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代謝組學(xué)兩種常見圖形制作分享

瀏覽次數(shù):692 發(fā)布日期:2021-4-2  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責任自負
1.韋恩圖制作
 
分析網(wǎng)站鏈接:http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

首先,進行網(wǎng)站,導(dǎo)入下圖箭頭所指相關(guān)案例數(shù)據(jù)。
上圖箭頭所指均可自由編輯哦,這里顯示輸入了6組不同數(shù)據(jù)集(網(wǎng)站目前上限數(shù)據(jù)集為6組哦~)。友情提醒,如果是代謝組學(xué)數(shù)據(jù),那一般只需導(dǎo)入代謝物質(zhì)名稱或編號就可以啦。
韋恩分析結(jié)果展示如上圖(左),如需調(diào)出右圖中的單組對應(yīng)信息內(nèi)容,則鼠標左鍵點擊選中相應(yīng)數(shù)字即可,你說方不方便~
當然,如果只要三組數(shù)據(jù)集的韋恩圖展示,那么,我們只需輸入三個對應(yīng)的list數(shù)據(jù)集就可以啦~,這不香嘛~
接下來,還可對圖形進一步調(diào)整展示。比如:圖形展現(xiàn)形式、圖形字體類型、大小等,根據(jù)需求靈活調(diào)整就可以了。

最后,調(diào)試好分析出來的圖形和表格結(jié)果進行本地下載保存,可千萬別忘了哦~

Tips:如果需要展示的數(shù)據(jù)集超過6組的話,咋辦?給大家推薦一個數(shù)據(jù)集合可視化神包—UpSetR,感興趣的小伙伴們可自行搜索查詢~


2.箱線圖制作

分析代碼包:ggplot2 & ggpubr

以iris數(shù)據(jù)集為例,首先在Rstudio里載入ggplot2和ggpubr兩個包(相關(guān)包安裝教程可參考:http://www.bioconductor.org/install/),同時查看下iris數(shù)據(jù)集的表頭信息,這里選取"Sepal.Length"作為關(guān)注變量來繪制不同組間箱線圖含量表達展示。
首先,繪制兩組間的箱線圖結(jié)果,如下圖:
如果需要在圖中顯示不同的樣本散點和橫縱坐標標題,則代碼添加如下:

有時需要在兩組間添加檢驗計算的p值,這里以T檢驗為例,則只需添加計算函數(shù)stat_compare_means(method = "t.test")

當然,如果要把T檢驗的方法調(diào)整成秩和檢驗,則
倘若需做三組(或三組以上)箱線圖展示,同時加上Kruskal-Wallis多組檢驗結(jié)果及post-hoc兩兩比較結(jié)果,則
最后,每組的分組顏色如果要自由定義設(shè)置,那么代碼調(diào)整如下:

如需代碼可以在文末或后臺留言:姓名+單位+手機+郵箱+代碼。
如有其它問題也可在下方直接留言,看完覺得不錯記得點贊哦,也歡迎大家轉(zhuǎn)給需要的小伙伴們!
來源:上海百趣生物醫(yī)學(xué)科技有限公司
聯(lián)系電話:021-61531195
E-mail:chengyichun@biotree.cn

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