一、認識shRNA：

 

在研究基因功能中，RNAi由于可以特異性地使基因沉默或表達量降低而成為生物實驗中的有力工具。其中，shRNA是可以克隆至表達載體并表達siRNA雙鏈的DNA分子。今天給大家分享兩種能快速設計shRNA的方法。

 

二、shRNA的設計:

 

1. Sigma網(wǎng)站

 

Sigma公司做了一個針對人和小鼠的shRNA庫，而且部分基因的shRNA序列經(jīng)過驗證，因此直接使用Sigma公司已驗證過的RNAi序列最為方便。

首先打開網(wǎng)址：http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html  出現(xiàn)以下界面：

 

 

以NLRP3基因為例，直接輸入基因名，點擊search，出現(xiàn)以下界面：

 

 

在Products中找到并點擊shRNA選項，出現(xiàn)以下界面：

 

 

點擊“MISSION shRNA Lentiviral Transduction Particles”這一行的“價格”，這時會彈出界面展示針對目的基因的shRNA，界面如下：

 

 

 

注：建議選擇CDS區(qū)的shRNA，3UTR基本不選，而且選擇的每一條shRNA盡量在NCBI上做下BLAST，確保靶點的特異性。

 

2. Life Technologies網(wǎng)站

 

Life Technologies公司有個非常實用的在線shRNA設計軟件，操作非常方便，而且設計出來的shRNA不需要再到NCBI上Blast，直接可以使用。

首先打開網(wǎng)址：https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/sort.do，在Target Design Options處選中shRNA，以NLRP3基因為例，輸入Accession number或Nucleotide sequence，其他條件不變：

 

 

下拉點擊“RNAi Design”，出現(xiàn)如下頁面：

 

 

選取原則：1.避免選取GGG和CCC等高GC序列 ；2.ShRNA目的序列的第一個堿基必須是G以確保RNA聚合酶轉錄。如果選擇的目的序列不以G開頭，必須在緊連正義鏈的上游加一個G。

根據(jù)Rank評星，從中選取合適靶點序列（一般選擇4條，不同位置各一條），點擊Design shRNA Oligos：

 

 

然后在“Default Loop Sequence”選擇合適的序列，在“Custom Loop Sequence”處輸入合適的loop環(huán)序列，點擊Design，即得shRNA序列。

 

附：維真shRNA序列設計如下：