根據(jù)問題的類型主要分成以下幾類(以下資料權(quán)作參考,請(qǐng)勿盲目模仿。
1. 參考書推薦
A. 對(duì)初學(xué)者看什么資料比較好?
解答:《抗體技術(shù)實(shí)驗(yàn)指南》和Antibodies(a laboratory manual, wrote by Ed Harlow ,david lane)兩本書不錯(cuò)。
2. 針對(duì)樣品的常見問題
B. 做線粒體膜UCP2蛋白的Western Blot (以下簡寫成Western Blot),提取線粒體后凍存(未加蛋白酶抑制劑),用的博士德的一抗,開始還有點(diǎn)痕跡,現(xiàn)在越來越差,上樣量已加到120μg,換了個(gè)santa cruz的一抗仍不行。是什么原因?蛋白酶抑制劑單加PMSF行嗎?
解答:懷疑是樣品問題,可能是:1,樣品不能反復(fù)凍融;2,樣品未加蛋白酶抑制劑。同時(shí),建議檢查Western Blot過程,提高一抗?jié)舛取?duì)于加蛋白酶抑制劑來說,一般加PMSF就可以了,最好能多加幾中種蛋白酶抑制劑。
C. 細(xì)胞水平要做Western Blot,多少細(xì)胞提的蛋白夠Western Blot?
解答:一般的5*106就足夠了。
D. 同一樣品能同事提RNA又提蛋白嗎?這樣對(duì)Western Blot有無影響?
解答:能,沒有問題。
E. 同一蛋白樣品能同時(shí)進(jìn)行兩種因子的Western Blot檢測(cè)嗎?
解答:當(dāng)然可以,有的甚至可以同時(shí)測(cè)幾十種樣品。
F. 如果目標(biāo)蛋白是膜蛋白或是胞漿蛋白,操作需要注意什么?
解答:如果是膜蛋白和胞漿蛋白,所用的去垢劑就要溫和得多,這時(shí)最好加上NaF去抑制磷酸化酶的活性。
G. 我的樣品的蛋白含量很低,每微升不到1微克,但是在轉(zhuǎn)膜時(shí)經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)只有一部分蛋白轉(zhuǎn)到了膜上,就是在轉(zhuǎn)膜后染膠發(fā)現(xiàn)有的孔所有的蛋白條帶都在,只是顏色變淡了,有什么辦法可以解決?
解答:你可以加大上樣量,沒有問題,還有轉(zhuǎn)移時(shí)你可以用減少電流延長時(shí)間,多加5-10%甲醇。
H. 想分離的蛋白是分子量260kd的,SDS-PAGE電泳的分離膠濃度多大合適?積層膠的濃度又該用多少?這么大分子量的蛋白容易作Western Blot嗎?
解答:260kd的蛋白不好做, 分離膠用6%, Stacking Gel 3.5%。
I. 如果上樣量超載,要用什么方法來增加上樣量?如果需要加大上樣量使原來弱的條帶能看清楚。
解答:可以濃縮樣品,也可以根據(jù)你的目標(biāo)分子量透析掉一部分小分子蛋白。一般地,超載30%是不會(huì)有問題的。如果已經(jīng)超了不少了,而且小分子量的也要,可以考慮加大膠的厚度,可以試試1.5mm的 comb。
J. 蛋白變性后可以存放多久?
解答:-80℃,一兩年沒有問題。最關(guān)鍵兩條:不要被蛋白酶水解掉;不要被細(xì)菌消化掉(也是被酶水解了)。
K. 我所測(cè)定的蛋白分子量是105KD,按理說分離膠應(yīng)當(dāng)采用7.5%,但我所查資料卻要求分離膠和濃縮膠均采用11%的配方,不知為何?
解答:上述您提到的兩種凝膠均可以使用,因?yàn)?05KD的蛋白在上述兩種膠的線性分辨范圍內(nèi),但需注意條帶位置。
L. 接下來我準(zhǔn)備采用DAB顯色技術(shù),二抗是生物素化的多克隆抗體,三抗是親和素生物素體系,不知采用這樣的方案后,封閉液是否要作調(diào)整,能否再用5%的脫脂奶粉呢?好像有資料說脫脂奶粉會(huì)影響親和素生物素的生成,是嗎?
解答:不能使用脫脂奶粉,因?yàn)槊撝谭壑泻锼,用BSA代替?yīng)該好一點(diǎn).
M. 還有一問題,一般一次上樣的蛋白總量是多少,跟目的蛋白的表達(dá)量有關(guān)系嗎?
解答:Western Blot一般上樣30-100微克不等,結(jié)果跟目的蛋白的豐度、上樣量、一二抗的量和撫育時(shí)間都有關(guān)系,也與顯色時(shí)間長短有關(guān)。開始摸條件時(shí),為了拿到陽性結(jié)果,各個(gè)步驟都可以量多一點(diǎn)時(shí)間長一點(diǎn),當(dāng)然背景也就出來了。要拿到好的結(jié)果,如果抗體好的話比較容易,抗體不好的話就需要反復(fù)地試了,當(dāng)然有的不適合Western Blot的怎樣做也不行。所以拿到好的結(jié)果不容易。
N. 做組織樣品的western的時(shí)候,處理樣品有什么訣竅嗎?還有,您用過大牛血清做封閉劑嗎?濃度如何?效果是不是比BSA好一點(diǎn)?
解答:必須進(jìn)行研磨、勻漿、超聲處理,蛋白質(zhì)溶解度會(huì)更好,離心要充分,膜蛋白需用更劇烈的方法抽提,低豐度膜蛋白可能還要分步抽提(超速離心)。還有一點(diǎn)就是組織中的蛋白酶活性更強(qiáng),需要注意抑制蛋白酶的活性(加入PMSF和蛋白酶抑制劑cocktail),封閉劑一般5%脫脂奶粉較常用。如果一抗為多克隆抗體,使用BSA也是不錯(cuò)的選擇。
O. 您是否可以介紹一下大分子量蛋白200KD,在做western要注意什么呢?
解答:做200kd蛋白的Western Blot時(shí)要注意,分離膠最好選擇>7%的;剝膠時(shí)要小心;轉(zhuǎn)移時(shí)間需要相應(yīng)延長;要做分子量參照(否則出現(xiàn)雜帶不知道如何分析)。
P. 有什么方法可以提高上樣量?
解答:可以濃縮樣品;增大上樣體積來增大上樣量。
Q. 我要檢測(cè)的目的蛋白是分子量大概為42kd的膜蛋白,膜蛋白提取可不可以不用到超速離心機(jī),有沒有直接用低溫高速離心機(jī)就可以的提到膜蛋白的方法,42kd的蛋白分子量算不算大?
解答:如是需要提取膜蛋白,(而不是只需要提取膜蛋白),可以用Ripa buffer提取膜蛋白和胞漿蛋白,用這個(gè)做Western Blot就可以了。如果是非要只提取膜蛋白就要用到超速離心機(jī)。42kd 不算大,也不算小,所以,可以按照一般的轉(zhuǎn)移方法實(shí)施。
R. 蛋白的上樣量有沒有什么具體的要求?
解答:上樣量要根據(jù)實(shí)驗(yàn)的要求來定, 如果要求是定量和半定量的Western Blot 則上樣量要均等, 如果只是要定性,則沒有太大的關(guān)系, 盡量多上就行了,但是不要超過0.3μg/mm2。
S. 一抗,二抗的比例是否重要?
解答:比較重要,調(diào)整好一抗,二抗的比例,可以去掉部分非特異的本底。
3. 抗體
T. 做細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo),要做磷酸化某因子Western Blot,其二抗有何要求?
解答:對(duì)二抗無要求,要看你實(shí)驗(yàn)條件來選擇,一般推薦用HRP標(biāo)記的二抗。
U. 同一公司的另外抗體用這個(gè)稀釋度做出來效果很好,所以沒做預(yù)試,怕費(fèi)時(shí)間,用什么樣的稀釋度比較好呢?我用的ELL+plus試劑盒顯色。轉(zhuǎn)膜過夜,一抗孵育也是過夜的,若封閉也過夜的話就要四天才看的到結(jié)果了。
解答:不同抗體,即使是同一公司的抗體,其最佳的抗體稀釋度也是不一樣的,需要你實(shí)驗(yàn)摸索。我覺得轉(zhuǎn)膜過夜好像沒有必要吧,轉(zhuǎn)膜的目的也就是將蛋白轉(zhuǎn)到膜上就行啦,何必浪費(fèi)時(shí)間呢。至于具體的轉(zhuǎn)膜時(shí)間,還要看你的目的蛋白分子量的大;轉(zhuǎn)膜的設(shè)備,是半干式,還是濕式。一抗當(dāng)然可以過夜,如果你想所短Western Blot時(shí)間的話,可以增高一抗的孵育溫度,我們實(shí)驗(yàn)室一般37度,兩小時(shí)就足夠了;你可以參照抗體說明書。至于一抗和二抗得稀釋度,你可以一抗1:1500;二抗1:20000試試。另外建議你洗膜時(shí),多洗幾次,最好是在封閉;一抗和二抗后至少是5x5min,跑一張好膜不容易,多盡點(diǎn)心吧,這樣不會(huì)浪費(fèi)你的時(shí)間,只會(huì)節(jié)省你的時(shí)間!