Autodock、Autodock Vina與Dock6

A:有沒有關(guān)于分子對接結(jié)果解讀之類的文章呢，有些時候結(jié)果出來了不會分析不會看。

殷賦科技:《【文獻(xiàn)重現(xiàn)】D715-2441 抑制劑與PB2蛋白的結(jié)合模式研究》的最后就有分析，解讀無非就是看圖說話，再結(jié)合一些實驗數(shù)據(jù)、相關(guān)文獻(xiàn)進(jìn)行拓展。

A:dock6也是開源的嗎，感覺autodock各種教程網(wǎng)上更多呢。

殷賦科技:開源啊，如果按照dock6官方教程去操作，非常麻煩，AutoDock相對好些，dock6安裝起來就比較麻煩，還必須在linux下;vina不用安裝，下載即用。

B:請問大神，autodock4可不可以做共價對接。

殷賦科技:http://autodock.scripps.edu/resources/covalentdocking。

C:windows系統(tǒng)能用autodock和vina嗎?

殷賦科技:可以啊。

D:這個是網(wǎng)頁版的嗎?

B:需要下載Cygwin，模擬Linux系統(tǒng)。

殷賦科技:vina在Windows中用DOS命令即可，autodock4不建議用，也不清楚。

E:vina和autodock加入到環(huán)境變量里面應(yīng)該都可以運(yùn)行。

F:請問一下大家，有誰用autodock做過柔性對接嗎?請問如何選擇合適的flexible residue?

殷賦科技:一般不建議用flexible -receptor docking，經(jīng)驗表明它并不比rigid-receptor docking更好，可能反而更差。一定要用的話，先用rigid計算一遍，看看哪些殘基與ligand有直接或間接相互作用又柔性較強(qiáng)的(比如，Lys這樣的長支鏈氨基酸)，定義為flexible residues后再對接。不宜定義太多。

墨靈格:今天將UCSF DOCK的作者John Irwin在2005年回答分子對接與打分函數(shù)的郵件翻了出來，分享一下他對(1)什么是成功的分子對接;(2)關(guān)于打分值與實驗值的相關(guān)性理解。http://blog.molcalx.com.cn/2019/05/01/predict-binding-affinity.html#ucsfdock。

原文：http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2005-February/000035.html。15年前的標(biāo)準(zhǔn)，不知是否有變。

殷賦科技:從我的經(jīng)驗來看，dock6的篩選能力應(yīng)該有所提高，標(biāo)準(zhǔn)可以提升一些。I的做法是：先用vina過濾大型數(shù)據(jù)庫(～150萬)，挑選top 1000個化合物，再用dock6篩選，得100-200個，然后聚類分析和人工挑選，最后購買～25個化合物去做生物活性測試，能發(fā)現(xiàn)幾個活性化合物。我認(rèn)為，dock6功不可沒。

墨靈格:方法肯定沒有問題。

殷賦科技:在預(yù)測結(jié)合模式方面，我粗略比較過vina, dock6和根據(jù)以前在實驗室時使用moe的經(jīng)驗，認(rèn)為dock6更好。薛定諤沒有用過。有時間不妨做個測試集和腳本，讓大家一起做一遍，親身體會下各軟件的能力。

結(jié)合力的預(yù)測和與實驗數(shù)據(jù)的相關(guān)性方面，我一直都認(rèn)為絕對值沒有實際意義。但用于少量同骨架化合物的比較，相對值還是能跟其活性數(shù)據(jù)對應(yīng)上的。做過的一個項目，就表現(xiàn)出～0.9的相關(guān)性。

蛋白與多肽對接

G:請問autodock可以用來做蛋白質(zhì)和多肽的對接嗎？

殷賦科技:可以，但要看你的多肽有多長，太長就不適合。多肽要在6個氨基酸以下，最好是4個氨基酸以下。超過6個氨基酸，要用專門的軟件或web服務(wù)。

G:對于比較長的多肽或者兩個蛋白質(zhì)對接，用什么軟件或者web比較好？

殷賦科技:蛋白對接有ZDOCK、Rosetta、I-TASSER。

如何發(fā)表好的SCI文章

G:現(xiàn)在想發(fā)表比較好點的SCI，做完對接后一般都需要補(bǔ)充實驗數(shù)據(jù)吧。

殷賦科技:要用對接結(jié)果來指導(dǎo)實驗嗎?要做實驗驗證嗎？

G:是的。

殷賦科技:一般的套路是實驗(觀察)+計算(解釋)，更好是計算(預(yù)測)+實驗(驗證)。

G:只做預(yù)測但是不驗證估計發(fā)不了文章吧。

殷賦科技:可以發(fā)的，IF比較低罷了。既然你都說想發(fā)好點的，那就加上實驗吧，因為計算方面你不會做得很深。

氨基酸突變

G:嗯，是的。后面估計要通過突變來驗證觀察到的作用位點。

H:也可以跑模擬。

殷賦科技:那就做完對接跑動力學(xué)，甚至在動力學(xué)中也做個突變的模擬。用優(yōu)化好的蛋白，手動修改需要突變的氨基酸，再跑一次動力學(xué)。

H:pymol可以做殘基突變。

I:那知道殘基了，那要突變成哪個氨基酸，一般是怎么選擇?pymol怎么做?有插件?還是?

殷賦科技:這個……你做實驗想突變成什么就改成什么咯，一般是丙氨酸，也就是刪掉支鏈。但并非刪掉支鏈就可以，還要修改氨基酸殘基的名稱，實際操作中是選中要突變的氨基酸殘基，然后利用軟件的突變功能，點擊一下，完成突變。

殷賦科技:不建議用pymol做分子操作，可以用DS Visualizer。

J:pymol里點一下就突變?yōu)槟阆胍�的任何氨基酸�?/p>

K:但是這個突變后的氨基酸的伸展方向可以改變嗎?

Sheldon Celan Livermuch:突變?yōu)楸�氨酸就沒有伸展方向了。

K:明白了。做別的氨基酸的話。就不行了吧？

殷賦科技:也可以啊，那要看情況了�？梢约s束蛋白其他氨基酸，做個快速的能量優(yōu)化。

K:pymol可以做到嗎?我只做過簡單的突變。

殷賦科技:突變可以，優(yōu)化不行(吧?)

從激酶DFG-IN構(gòu)象去模擬它的DMG-OUT構(gòu)象

L:請問一個問題: 大家有什么好的方法，從激酶DFG-IN構(gòu)象去模擬它的DMG-OUT構(gòu)象。有沒有看到這樣的tools或者web server？

殷賦科技:動力學(xué)模擬咯，用amber或gromacs，至于如何才能模擬出來，這就要你對體系有足夠了解，知道它的機(jī)制了。

L:這個我也想過，那個變化還是很大的。

殷賦科技:必要時，用拉伸動力學(xué)。

L:MD也需要手動設(shè)置好才行吧，不然計算也耗不起。

殷賦科技:要啊，初始狀態(tài)盡可能接近。最好找同源蛋白，看看有沒有OUT構(gòu)象，拿來參考。

L:關(guān)鍵是loop一般都是部分解析，MD得給它補(bǔ)個完全的出來。

殷賦科技:不長還好，長loop模擬起來容易失真。

L:其實這個loop本身就是動來動去。

殷賦科技:看情況吧，說多了也只是紙上談兵。

L:激酶現(xiàn)在很多TYPE2 的解析結(jié)構(gòu)也難，得靠你自己判斷。

L:嗯，是的，我看到有些文章報道DFG model一種統(tǒng)計學(xué)方法。

殷賦科技:那就好啊，拿來試試。

L:明天再搜搜有沒有這類簡單一些方法。

J:用馬爾可夫態(tài)模型基于分子動力學(xué)方法是研究構(gòu)象變化的自由能變化很不錯，也就是MSM+MD。

NMR計算

M:殷賦科技-張老師好，最近計算了一個化合物NMR數(shù)據(jù)，看文獻(xiàn)上好多都做了DP4+Probability分析，也在 http://www.jmg.ch.cam.ac.uk/tools/nmr/DP4找到了文獻(xiàn)里說的小程序，但是那個小程序下載之后不知道怎么打開的，請問張老師這個分析具體是怎么做的呢?

殷賦科技:我沒有用過文獻(xiàn)的小程序去做DP4，而是采用OLS做直線回歸。請參考：http://cheshirenmr.info/Instructions.htm。我們正在開發(fā)ECD/NMR計算平臺，今年會上線。

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