新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)在全球范圍內(nèi)對人們的生產(chǎn)生活產(chǎn)生了非常重大的影響,造成了巨大的人員傷亡和經(jīng)濟損失。目前認(rèn)為新型冠狀病毒的感染是從動物開始傳播,已形成全球大流行。據(jù)WHO發(fā)布的實時數(shù)據(jù),目前(截止2021年1月22日)全球累計新冠肺炎確診病例超過9500萬例,死亡人數(shù)超過200萬。研發(fā)抗體以及尋找有效的抗病毒藥物迫在眉睫。
近期的臨床數(shù)據(jù)表明:法匹拉韋能有效改善病人的臨床癥狀,具有治愈率高,副作用小等優(yōu)點。然而,法匹拉韋的抗病毒機制尚不明確。從分子水平上闡明它的作用機制有利于尋找、改造和開發(fā)更有效的抗新冠病毒的藥物。
▲Figure 1. Graphical abstract of Structural Basis of SARS-CoV-2 Polymerase Inhibition by Favipiravir.
SARS-CoV-2是一組具有廣泛宿主范圍的正義RNA病毒。目前,已鑒定出七種感染人類的冠狀病毒;其中SARS-CoV-2與2002-2003年出現(xiàn)的SARS-CoV在基因組序列上的相似性最高(79.5%)。雖然現(xiàn)在已有幾種疫苗在全球范圍內(nèi)開始接種,但是每天的新增病例依然是一個龐大的數(shù)字(超過70萬例)。因此抗新冠病毒藥物的開發(fā)工作迫在眉睫。“老藥新用”是一種快速高效的篩選策略,截止目前已經(jīng)有多種藥物開展了臨床實驗,其中瑞德西韋和法匹拉韋最受人關(guān)注,F(xiàn)有的初步臨床數(shù)據(jù)表明,相比于瑞德西韋,法匹拉韋的治療效果更好,副作用更小,是更有潛力的治療藥物。
▲Figure 2. Incorporation of Favipiravir and Remdesivir into RNA products.
瑞德西韋和法匹拉韋都是核苷類似物。經(jīng)患者服用后,在體內(nèi)轉(zhuǎn)化成三磷酸活性形式。瑞德西韋能模擬A與U配對摻入到子代RNA中(Figure 2.),在子代RNA延伸時,核糖環(huán)上的氰基與聚合酶的氨基酸殘基形成空間位阻,引起產(chǎn)物的異常終止。▲Figure 3. Incorporation of Favipiravir into RNA products by SARS-CoV-2 polymerase In vitro Inhibition of Remdesivir and Favipiravir Against SARS-CoV-2 Polymerase.
與瑞德西韋不同,法匹拉韋能模擬A和G兩種堿基摻入到子代核苷酸中(Figure 2.),但是它不會造成產(chǎn)物的提前終止(Figure 3.),而是通過引起病毒基因組的突變來抑制其增殖。▲Figure 4. Recognition of Favipiravir and Comparison with Other NTP Substrates.
此外,研究人員通過冷凍電鏡技術(shù)解析了法匹拉韋與新冠聚合酶復(fù)合物的高分辨率結(jié)構(gòu)。通過結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn),法匹拉韋還處于三磷酸形式,沒有與前一位核苷酸殘基形成磷酸二酯鍵,說明聚合酶此時處于之前從未報道過的催化前構(gòu)象。同時,研究人員也發(fā)現(xiàn),聚合酶識別法匹拉韋的氨基酸殘基在不同病毒中都相對保守。這一結(jié)構(gòu)不僅幫助研究人員進(jìn)一步了解新冠病毒聚合酶的復(fù)制周期,同時也為開發(fā)廣譜性抗病毒藥物提供了結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。
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