培養(yǎng)基滅菌是否徹底，影響因素很多，除了培養(yǎng)基內(nèi)雜菌的種類和數(shù)量，滅菌溫度的高低，時間長短外，還取決于：
 
1. 營養(yǎng)成分的保持
濕熱滅菌時，微生物被殺死的同時，培養(yǎng)基的營養(yǎng)成分也遭到了一定的破壞，特別是氨基酸和維生素。如在121℃，僅20min，就有59%的賴氨酸和精氨酸及其他堿性氨基酸被破壞，蛋氨酸和色氨酸也有相當(dāng)數(shù)量被破壞。在熱的作用下某些營養(yǎng)成分還可能因受熱而相互之間發(fā)生反應(yīng)，造成培養(yǎng)基中原有營養(yǎng)成分的數(shù)量變化，因而影響培養(yǎng)基質(zhì)量。
 
2. 微生物的耐熱性
細(xì)菌芽孢的熱阻較大，滅菌所需要的時間取決于把細(xì)菌芽孢減少到所規(guī)定數(shù)目的時間。
 
3. pH值
pH值對微生物的耐熱性影響很大。pH值介于6.0~8.0時，微生物最不易死亡。pH<6.0時，微生物比較容易死亡，此時H+很容易滲入微生物的細(xì)胞，從而改變細(xì)胞的生理反應(yīng)，促使其死亡。所以培養(yǎng)基的pH越低，所需的時間也越短。
 
4. 培養(yǎng)基成分
油脂、糖類及蛋白質(zhì)等組成的高濃度有機(jī)物會包于細(xì)胞的周圍形式一層薄膜、影響熱的傳導(dǎo)。而高濃度的鹽類、色素則削弱其耐熱性，滅菌較易。例如：大腸桿菌在水中加熱至60-65℃便死亡，在10%糖液中需70℃加熱4-6分鐘才死亡，在30%糖液中需30分鐘才死亡。一般糖類含量較多的時候最好選用115℃，30分鐘；一般的培養(yǎng)基可選擇121℃20分鐘。
 
5. 泡沫
泡沫中的空氣形成隔熱層，使熱量難以滲透進(jìn)去，殺死其中的雜菌。
 
6. 顆粒
顆粒小，容易滅菌，顆粒大，則難滅菌。對于含有少量較大顆粒及粗纖維的培養(yǎng)基，可用粗濾的方法（不應(yīng)影響培養(yǎng)基質(zhì)量）予以除去，培養(yǎng)基結(jié)塊會造成培養(yǎng)基滅菌的不徹底。
 
7. 滅菌鍋內(nèi)空氣是否排凈
這個是影響滅菌是溫度和壓力比例關(guān)系的要點(diǎn)，同樣達(dá)到了相同的壓力的情況下，如果空氣未能排凈，也就是說不是純蒸汽滅菌，此時的溫度不一定能達(dá)到目的要求，會嚴(yán)重影響滅菌效果。