深度空間代謝組學(xué)Q&A(二):數(shù)據(jù)處理常見問題
瀏覽次數(shù):709 發(fā)布日期:2022-4-29
來源:中科新生命
各位看官大家好!空間代謝組Q&A又和大家見面啦!上一期,我們介紹了空間代謝組學(xué)的工作流程及樣本準(zhǔn)備小技巧(點(diǎn)擊閱讀)。這一期,我們將為大家繼續(xù)解答數(shù)據(jù)處理中的常見小問題
Q1 深度空間代謝組學(xué)如何進(jìn)行數(shù)據(jù)處理方式是什么?
深度空間代謝組學(xué)的原始數(shù)據(jù)通過
SCILSTM Lab軟件處理。SCILS
TM Lab是由Bruker公司針對空間代謝組學(xué)數(shù)據(jù)特點(diǎn)而開發(fā)的商業(yè)化質(zhì)譜成像分析軟件。該軟件很好地解決了傳統(tǒng)數(shù)據(jù)處理中,涉及空間和高維代謝組信息整合時(shí),難以準(zhǔn)確展現(xiàn)真實(shí)分子層面的變化的痛點(diǎn)。目前該軟件被廣泛使用,堪稱分析利器。
Q2 SCILSTM Lab的優(yōu)勢是什么?
1. 內(nèi)部邏輯穩(wěn)定,集成完整質(zhì)譜數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化與成像分析功能,輸出數(shù)據(jù)可追溯;
2. 集成下一代機(jī)器學(xué)習(xí)集成算法,支持臨床大隊(duì)列分析比較,多樣本/多區(qū)域/3D成像整合處理;
3. 高效的譜圖解析功能,可實(shí)現(xiàn)深度挖掘關(guān)鍵代謝物信息;
4. 可視化操作,數(shù)據(jù)隨時(shí)可調(diào),快速交付。
Q3 深度空間代謝組分析是如何進(jìn)行代謝物定性的?
傳統(tǒng)空間代謝組學(xué)定性指標(biāo)有兩種,分別是MS1(一級(jí)質(zhì)譜)和MS2(二級(jí)質(zhì)譜)。在新一代空間代謝組學(xué)技術(shù)中,利用離子淌度捕集裝置,針對離子橫截面積不同的特點(diǎn)進(jìn)行分離,形成第三個(gè)定性指標(biāo)CCS值。深度空間代謝組學(xué)基于tims-TOF flex MALDI 2開發(fā),可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求,結(jié)合中科本地標(biāo)準(zhǔn)品數(shù)據(jù)庫以及Bruker商業(yè)代謝物數(shù)據(jù),實(shí)現(xiàn)上述三種指標(biāo)的定性分析,大幅提升代謝物鑒定準(zhǔn)確性。
Q4 深度空間代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析結(jié)果示例
關(guān)于每種分析具體功能和應(yīng)用方向,我們會(huì)在下一期空間代謝組學(xué)Q&A中詳細(xì)介紹討論,敬請各位期待~
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深度空間代謝組學(xué):
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