子芯片,分析440種主要細胞因子在患者和對照組之間的差異。具體步驟是:1.在室溫下封閉抗體陣列1 h,然后每孔中添加60μL三倍稀釋的待測血漿,并在4℃下孵育過夜。2.將孵育過夜的樣本徹底洗滌后,加入生物素標記的抗體孵育2 h并再次洗滌。3.加入80μL Cy3標記的鏈霉親和素并室溫孵育1h。4.待反應(yīng)完成后,用法國Innopsys公司生產(chǎn)的微陣列芯片掃描儀InnoScan 300(現(xiàn)升級為新型號InnoScan 710)檢測熒光信號,后續(xù)使用Q-Analyzer Software分析熒光強度,如下圖。
在對22例AAA患者和10例正常對照患者進行高通量抗體陣列分析后,共鑒定出39個差異表達蛋白,其中12個血漿蛋白表達上調(diào),27個血漿蛋白表達下調(diào)(圖1A)。同時進行OPLS-DA分析,結(jié)果顯示,AAA和HC之間的蛋白質(zhì)表達譜存在顯著差異(圖1B)。而GO分析結(jié)果表明,在疾病和生物功能類別中,差異表達蛋白主要與細胞活化、細胞遷移、慢性炎癥性疾病、血細胞相互作用、細胞凋亡、細胞因子和趨化因子介導(dǎo)的信號通路、上皮細胞系的細胞運動和壞死的相關(guān)功能有關(guān)(圖1C)。pathway分析結(jié)果顯示,差異蛋白主要與STAT3、IL-17、促紅細胞生成素、動脈粥樣硬化、HMGB1、網(wǎng)格蛋白介導(dǎo)的內(nèi)吞、糖皮質(zhì)激素受體、HIF1α、樹突狀細胞與自然殺傷細胞之間的交互作用等相關(guān)信號通路有關(guān)(圖1D)。
圖1 生物信息學分析AAA患者與健康對照之間的差異表達分析
基于上述結(jié)果,作者對39個差異表達的蛋白質(zhì)進行ROC分析,以確定潛在的生物標志物,并最終篩選出可作為新型AAA診斷生物標志物的關(guān)鍵蛋白Legumain (LGMN)。為了驗證LGMN作為診斷標志物的潛在價值,作者用ELISA進一步驗證,結(jié)果表明,ELISA結(jié)果與蛋白芯片結(jié)果完全一致--與對照組相比,LGMN在AAA組中顯著高表達。同時結(jié)合生信分析結(jié)果,作者還發(fā)現(xiàn)了3個有潛力作為AAA診斷生物標志物或治療靶點的生物標志物( DLL1, ERBB3和DPPIV),有望成為未來AAA的診斷和治療依據(jù)。
更多資訊請訪問文獻全文鏈接:https://www.mdpi.com/2218-273X/12/12/1853
Innopsys 成立于1999年?偛课挥诜▏,一直致力于生物醫(yī)學領(lǐng)域相關(guān)儀器和軟件的自主研發(fā)和生產(chǎn)。Innoscan系列掃描儀,采用先進的共聚焦PMT檢測器和多激光掃描光路,可以同時進行多通道熒光檢測。不僅有效降低了熒光光漂白現(xiàn)象以及信號損失,還可以有效縮短掃描時間。在基因組和蛋白組表達,基因突變,SNP檢測,CGH,細菌病毒檢測,腫瘤特異性標志篩查,病理組織篩查等方面都有非常廣泛的應(yīng)用。
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