通常，有許多生物體在細(xì)胞培養(yǎng)物內(nèi)造成污染。它們包括：
實(shí)驗(yàn)室的污染來源也同樣廣泛。有時候，污染物在細(xì)胞進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室時就已經(jīng)存在；這種情況最常見的是難以檢測的污染物，如真核細(xì)胞和支原體。細(xì)胞培養(yǎng)基等試劑是另一種來源，特別 是內(nèi)部制備和消毒的、多人使用的或是過期使用的。耗材也很 可能藏匿污染物，所以細(xì)胞培養(yǎng)時強(qiáng)調(diào)只使用一種無菌耗材的重要性。最后，無菌操作技術(shù)使用的疏忽也會引起污染。
清除
         

圖3：在細(xì)胞培養(yǎng)工作中，研究人員可以按照潔凈和臟污的材料劃分工作空間，從而降低污染的風(fēng)險。

最后，需要清理可能攜帶污染物的其他設(shè)備或工具，如水浴搖床和移液管。盡管在現(xiàn)代的細(xì)胞培養(yǎng)中，大多數(shù)接觸細(xì)胞和培養(yǎng)基的材料是一次性使用的，但最好檢查一下所有可能受到污染的物品是否已丟棄、經(jīng)過高壓蒸汽處理（如可能），或是另外消毒。

   
確定污染程度

在清除后，甚至在清除時，有必要對污染程度進(jìn)行評估，確認(rèn)是否超出可接受程度。實(shí)驗(yàn)室成員間的溝通對此起到關(guān)鍵作用。實(shí)驗(yàn)室成員無論何時發(fā)現(xiàn)污染，都必須告知實(shí)驗(yàn)室責(zé)任管理人，他們可告知其他可能受影響的實(shí)驗(yàn)室使用者，并對之后的行動給出建議。這對大型公共平臺來說尤其重要。

在確定污染程度時，最需要了解的是，一種類型的污染物可以以不同的速度在不同的時間污染培養(yǎng)物。這意味著，當(dāng)一種培養(yǎng)物出現(xiàn)污染，其他培養(yǎng)物也可能有已經(jīng)出現(xiàn)相同污染的風(fēng)險，例如，同樣的培養(yǎng)基污染多個培養(yǎng)瓶或細(xì)胞系⸺即使還未到可見的程度。

為此，必須對所有可能受到污染的培養(yǎng)物進(jìn)行徹底檢查，避免忽略低程度的污染物，然后對其進(jìn)行隔離（如有可能）。這些措施應(yīng)持續(xù)幾天，避免有生長緩慢的生物體。至于支原體檢測，觀察活細(xì)胞的標(biāo)準(zhǔn)顯微鏡不太可能發(fā)現(xiàn)污染，因?yàn)槠涮�小，這意味著有必要使用 PCR 進(jìn)行檢測。
 
找出原因

在采取所有控制污染傳播的措施后，有時候任務(wù)的困難之處在于查明原因。盡管許多污染的例子是一次性的事件，比如不恰當(dāng)無菌技術(shù)的后果，但還有許多其他情況是外部感染造成的，將來有可能還要感染其他培養(yǎng)物。為此，尋找源頭的措施應(yīng)立刻進(jìn)行，并且務(wù)必徹底，且應(yīng)由整個團(tuán)隊(duì)共同尋找，而非僅憑個人努力。

第一個需要問的問題是：有模式嗎？是否有些培養(yǎng)物受污染了而有些沒有，這可能是潛在源頭的線索，可以是很小、容易忽視的細(xì)節(jié)（圖 4）。如果整個實(shí)驗(yàn)室出現(xiàn)了這種問題，更可能是系統(tǒng)性的原因，比如通風(fēng)管道、濾器問題、高壓滅菌器問題等。