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大規(guī)模寡核苷酸合成案例分享

瀏覽次數(shù):877 發(fā)布日期:2023-8-30  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

    2020年mRNA疫苗的成功,讓核酸藥物成為整個(gè)制藥行業(yè)炙手可熱的賽道。也讓同屬于核酸藥物的小核酸藥物引起了廣泛關(guān)注。其實(shí)早在1998年,就已經(jīng)有小核酸藥物上市。至今共15款小核酸藥物獲得FDA批準(zhǔn)(其中2款A(yù)SO藥物和1款適配體藥物由于銷售額過低等原因退市)。據(jù)統(tǒng)計(jì),自2016年到2021年全球小核酸藥物市場(chǎng)規(guī)模從0.1億美元已增長(zhǎng)至32.5億美元,年復(fù)合增長(zhǎng)率達(dá)217.8%。展示出巨大的增長(zhǎng)潛力。

    雖然同屬于核酸藥物,mRNA和小核酸藥物的生產(chǎn)工藝大不相同。mRNA通常分子量較大,達(dá)上千nt,目前多采用以線性化質(zhì)粒為模板進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄(IVT)制備。而小核酸藥物主要包括反義寡核苷酸 (ASO)、小干擾RNA (siRNA)、微小RNA (miRNA)、小激活RNA (saRNA)、信使RNA (mRNA)、RNA適配 (Aptamer),一般小于100nt,通常在20-30nt,目前制備工藝仍以固相合成工藝為主。 

    寡核苷酸合成是一個(gè)多步連續(xù)的反應(yīng),一個(gè)循環(huán)主要包括Detritylation(脫DMT),Coupling (偶聯(lián)),Oxidation(氧化,O或S),Capping(封閉)四步反應(yīng),每個(gè)循環(huán)增加一個(gè)核苷酸單體,要求反應(yīng)過程中的副反應(yīng)盡可能少,否則目標(biāo)產(chǎn)品的產(chǎn)率就可能很低,且純化的難度會(huì)非常大。所以每一循環(huán)的合成效率和循環(huán)數(shù)(單體數(shù))也就直接決定了最終產(chǎn)品的純度和產(chǎn)率。

 

圖1.jpg

圖 1 寡核苷酸合成過程——示一個(gè)循環(huán)

     比如,同樣合成30個(gè)堿基的寡核苷酸,在每步合成效率為99.0%時(shí),最終計(jì)算產(chǎn)率為74.72%;而如果單步收率降低至98.0%, 則最終收率會(huì)降低至55.66%。而同樣單步合成效率為99.0%時(shí),10個(gè)單體的寡核苷酸產(chǎn)率可達(dá)91.35%,而100個(gè)單體的寡核苷酸只能獲得36.97%。所以固相合成工藝一般合成都在100個(gè)單體以內(nèi),超過60個(gè)單體已經(jīng)是比較有挑戰(zhàn)的了。

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圖 2 寡核苷酸單步偶聯(lián)效率和最終收率計(jì)算

     寡核苷酸固相合成的關(guān)鍵,包括所用試劑和單體的質(zhì)量、合成工藝參數(shù),也與所用設(shè)備息息相關(guān)。在核酸藥物發(fā)展初期,英賽斯就敏銳的發(fā)現(xiàn)了相關(guān)市場(chǎng)對(duì)大規(guī)模核酸合成儀的需求,基于自有專利柱塞泵技術(shù)和對(duì)寡核酸合成工藝的研究,于2021年9月推出了Unique AutoOligo系列,目前產(chǎn)品已涵蓋AutoOligo25,AutoOligo100,AutoOligo150,以及中試規(guī)模的AutoOligo600。制備量從10μmol 到50mmol。

    產(chǎn)品上市后已廣泛應(yīng)用于DNA,RNA以及各種修飾寡核酸的合成,并成功應(yīng)用于長(zhǎng)達(dá)85個(gè)堿基的寡核苷酸合成。 

案例分享:

案例1:21堿基甲氧氟代RNA合成,高合成效率,高純度
序列:RNA 21堿基 甲氧氟代
目標(biāo)分子量:6596.3
合成儀器:AutoOligo600
合成柱:FineLINE 35 24ml
載體信息:Nitto Phase® HL UnyLinkerTM250
合成規(guī)模:0.660mmol
單次偶聯(lián)效率:99.5%
合成純度:91.268%

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圖 3 21 案例1合成色譜圖

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圖 4 案例1合成質(zhì)譜

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圖 5 案例1 HPLC檢測(cè)圖譜 

案例2:30堿基全硫代DNA合成
序列:DNA 30堿基 全硫代
目標(biāo)分子量:9670
合成儀器:AutoOligo100
合成柱:6.3ml合成柱
載體信息:Nitto Phase® HL UnyLinkerTM 250
合成規(guī)模:0.175mmol
單次偶聯(lián)效率:99.4%
純度:85.372%

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圖 6 案例2合成色譜圖

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圖 7 案例3質(zhì)譜圖

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圖 8 案例2HPLC檢測(cè)圖譜

案例3:85個(gè)堿基超長(zhǎng)RNA的合成
序列:RNA 85堿基
目標(biāo)分子量:23890
合成儀器:AutoOligo100
合成柱:6.3ml合成柱
載體信息:CPG,1.8g
合成規(guī)模:57μmol
單次偶聯(lián)效率:97.15%
得率:8.8% (純化后結(jié)果,高于對(duì)照合成設(shè)備10%)

圖9.jpg

圖 9 案例3 一步純化后質(zhì)譜圖

圖10.jpg

圖 10 一步純化后HPLC圖譜

 

來源:蘇州英賽斯智能科技有限公司
聯(lián)系電話:4001392668
E-mail:market@inscinstech.com

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