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血液組成及血液基因組提取方法的介紹

瀏覽次數(shù):3027 發(fā)布日期:2022-5-19  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

背景:
隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,基因組學(xué)研究已成為熱點(diǎn)。在分子遺傳學(xué)和分子流行病學(xué)中,無論是全基因組關(guān)聯(lián)分析GWAS(Genome-Wide Association Studies)、候選SNP(Single Nucleotide Polymorphism)位點(diǎn)基因分型,還是基因組文庫的建立,都需要從大批量血液樣本中提取基因組DNA。因此,如何能夠從高通量血液樣本中提取足量的高質(zhì)量、高純度DNA便成為下游實(shí)驗(yàn)的基本前提。


為了提取獲得高質(zhì)量、高純度血液基因組DNA,首先讓我們需要了解一下血液的組成。
 

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圖源:
https://www.khanacademy.org/science/biology/humanbiology/circulatorypulmonary/a/components-of-the-
blood


1.血液的組成
血液是動物體內(nèi)的一種體液,可向細(xì)胞輸送必要的物質(zhì),如營養(yǎng)和氧氣,并將代謝廢物從這些細(xì)胞中運(yùn)走。血液的主要組成包括:血漿(液體部分,含有水、蛋白質(zhì)、鹽、脂質(zhì)和葡萄糖)、紅細(xì)胞、白細(xì)胞和血小板。
 

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圖源:
https://courses.lumenlearning.com/boundless-biology/chapter/components-of-the-blood/

人體血液的細(xì)胞和細(xì)胞成分:紅細(xì)胞向細(xì)胞輸送氧氣并去除二氧化碳。白細(xì)胞(包括中性粒細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞、嗜堿性粒細(xì)胞、單核細(xì)胞、淋巴細(xì)胞)參與免疫反應(yīng)。血小板形成凝塊,防止受傷后失血。

a.血漿:
血漿是去除所有細(xì)胞和血小板后的血液液體成分,約占總血量的 55%。血漿由 90% 的水和抗體、凝血因子以及維持身體所需的電解質(zhì)、脂質(zhì)和蛋白質(zhì)組成。

b.紅細(xì)胞:
紅細(xì)胞(Red blood cells或erythrocytes,erythro- = “紅色”;-cyte = “細(xì)胞”)是一種通過身體循環(huán)向其他細(xì)胞輸送氧氣的特殊細(xì)胞,由骨髓中的干細(xì)胞形成,約占總血量的 45%。在哺乳動物中,紅細(xì)胞是小的雙凹細(xì)胞,成熟時不含細(xì)胞核或線粒體。它們的大小只有 7–8 µm。在鳥類和非鳥類爬行動物中,紅細(xì)胞含有一個細(xì)胞核。
 
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圖源:NHLBI (public domain)

紅細(xì)胞的顏色來自含鐵血紅蛋白,在大多數(shù)哺乳動物中,紅細(xì)胞沒有任何細(xì)胞器(例如細(xì)胞核、線粒體)。無脊椎動物使用不同的色素來結(jié)合和攜帶氧氣。例如血藍(lán)蛋白(一種藍(lán)綠色、含銅的蛋白質(zhì))、氯紅素(一種綠色、含鐵的色素)和蚯蚓血紅蛋白(一種紅色、含鐵的蛋白質(zhì))。

 
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圖源:
https://courses.lumenlearning.com/boundless-biology/chapter/components-of-the-blood/

a.血紅蛋白 b. 血藍(lán)蛋白 c. 蚯蚓血紅蛋白

c.白細(xì)胞:
白細(xì)胞(White blood cells或 leukocytes,leuko = 白色)約占總血量不到 1%。白細(xì)胞的作用與紅細(xì)胞的作用非常不同。它們主要參與識別和靶向病原體的免疫反應(yīng),例如入侵的細(xì)菌、病毒和其他外來生物。
 

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圖源:
https://courses.lumenlearning.com/boundless-biology/chapter/components-of-the-blood/

白細(xì)胞的類型:(a) 粒性細(xì)胞(中性粒細(xì)胞、嗜酸性粒細(xì)胞和嗜堿性粒細(xì)胞)的特征在于細(xì)胞質(zhì)中的葉狀核和粒狀包涵體。粒細(xì)胞通常是受傷或感染期間的第一反應(yīng)者。(b) 無粒細(xì)胞包括單核細(xì)胞和淋巴細(xì)胞。單核細(xì)胞分化成巨噬細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞,進(jìn)而對感染或損傷作出反應(yīng)。淋巴細(xì)胞,包括 B 細(xì)胞和 T 細(xì)胞,負(fù)責(zé)適應(yīng)性免疫反應(yīng)。

d.血小板:
血小板是由稱為巨核細(xì)胞的較大細(xì)胞分解形成的。對于每個巨核細(xì)胞,形成 2000-3000 個血小板,每立方毫米血液中存在 150,000 至 400,000 個血小板。每個血小板呈圓盤狀,直徑為 2-4 μm,它們包含許多小囊泡,但不包含細(xì)胞核。
 
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(a) 血小板是由稱為巨核細(xì)胞的大細(xì)胞形成的。巨核細(xì)胞分裂成數(shù)千個碎片,成為血小板。(b) 血小板與其他凝血因子(例如纖維蛋白原)一起聚集在傷口部位,形成纖維蛋白凝塊,防止失血并使傷口愈合。

2.血液基因組提取方法
a.鹽析方法:
經(jīng)典鹽析法提取血液DNA,其方法為溶解紅細(xì)胞后,離心沉渣用PK消化,用大約6M飽和NaCl沉淀蛋白質(zhì),離心上清中DNA用無水乙醇沉淀,用TE溶解。此方法提取的DNA質(zhì)量尚可,但產(chǎn)率較低,并且純度較差。

b.有機(jī)溶劑方法:
有機(jī)法提取DNA一般是指用平衡酚(又叫飽和酚)、氯仿等按不同比例混合,采用不同方法提取DNA。此方法操作繁瑣,耗時久,且所用試劑具有一定的毒性。

c.柱法(硅膜法):
特殊硅基質(zhì)材料在一定的高鹽緩沖系統(tǒng)下高效、專一地吸附DNA(低鹽、高pH值情況下釋放DNA),配備設(shè)計(jì)獨(dú)特的離心吸附柱式結(jié)構(gòu),使用常規(guī)臺式高速離心機(jī),在30-60min之內(nèi)即可以高效回收核酸片段。此方法操作簡便,但依賴人工操作,很難實(shí)現(xiàn)自動化。

d.磁珠法:
異硫氰酸胍是強(qiáng)烈蛋白變性劑,不破壞蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu),能破壞細(xì)胞膜及核膜蛋白,并使核酸酶失活,釋放DNA。磁珠可以特異性吸附DNA,通過洗滌液洗滌,在僅留有特異吸附DNA的磁珠中加入洗脫液,DNA釋放于洗脫液中。此方法自動化程度高,可滿足高通量提取的需求,是未來核酸提取的發(fā)展方向。

3.濟(jì)凡磁珠法大體積血液核酸提取
近些年,隨著醫(yī)院和第三方獨(dú)立醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室等醫(yī)療機(jī)構(gòu)建立DNA樣本庫的需求越來越廣泛,1~4mL大體積全血DNA提取的工作量迅速增加,傳統(tǒng)的手動操作方案已經(jīng)不能滿足建立大量血液DNA樣本庫的要求,可實(shí)現(xiàn)大體積全血DNA的高通量快速自動提取的工作站已經(jīng)成為大勢所趨。

目前市面上大體積全血樣本DNA提取產(chǎn)品多采用裂解紅細(xì)胞前處理+離心吸附柱方法從全血樣本中分離純化DNA,但此方法存在操作繁瑣、通量小和耗時長的不足。由濟(jì)凡生物研發(fā)的新型血液核酸提取試劑,搭配24通道自動核酸提取儀可實(shí)現(xiàn)大體積血液樣本核酸分離純化。新方案無紅細(xì)胞裂解前處理,只需將血液樣本加入裝有裂解液的24孔預(yù)分裝板后,交由24通道自動核酸提取儀去完成;本方案一次可提取24個樣本,整個過程在2小時內(nèi)便可完成。
 

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圖:濟(jì)凡24通道核酸自動提取儀(適配大體積血液提。

示例:濟(jì)凡磁珠法大體積血液樣本DNA分離純化方案,提取2 mL全血樣本(300 μL 洗脫)

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由圖示結(jié)果可知:濟(jì)凡磁珠法大體積血液DNA分離純化方案提取2 mL全血樣本基因組DNA,DNA得率為70~78 μg,A260/A280比值為1.8~2.0,A260/A230比值為1.8~2.0。

參考文獻(xiàn):
1.Components of the Blood
https://courses.lumenlearning.com/boundless-biology/chapter/components-of-the-blood/


2.Miller SA, Dykes DD, Polesky HF. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Res. 1988 Feb 11;16(3):1215. doi: 10.1093/nar/16.3.1215. PMID: 3344216; PMCID: PMC334765.

3.Buedts L, Smits S, Ameye G, Lehnert S, Ding J, Delforge M, Vermeesch J, Boeckx N, Tousseyn T, Michaux L, Vandenberghe P, Dewaele B. Ultra-low depth sequencing of plasma cell DNA for the detection of copy number aberrations in multiple myeloma. Genes Chromosomes Cancer. 2020 Aug;59(8):465-471. doi: 10.1002/gcc.22848. Epub 2020 May 5. PMID: 32259320.

來源:濟(jì)凡生物科技(北京)有限公司
聯(lián)系電話:18501955112
E-mail:info@genfine.com

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