實驗樣本及設計
（1）研究隊列：來自甲冠東方-甲狀腺腫瘤�？坡�(lián)盟（OTTA）中五家中國三級醫(yī)院的102名MTC患者；
（2）樣本類型：MTC腫瘤組織、正常對照組織、外周血；
（3）組學方法：外顯子測序（102 pairs）、蛋白組學（102 tumors）和磷酸化蛋白組學（74 tumors）、轉錄組測序（101 tumors）和DNA甲基化芯片（78個tumors）。
 

文章結果
01 中國人群MTC腫瘤驅動基因分析
考慮MTC的遺傳性比例較高，研究團隊首先分析102例MTC人群的正常標本的基因組圖譜以識別遺傳性MTC。根據(jù)家族史、臨床表現(xiàn)和RET的突變情況，25例患者（24.5%）被分為MEN2A（23例，包括FMTC）和MEN2B（2例）。另一方面，其它77例被歸為散發(fā)性病例，RET和RAS兩種突變之間存在顯著的互斥性，證明了它們作為散發(fā)性MTC最主要驅動因素的作用。結合遺傳性和散發(fā)性的形式，RET突變在整個隊列中占75.5%。在各種突變體中，RET^M918T突變預示著腫瘤侵襲性的提高，包括更多的轉移淋巴結、更高的TNM分期和較差的無解剖復發(fā)生存率（SRFS）。在該研究中，還發(fā)現(xiàn)兩個非熱點BRAF突變（p.G469A和p.T599dup，VAF > 40%）。蛋白組學數(shù)據(jù)顯示，T599dup突變體強烈激活下游信號，G469A突變則導致中度的激酶活性。因此，BRAF可能是MTC中一個潛在的驅動因素。另外，在一個獨特的MTC病例中檢測到抑癌基因NF1存在一個新發(fā)移碼突變 c.3338delT（VAF 高達76.1%），提示NF1具有驅動能力。同時，這一移碼缺失也是一種截短突變，導致終止密碼子提前。轉錄組和蛋白組數(shù)據(jù)顯示NF1基因的mRNA豐度很低且無法檢測到其蛋白豐度，進一步支持其致病作用。綜上所述，通過多組學數(shù)據(jù)整合確定了NF1的截短突變是MTC的潛在驅動因素。
 

02 基于蛋白組的MTC分子分型及各亞型的多組學特征與臨床預后特征
為了深入了解MTC腫瘤的分子共性和異質性，基于蛋白組數(shù)據(jù)進行了無監(jiān)督聚類分析，確定了三種具有不同分子特征的亞型：Cluster-I富集多種細胞代謝的途徑，被命名為代謝亞型（Metabolic subtype）；Cluster-II顯示基底因子蛋白表達升高，且具有更高的翻譯活性，被命名基底亞型（Basal subtype）；Cluster-Ⅲ的特點是細胞外基質相關蛋白和通路顯著上調，被命名間質亞型（Mesenchymal subtype）。

 

 

 

05 間質亞型的蛋白基因組特征 
根據(jù)蛋白組學數(shù)據(jù)顯示，超過25%的基質蛋白在間質亞型中顯著上調，并且大部分是可分泌蛋白，具有作為唾液或血液生物標志物的潛力。其中有兩個腱蛋白家族成員TNC和TNXB在間質亞型中顯著富集。通過組織芯片對TNC進行了IHC染色，結果顯示TNC在間質、基底和代謝三個亞型中的陽性率分別為66.7%、14.3%和27.3%，這一結果與組學數(shù)據(jù)的結果類似。而臨床數(shù)據(jù)分析顯示，較高水平的TNC/TNXB表達與晚期TNM分期相關，且具有較差的SRFS。因此，TNC/TNXB具有成為MTC腫瘤候選生物標志物和預后指標的潛力，不過還需要更大的獨立隊列來進一步驗證。