1

A:我設(shè)計的靶點化合物已經(jīng)測完細胞活性，除了需要買蛋白回來測活性以外，還有沒有什么替代的方法來驗證活性?

B:你可以用生物物理的方法做親和力測試，或者生物化學的方法做酶的抑制率和IC50(如果你是要研究抑制劑的話)。

C:你要明確你的靶點，最好有這個靶點現(xiàn)有藥物的構(gòu)效關(guān)系或者藥效團，然后再做結(jié)構(gòu)改造，如果沒有的話稍微有些難度。

D:驗證活性?那就是分子水平，細胞水平還有動物水平。你做了細胞了，那就再做下蛋白，細胞水平很優(yōu)異可以考慮動物水平。

A:靶點已知，目前覺得蛋白很貴，有點不舍得買，所以想看看有沒有別的方法替代。

C:很簡單，上動物。

A:目前從細胞來看我的藥物只對MCF-7細胞活性優(yōu)異，其它細胞活性不怎么樣。

C:裸鼠移植瘤。

D:做乳腺癌啊!細胞活性優(yōu)異，那也要做蛋白水平，不然機制不明確，發(fā)文章不好說清。

C:不應(yīng)該先靶點，再做細胞么？

A:為了降低前期風險，所以我先測了細胞。其實都無所謂吧，如果是靶點設(shè)計。

E:你這排除不好，后期如果是脫靶的怎么辦?

A:脫靶了再想其它方法。

C:萬一你靶點活性不行，細胞有活性，你怎么解釋。

A:再做pcr驗證其它通路吧。

C:你不是藥化么，搞這些太復(fù)雜了!

A:得發(fā)文章呀。

C:結(jié)構(gòu)修飾，靶點篩選，結(jié)構(gòu)再優(yōu)化。

F:你至少得證明你的藥物作用機制吧。

A:但是藥理也得做，所以我想問的是有沒有不需要買酶的方法下來驗證我藥物的靶點。

C:藥化的第一目標是要有活性，然后毒性低，機制可以放后面。

D:你說的沒錯，是做選擇性，但是靶標不明確的情況下可以用來找靶點。

C:反向?qū)�接�?/p>

A:我是基于靶點設(shè)計的，細胞實驗結(jié)果滿意。

E:先做酶活在考慮吧。

C:做一下靶點，做三個濃度，很便宜。比你自己做劃算多了，你自己還不一定做得出來。

A:可是我不想買酶。

F:嗯 沒錢就別做了。設(shè)計的小分子，說去哪兒就去哪兒，那好多研究都不用做了，科研就太簡單了。

C:我之前做的一個腫瘤項目，就沒做靶點，直接上的細胞。

F:我之前一個項目，也是直接上細胞，上動物。但是最后你反過來還得做靶點和機理。

B:測化合物活性，不要搞那么復(fù)雜，細胞水平活性基本就好了，如果知道靶點，就研究具體靶點活性如何。如果不知道靶點，呵呵了，就去搞什么蛋白WB啊、基因PCR等等，容易掉進去了，那是個無底洞的，很大可能是找不到靶點的，除非很有錢很有錢，還有大把大把的時間，就不是化學合成、藥物設(shè)計這塊的領(lǐng)域了，偏太遠了，在不知道靶點的情況下，適可而止，簡單做做細胞水平的細胞凋亡啊、細胞周期等等算了，不深入了，好好花時間去做自己擅長的，比如繼續(xù)設(shè)計化合物、優(yōu)化化合物結(jié)構(gòu)等提高細胞水平活性。

F:沒機理怎么發(fā)文章。

C:JMC也沒看到有多少機理的。藥化就是化合物QSAR和動物藥效，然后看體內(nèi)藥代和毒性，這幾個都有，藥效好就行。

 

2

A:動力學模擬中，小分子與蛋白氨基酸殘基之間共價連接部分反應(yīng)原子和共價鍵(包括鍵長、鍵角)的力場參數(shù)和top文件是怎么生成的?

殷賦科技:amber官方教程有介紹，看看非標準氨基酸的構(gòu)建。

C:如果你的分子不大，直接安裝非標準氨基酸進行處理。

A:嗯，謝謝!我之前有按照非標準氨基酸去處理，但可能是因為包含共價鍵連接，共價鍵的參數(shù)一直不能正確生成。

另外，如果我用QM/MM方法進行動力學模擬，QM區(qū)域限定為配體小分子和反應(yīng)性殘基，不知道這樣是否可以計算出共價鍵生成對結(jié)合自由能大小的影響?QM區(qū)域的溶劑化自由能在QM/MM計算中又是如何評估的呢?

殷賦科技:共價結(jié)合的自由能，原理上還是計算共價結(jié)合前后的自由能差。amber可以計算qm自由能，看看手冊中關(guān)于mmpbsa的參數(shù)，至于共價結(jié)合，不知道能否應(yīng)用。

A:是的，比如schrodinger對共價復(fù)合物結(jié)合自由能的計算就是采用這樣的方法，但是它并不能評估共價鍵的影響。

殷賦科技:那就斷開共價鍵，再計算一個自由能，就知道共價鍵的影響了。

D:我們是現(xiàn)做非共價對接。如果反應(yīng)基團無法維持住夠長的時間，后面的都不用做了。反應(yīng)基團與參與反應(yīng)的氨基酸殘基靠的足夠近，維持時間夠長。

E:共價鍵用qm/mm計算完全沒有問題，但是成本巨大。qm/mm計算非常精細，給出很多細節(jié)。

A:是的，QM是完全可以計算出鍵的生產(chǎn)和斷裂所引起能量變化的，而且共價鍵的生產(chǎn)好像并不需要依靠時間的累積，條件允許有可能瞬間發(fā)生。就是不知道Amber QM/MM模擬計算GB結(jié)合自由能有沒有考慮鍵能。

 

3

A:pymol能顯示鍵能嗎?

殷賦科技:不能。

A:您知道有什么方式嗎?

殷賦科技:我們平臺啊,對接后就有g(shù)rid打分。如果你要精細研究單個鍵能，要用量化計算。

B:想請教一下預(yù)測的蛋白質(zhì)3D 結(jié)構(gòu) 根據(jù)1維預(yù)測3D 每個氨基酸坐標，有辦法評估一下預(yù)測的結(jié)果嗎？

殷賦科技:Ramachandra plot, ERRAT, Verify3D等等指標都可以評估蛋白質(zhì)量。

C:請問一下有沒有對應(yīng)pH下 氨基酸質(zhì)子化狀態(tài)的預(yù)測網(wǎng)站？

殷賦科技:H++。

A:請教一下，跨膜蛋白做分子對接要加膜嗎?

B:不用帶膜 但需要膜內(nèi)的構(gòu)象。

 

A:求大神解答ligplot生成的圖沒辦法存成圖片，大家怎么解決的哦?

B:打印，會自動生成pdf保存，高清。

 

A:gromacs小分子拓撲用什么軟件生成啊?

B:可以用progrn，但需要翻墻。

C:prodrg，acpype。

 

A:化合物打氫譜碳譜都能對上，但是低分辨質(zhì)譜沒找到想要的離子峰，請問這有可能嗎?

B:質(zhì)譜響應(yīng)不同，可能你的化合物質(zhì)譜響應(yīng)差，但微量的雜質(zhì)質(zhì)譜響應(yīng)很強，就會掩蓋你化合物的離子峰。前陣子剛吃過這個虧，重新測了液質(zhì)，才糾正了這個錯誤。

 

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殷賦云平臺-分子對接方案，智能化預(yù)測蛋白質(zhì)、多肽、核酸與小分子間的相互作用。

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