腺相關(guān)病毒(AAVs)已被批準(zhǔn)用于基因治療——將遺傳物質(zhì)輸送到靶組織。制備AAV介導(dǎo)的基因療法的一個(gè)挑戰(zhàn)是質(zhì)量控制,尤其是空殼與負(fù)載(全衣殼)的比例。在這里,我們展示了如何在AAV血清型中使用質(zhì)量光度計(jì),以可靠且可重復(fù)地測(cè)量AAV樣品純度和空殼/負(fù)載比率。這些測(cè)量可以在幾分鐘內(nèi)用少量樣品進(jìn)行。
目前正在尋求以AAVs為運(yùn)載工具的基因療法,以治療帕金森氏癥、遺傳性失明、脊髓肌萎縮和血友病等疾病,取得了有希望的結(jié)果和良好的安全性。盡管在純化過(guò)程中取得了進(jìn)展,但由于缺乏快速可靠的方法來(lái)評(píng)估AAV的完整性、成功包裝的遺傳物質(zhì)的數(shù)量以及宿主細(xì)胞和輔助病毒中蛋白質(zhì)和核酸污染物的存在,AAV的生產(chǎn)受到阻礙。有缺陷或空的AAV是不受歡迎的,因?yàn)樗鼈兛梢栽谥委熯^(guò)程中競(jìng)爭(zhēng)細(xì)胞受體,降低治療效果,并導(dǎo)致意外的免疫反應(yīng)。。
質(zhì)量光度計(jì)適用于AAV分析
質(zhì)量光度計(jì)測(cè)量單個(gè)粒子的質(zhì)量,該測(cè)量既不受粒子大小也不受其形狀的影響。由于AAV衣殼在負(fù)載時(shí)質(zhì)量增加,但其大小和形狀不變,因此質(zhì)量光度計(jì)是量化AAV裝載的理想方法(圖1)。空載的和負(fù)載的AAV之間的差異可以使用質(zhì)量光度計(jì)清楚地解決(圖5)。質(zhì)量光度計(jì)還可以檢測(cè)AAV樣品中的污染物,其質(zhì)量往往較低(圖1)。
在用于量化AAV空殼/負(fù)載比率的替代方法中,最常見(jiàn)的是分析超速離心和透射電鏡。然而,這些方法在技術(shù)上具有挑戰(zhàn)性,涉及大量的樣品工作,并且在成本以及分析所需的時(shí)間和樣品量方面都很昂貴2。相比之下,質(zhì)量光度計(jì)快速(測(cè)量一個(gè)樣品大約需要一分鐘),只需要很少的樣品。在本應(yīng)用說(shuō)明中,我們演示了如何使用質(zhì)量光度計(jì)來(lái)量化AAV負(fù)載和檢測(cè)雜質(zhì)。
質(zhì)量光度計(jì)測(cè)定準(zhǔn)確無(wú)誤
首先,我們選擇了一個(gè)模型,用質(zhì)量光度計(jì)測(cè)量了空AAV5衣殼樣品的質(zhì)量分布。我們通過(guò)對(duì)同一樣本進(jìn)行六次獨(dú)立測(cè)量來(lái)評(píng)估準(zhǔn)確度,得出了高度一致的結(jié)果(Rg.2)。在每次質(zhì)量光度計(jì)測(cè)量中,主峰對(duì)應(yīng)于空殼,而較低質(zhì)量的信號(hào)則表明存在污染物。AAV5衣殼分子質(zhì)量的平均值和標(biāo)準(zhǔn)偏差為3.69+/-0.10 MDa。由于這些衣殼的預(yù)期分子質(zhì)量為3.7 MDa,因此該結(jié)果具有極好的質(zhì)量精度(2.7%)和高精度。
AAV血清型的質(zhì)量光度計(jì)測(cè)定工作
AAV存在于許多亞單位組成和序列不同的血清型中。這些血清型特異性影響其免疫原性、向性和受體結(jié)合。因此,針對(duì)不同組織時(shí),AAV血清型的選擇很重要。除了自然出現(xiàn)的血清型外,還開(kāi)發(fā)了合成血清型。一種人工合成的AAV-DJ結(jié)合了八種不同野生型病毒的序列,導(dǎo)致免疫原性降低;在體內(nèi),它以肝臟為靶點(diǎn)。
為了測(cè)試質(zhì)量光度計(jì)是否適用于AAV血清型,我們測(cè)量了包含四種不同血清型(AAV5、AAV6、AAV8和AAVDJ)的空衣殼的樣本。在每種情況下,都觀察到一個(gè)單一的對(duì)稱峰,大約3.7 MDa。獲得的結(jié)果清楚地表明,質(zhì)量光度計(jì)在血清型中產(chǎn)生一致的結(jié)果(圖3)。
量化AAV空殼/負(fù)載比率
在描述AAV特征時(shí),最重要的參數(shù)之一是空殼/負(fù)載比率,它反映了包含感興趣基因組拷貝的衣殼的比例。為了探索如何使用質(zhì)量光度計(jì)測(cè)量該參數(shù),我們制備了含有不同數(shù)量的商用空和滿AAV8衣殼制劑的混合物。然后,我們使用質(zhì)量光度計(jì)測(cè)量每個(gè)混合物中滿載衣殼的百分比(圖4)。測(cè)得的百分比與預(yù)期值非常匹配(根據(jù)每種混合物中全衣殼制劑和空衣殼制劑的比例以及制造商關(guān)于每種制劑的信息計(jì)算得出);旌衔锏念A(yù)測(cè)負(fù)荷為空:0%;混合物1:32%;混合物2:48%;混合物3:63%;混合物4:95%。
含有空殼/負(fù)載AAV的混合物的質(zhì)量分布有兩個(gè)峰值(圖4)。3.7 MDa左右的峰值對(duì)應(yīng)于空衣殼,而較高質(zhì)量的峰值對(duì)應(yīng)于全衣殼。通過(guò)對(duì)峰值之間的對(duì)比度差進(jìn)行DNA校準(zhǔn),可以確定全衣殼中DNA負(fù)載的質(zhì)量(見(jiàn)下文)。
這些結(jié)果表明,質(zhì)量光度計(jì)始終能夠獲得AAV制劑的負(fù)載百分比(或空殼/負(fù)載比率)的可重復(fù)和可靠測(cè)量值。
確定AAV裝載物的質(zhì)量
除了測(cè)量空殼/負(fù)載比率和識(shí)別污染物外,質(zhì)量光度計(jì)還可用于量化AAV衣殼基因組裝載物的質(zhì)量。為了測(cè)量裝載物的質(zhì)量,我們假設(shè)兩個(gè)峰值(空殼和負(fù)載)之間的質(zhì)量光度計(jì)測(cè)定信號(hào)的差異是由于該裝載物的存在。為了將這種差異轉(zhuǎn)化為裝載物的質(zhì)量,我們?cè)谫|(zhì)量光度計(jì)計(jì)上對(duì)DNA進(jìn)行了特定校準(zhǔn),因?yàn)镈NA的折射率不同于蛋白質(zhì)的折射率。總的來(lái)說(shuō),對(duì)重組蛋白的三組測(cè)量表明,使用質(zhì)量光度計(jì)在單個(gè)分子水平上監(jiān)測(cè)樣本中的所有蛋白質(zhì)物種,可以對(duì)難以分析的多步驟反應(yīng)提供有價(jià)值的見(jiàn)解。
在AAV5衣殼的測(cè)量中,我們發(fā)現(xiàn)兩個(gè)峰值之間AAV衣殼質(zhì)量的平均差異對(duì)應(yīng)于1.5+/-0.1 MDa的核酸量(圖5),這非常接近4.8 kb基因組預(yù)測(cè)的1.6 MDa。
總結(jié)
質(zhì)量光度計(jì)為評(píng)估AAV樣品的質(zhì)量提供了重要信息。通過(guò)使用質(zhì)量光度計(jì)測(cè)量AAV樣品中顆粒的質(zhì)量分布,可以量化空/滿AAV衣殼比,檢測(cè)污染物并測(cè)量AAV裝載物的質(zhì)量。這些測(cè)量只需幾分鐘,使用很少的樣品(這里使用20μL稀釋至每毫升1x1011個(gè)顆粒的樣品),并且只需要基本的實(shí)驗(yàn)室技能?偟膩(lái)說(shuō),質(zhì)量光度計(jì)可以作為一種快速可靠的AAV質(zhì)量控制方法。
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