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ArrayJet芯片點(diǎn)樣儀助力生物碳循環(huán)的研究

瀏覽次數(shù):700 發(fā)布日期:2023-8-25  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
藻類(lèi)是海洋生態(tài)系統(tǒng)中極為重要的初級(jí)生產(chǎn)者,同時(shí)也是海洋食物鏈的基礎(chǔ)。藻華現(xiàn)象作為海洋浮游植物增殖的短暫事件,全球每年常有發(fā)生,往往占地?cái)?shù)千平方公里。在藻華結(jié)束時(shí),大部分藻類(lèi)固定的碳會(huì)通過(guò)草食性捕食者或異養(yǎng)細(xì)菌進(jìn)行代謝循環(huán),一小部分會(huì)沉降到深海中。藻華現(xiàn)象的終止影響著相關(guān)微生物種群和碳的循環(huán),病毒感染是導(dǎo)致藻華停止的常見(jiàn)原因。然而,目前仍然缺乏對(duì)病毒如何在藻華期間改變微生物組成和影響碳的循環(huán)進(jìn)行定量評(píng)估。同時(shí),海洋藻華的不可預(yù)測(cè)性使得在高時(shí)間分辨率下監(jiān)測(cè)其微生物演替具有一定的挑戰(zhàn)性,而中型生態(tài)系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)由于接近海洋微生物生態(tài)系統(tǒng)的復(fù)雜性,因此是研究浮游生物生態(tài)學(xué)的一個(gè)重要手段。


 
該文章于2023年1月發(fā)表在Nature Communication雜志,作者來(lái)自于以色列魏茨曼科學(xué)研究所植物與環(huán)境科學(xué)系,為了定量的研究病毒感染對(duì)海洋碳流動(dòng)的影響,作者設(shè)計(jì)了一個(gè)中型生態(tài)系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)來(lái)研究鈣化微藻的藻華動(dòng)態(tài)過(guò)程,7個(gè)大型的圍欄建在挪威卑爾根附近的一個(gè)峽灣中,內(nèi)部充滿(mǎn)了1.1萬(wàn)升海水,同時(shí)含有自然浮游生物群落,并連續(xù)幾天給予含有氮和磷的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)誘導(dǎo)藻華現(xiàn)象產(chǎn)生,同時(shí)記錄監(jiān)測(cè)過(guò)程中各微生物群落之間的動(dòng)態(tài)變化,結(jié)果顯示,不同圍欄中總病毒載量與宿主(E. huxleyi)和食草動(dòng)物(纖毛蟲(chóng))的濃度呈顯著負(fù)相關(guān),但與微納米浮游生物或細(xì)菌豐度不相關(guān)。

藻華可覆蓋超過(guò)10萬(wàn)平方公里的海洋,占光合浮游植物的75%,其形成的鈣化球石藻外殼對(duì)海洋碳循環(huán)和碳酸鈣的形成有著深遠(yuǎn)的影響。透明胞外聚合顆粒物(transparent exopolymer particles,TEP)是一類(lèi)主要成分為酸性多糖的高黏性有機(jī)微凝膠,TEP是海洋中普遍存在的一種有機(jī)顆粒物,其生產(chǎn)速率可達(dá)海洋初級(jí)生產(chǎn)的5-10%,是海洋顆粒有機(jī)碳(POC)的重要組成部分,除此之外,鈣化產(chǎn)生的顆粒無(wú)機(jī)碳(PIC)對(duì)碳循環(huán)也有著深遠(yuǎn)的影響。因此,為了研究病毒感染對(duì)碳釋放的影響,作者采用芯片技術(shù)來(lái)對(duì)TEP和PIC定量,首先從鈣化外殼中提取多糖,然后使用英國(guó)ArrayJet生物芯片點(diǎn)樣儀進(jìn)行碳水化合物微陣列點(diǎn)樣,樣品點(diǎn)印在0.45微米孔徑的硝化纖維素膜上,每個(gè)樣本一個(gè)重復(fù),點(diǎn)樣環(huán)境20攝氏度、50%濕度,每個(gè)微陣列使用一種糖特異性單克隆抗體進(jìn)行檢測(cè),隨后對(duì)結(jié)合信號(hào)進(jìn)行分析,結(jié)果表明,病毒感染導(dǎo)致球石藻釋放的碳(TEP和PIC)增加2-4倍,見(jiàn)圖。

圖.a.碳水化合物芯片分析,隨著時(shí)間的推移,顆粒有機(jī)質(zhì)(POM)中藻酸鹽和脫氧半乳聚糖的豐度。BAM1、2、6和7為糖特異性單克隆抗體,用于測(cè)量POM提取物中已識(shí)別的多糖表位的相對(duì)豐度;b.TEP建模方案,作為浮游植物數(shù)量和降解速率的函數(shù),可以預(yù)測(cè)球石藻對(duì)TEP的貢獻(xiàn);c阿爾新藍(lán)染色測(cè)定TEP的濃度;d.預(yù)測(cè)TEP在每個(gè)袋中的總病毒載量函數(shù);e.預(yù)測(cè)感染和未感染的球石藻細(xì)胞的TEP分泌量;f.藻華演替過(guò)程中PIC的相對(duì)豐度;g.預(yù)測(cè)球石藻細(xì)胞的PIC在每個(gè)袋中總病毒載量的函數(shù);h.預(yù)測(cè)感染和未感染的球石藻細(xì)胞PIC的產(chǎn)生量。

綜上所述,在藻華期間,只有高水平的病毒感染,自由生活的細(xì)菌和真核生物種群的組成才會(huì)發(fā)生顯著變化,并且在病毒感染后,真核生物作為有機(jī)物質(zhì)的潛在回收者會(huì)與細(xì)菌進(jìn)行競(jìng)爭(zhēng),同時(shí)球石藻細(xì)胞釋放的酸性多糖和顆粒無(wú)機(jī)碳增加2-4倍,這不僅表明了自然藻華過(guò)程的生物復(fù)雜性,也為病毒感染對(duì)碳循環(huán)的影響提供了強(qiáng)有力的證據(jù)。

原文鏈接:https://www.nature.com/articles/s41467-023-36049-3

Arrayjet位于英國(guó)愛(ài)丁堡,專(zhuān)注于提供生物芯片應(yīng)用領(lǐng)域的解決方案及服務(wù)。自2000年公司成立即致力于開(kāi)發(fā)新型生物樣品噴點(diǎn)方案–噴墨式液體處理平臺(tái),該系統(tǒng)于2006年上市,目前用戶(hù)遍布全球27個(gè)國(guó)家。

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