靶標(biāo)預(yù)測

A:有什么簡單的方法可以通過化合物的結(jié)構(gòu)式預(yù)測該化合物可能的藥理毒理作用么，比如抗腫瘤，抗炎，抗神經(jīng)等等。

B:反向找靶。

A:那就復(fù)雜咯，想簡單點，然后去做細(xì)胞實驗驗證。想著是不是可以通過計算機(jī)來預(yù)測哈子。

C:反向?qū)�接�?/p>

D:直接做激酶譜不就行了。

E:多糖類藥物可以做這個激酶譜嗎?

F:激酶譜 一次2、3萬。

A:你這花費也太高了，都不知道有啥作用呢。

E:那它出來的效果很好嗎?還是效果不一定好。

A:多糖類?我接觸到的客戶多糖類的，好像做炎癥的偏多。

G:多肽類的呢?

E:多糖類做炎癥的是很多。

G:多糖抗菌性唄。

H:不知道有啥用，為啥要合成呢。

I:他是不是先試試有沒有毒比較靠譜，如果毒性大直接放棄吧!

A:我聽說可以通過計算機(jī)分析出化合物的藥理與毒理，還有成藥性等。具體實驗啥的，可以后面做嘛，先預(yù)測，后驗證。

J:或者試試靶點預(yù)測。

K:先比較下結(jié)構(gòu)相似性，看看可能有啥活性。

C:先從成藥性考查一下?

H:我覺得結(jié)構(gòu)相似性這個方向可行。

E:結(jié)構(gòu)相似性怎么做啊?

C:我記得有些什么定律，能判斷一個化合物適不適合做藥。

L:藥物相似性和OB么?

M:類藥物五原則，分子相似度。

N:藥是沒有規(guī)律的，偉大的藥是上天的恩賜，有可能這話很難聽。但是做學(xué)術(shù)研究還是可以的。

C:也是，植物中稀奇古怪的次級代謝物有些都是活性很好的藥。

C:Swisstarget也行。

O:我自己靶標(biāo)預(yù)測的經(jīng)驗，是多用幾個預(yù)測系統(tǒng)，選擇重復(fù)的靶標(biāo)進(jìn)行實驗驗證。

P:如果一個化合物或者兩種化合物，利用殷賦科技的AI計算技術(shù)，可以預(yù)測作用及靶點，非常有價値。

殷賦科技: 想不到這個問題這么多人關(guān)注哈。

O:大家都有化合物，不知道如何選擇靶標(biāo)吧，我也用了swisstarget。

Q:大神們，swissmodel建出來的模型也可以發(fā)sci的嗎?

殷賦科技:光建模嗎?

N:什么是靶點?

Q: 還有實驗!但我感覺swissmodle也太不準(zhǔn)了吧。

殷賦科技:那就可以發(fā)啊。感覺不準(zhǔn)的依據(jù)是?

殷賦科技:同源性足夠高，覆蓋范圍足夠長，應(yīng)該還好吧。結(jié)合蛋白的功能以及相關(guān)實驗信息(比如定點突變)的提示，選擇“正確”的模型。

分子對接常用軟件

A:請教前輩們一個問題：DS、MOE、Autodock、schrodinger 這四個軟件，哪一個用來做分子對接接更好一點?

殷賦科技:薛定諤沒用過，我推薦用Dock6。

B:薛定諤挺準(zhǔn)的，不過操作不友好。

A:那發(fā)文章啥的，用哪個合適，感覺schrodinger界面更精致。

殷賦科技:你用什么軟件做計算，就用什么寫文章，不過要注意，商業(yè)軟件需要有版權(quán)。

A:那就貌似用autodock不用有版權(quán)吧。

C:我覺得花錢的好。

殷賦科技:autodock 引用文獻(xiàn)就好。

A:花錢是挺好，但是沒有錢呢!

殷賦科技:這些商業(yè)軟件當(dāng)然貴了，大多數(shù)功能模塊都是用不著的。你們還在糾結(jié)這個問題，用dock6啊，免費又準(zhǔn)確。

虛擬篩選費用

E:這兩天用vina篩一個二十多萬的分子庫，費了一個多星期，不知道算不算正常?

E:28核CPU。

殷賦科技 :正常

F:假設(shè)是22萬化合物，那么你的篩選速度相當(dāng)于每核心每化合物1.3分鐘。對vina來講正常了。但是，你可以租賃計算機(jī)，一臺機(jī)器一周7天大約500元。你用7個節(jié)點，500元一天搞定。14個節(jié)點，500元，半天搞定。

殷賦科技:求推薦。

F :廣州超算中心，就是貴一倍1000元也值。

E:這么計算，確實很值得，看來現(xiàn)如今計算資源才是王道啊。

殷賦科技:用起來吧!高效地發(fā)文章。

更多資訊，請登錄www.yinfotek.com 或關(guān)注微信公眾號“殷賦科技”。我司建立了微信學(xué)術(shù)交流群，為生物醫(yī)藥領(lǐng)域的朋友搭建溝通交流的互動平臺。想入群的朋友，請在微信公眾號菜單欄輸入“加群”，根據(jù)提示操作即可。