背景:
隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,基因組學(xué)研究已成為熱點(diǎn)。在分子遺傳學(xué)和分子流行病學(xué)中,無論是全基因組關(guān)聯(lián)分析GWAS(Genome-Wide Association Studies)、候選SNP(Single Nucleotide Polymorphism)位點(diǎn)基因分型,還是基因組文庫的建立,都需要從大批量血液樣本中提取基因組DNA。因此,如何能夠從高通量血液樣本中提取足量的高質(zhì)量、高純度DNA便成為下游實(shí)驗(yàn)的基本前提。
為了提取獲得高質(zhì)量、高純度血液基因組DNA,首先讓我們需要了解一下血液的組成。
圖源:
https://www.khanacademy.org/science/biology/humanbiology/circulatorypulmonary/a/components-of-the-blood
1.血液的組成
血液是動物體內(nèi)的一種體液,可向細(xì)胞輸送必要的物質(zhì),如營養(yǎng)和氧氣,并將代謝廢物從這些細(xì)胞中運(yùn)走。血液的主要組成包括:血漿(液體部分,含有水、蛋白質(zhì)、鹽、脂質(zhì)和葡萄糖)、紅細(xì)胞、白細(xì)胞和血小板。
圖源:
https://courses.lumenlearning.com/boundless-biology/chapter/components-of-the-blood/
a.血紅蛋白 b. 血藍(lán)蛋白 c. 蚯蚓血紅蛋白
c.白細(xì)胞:
白細(xì)胞(White blood cells或 leukocytes,leuko = 白色)約占總血量不到 1%。白細(xì)胞的作用與紅細(xì)胞的作用非常不同。它們主要參與識別和靶向病原體的免疫反應(yīng),例如入侵的細(xì)菌、病毒和其他外來生物。
(a) 血小板是由稱為巨核細(xì)胞的大細(xì)胞形成的。巨核細(xì)胞分裂成數(shù)千個碎片,成為血小板。(b) 血小板與其他凝血因子(例如纖維蛋白原)一起聚集在傷口部位,形成纖維蛋白凝塊,防止失血并使傷口愈合。
2.血液基因組提取方法
a.鹽析方法:
經(jīng)典鹽析法提取血液DNA,其方法為溶解紅細(xì)胞后,離心沉渣用PK消化,用大約6M飽和NaCl沉淀蛋白質(zhì),離心上清中DNA用無水乙醇沉淀,用TE溶解。此方法提取的DNA質(zhì)量尚可,但產(chǎn)率較低,并且純度較差。
b.有機(jī)溶劑方法:
有機(jī)法提取DNA一般是指用平衡酚(又叫飽和酚)、氯仿等按不同比例混合,采用不同方法提取DNA。此方法操作繁瑣,耗時久,且所用試劑具有一定的毒性。
c.柱法(硅膜法):
特殊硅基質(zhì)材料在一定的高鹽緩沖系統(tǒng)下高效、專一地吸附DNA(低鹽、高pH值情況下釋放DNA),配備設(shè)計(jì)獨(dú)特的離心吸附柱式結(jié)構(gòu),使用常規(guī)臺式高速離心機(jī),在30-60min之內(nèi)即可以高效回收核酸片段。此方法操作簡便,但依賴人工操作,很難實(shí)現(xiàn)自動化。
d.磁珠法:
異硫氰酸胍是強(qiáng)烈蛋白變性劑,不破壞蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu),能破壞細(xì)胞膜及核膜蛋白,并使核酸酶失活,釋放DNA。磁珠可以特異性吸附DNA,通過洗滌液洗滌,在僅留有特異吸附DNA的磁珠中加入洗脫液,DNA釋放于洗脫液中。此方法自動化程度高,可滿足高通量提取的需求,是未來核酸提取的發(fā)展方向。
3.濟(jì)凡磁珠法大體積血液核酸提取
近些年,隨著醫(yī)院和第三方獨(dú)立醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室等醫(yī)療機(jī)構(gòu)建立DNA樣本庫的需求越來越廣泛,1~4mL大體積全血DNA提取的工作量迅速增加,傳統(tǒng)的手動操作方案已經(jīng)不能滿足建立大量血液DNA樣本庫的要求,可實(shí)現(xiàn)大體積全血DNA的高通量快速自動提取的工作站已經(jīng)成為大勢所趨。
目前市面上大體積全血樣本DNA提取產(chǎn)品多采用裂解紅細(xì)胞前處理+離心吸附柱方法從全血樣本中分離純化DNA,但此方法存在操作繁瑣、通量小和耗時長的不足。由濟(jì)凡生物研發(fā)的新型血液核酸提取試劑,搭配24通道自動核酸提取儀可實(shí)現(xiàn)大體積血液樣本核酸分離純化。新方案無紅細(xì)胞裂解前處理,只需將血液樣本加入裝有裂解液的24孔預(yù)分裝板后,交由24通道自動核酸提取儀去完成;本方案一次可提取24個樣本,整個過程在2小時內(nèi)便可完成。
由圖示結(jié)果可知:濟(jì)凡磁珠法大體積血液DNA分離純化方案提取2 mL全血樣本基因組DNA,DNA得率為70~78 μg,A260/A280比值為1.8~2.0,A260/A230比值為1.8~2.0。
參考文獻(xiàn):
1.Components of the Blood
https://courses.lumenlearning.com/boundless-biology/chapter/components-of-the-blood/
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3.Buedts L, Smits S, Ameye G, Lehnert S, Ding J, Delforge M, Vermeesch J, Boeckx N, Tousseyn T, Michaux L, Vandenberghe P, Dewaele B. Ultra-low depth sequencing of plasma cell DNA for the detection of copy number aberrations in multiple myeloma. Genes Chromosomes Cancer. 2020 Aug;59(8):465-471. doi: 10.1002/gcc.22848. Epub 2020 May 5. PMID: 32259320.