實驗原理
真核生物的DNA是以染色體的形式存在于細胞核內(nèi),制備DNA將DNA與蛋白質(zhì)、脂類和糖類等分離,同時保持DNA分子的完整。提取DNA的過程是指將分散好的組織細胞在含SDS(十二烷基硫酸鈉)和蛋白酶K的溶液中消化分解蛋白質(zhì),再用酚和氯仿/異戊醇抽提分離蛋白質(zhì),得到的DNA溶液經(jīng)乙醇沉淀使DNA從溶液中析出。蛋白酶K的重要特性是能在SDS和EDTA(乙二胺四乙酸二鈉)存在下保持很高的活性。
在提取DNA的反應(yīng)體系中,SDS用于細胞膜、核膜,并使組織蛋白與DNA分離,EDTA則抑制細胞中Dnase活性;而蛋白酶K可將蛋白質(zhì)降解成小肽或氨基酸,使起與DNA分子分離開來。
實驗材料
(1)細胞裂解緩沖液:
Tris (pH8.0) 100 mmol/L ;EDTA (pH 8.0) 500 mmol/L; NaCL 20 mmol/L; SDS 10% ;胰RNA酶 20ug/ml。
(2)蛋白酶K: 稱取20mg蛋白酶k溶于1ml滅菌的雙蒸水中,用一次性過濾器過濾除菌,-20℃?zhèn)溆谩?/p>
(3)TE緩沖液(pH 8.0),高壓滅菌后室溫貯存。
(4)酚:氯仿:異戊醇=25:24:1(體積比)。
(5)NaAc 3 mol/L。
(6)異丙醇、冷無水乙醇、70%乙醇、滅菌水。
實驗過程
1、取新鮮或冰凍動物組織塊0.1g(0.5cm3),盡量剪碎。放入勻漿器中,加入2ml細胞裂解緩沖液,然后充分研磨,至不見明顯組織塊,然后轉(zhuǎn)入1.5ml 離心管中,以12000 rpm離心5min。
2、棄掉上清,加入0.4ml細胞裂解緩沖液,迅速吹散沉淀。加入20ul蛋白酶K(0.2mg/ml),混勻。在65℃恒溫水浴鍋中水浴30min,或轉(zhuǎn)入37℃水浴12~24h,間歇振蕩離心管數(shù)次。于臺式離心機以12000 rpm離心5min,取上清液入另一離心管中。
3、加入等體積酚:氯仿:異戊醇抽提一次,溫柔混勻。4℃條件下,10000rpm,離心10min。
4、輕輕吸取上層液面,注意不要吸到兩層之間的白色沉淀。如上層液面中白色沉淀較多或渾濁可以再次加入等體積酚:氯仿:異戊醇抽提一次。
5、向吸取的上清液中加入1/10體積的NaAc,輕柔混勻,然后加入2.5倍體積的-20℃預(yù)冷的無水乙醇,輕柔混勻后,-20℃冰箱中沉淀過夜。
6、12 000rpm 離心 20min,棄上清;加入-20℃預(yù)冷的75%乙醇,12000rpm 離心 15min 室握溫干燥,加入適量無菌水溶解基因組DNA,存放于 4℃,如溶解不充分可輕搖溶解過夜。
注意事項
1、選取的組織須是新鮮材料,且處理時間不宜過長。
2、操作過程盡可能在低溫條件進行,避免基因組DNA降解或斷裂。
3、使用酚:氯仿:異戊醇,乙醇抽提或沉淀DNA時須輕柔操作,避免DNA降解或斷裂。
4、實驗中會使用到有機試劑,須注意防護,并在通風條件下進行操作。
常見問題及分析
出現(xiàn)問題 |
原因 |
解決方法 |
獲得的DNA量少 |
材料不新鮮 |
選擇新鮮材料,并縮短處理時間 |
所用組織未充分研磨 |
低溫條件下充分研磨組織,無明顯組織塊 |
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抽提或沉淀操作失誤 |
所用試劑須提前預(yù)冷,離心操作最好是能在低溫下進行。 |
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未充分溶解所得DNA |
增加溶解用無菌水,并輕搖溶解 |
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DNA不易溶解或溶解后渾濁 |
雜質(zhì)較多 |
增加酚氯仿抽提次數(shù),抽提后減少吸取液體量,避免吸入雜質(zhì)。 |
沉淀太干 |
操作時注意避免過度晾干,,加入無菌水溶解后,輕搖溶解。 |
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電泳時條帶不帶一或有背景 |
RNA污染 |
加入RNAase,排除RNA污染。 |
DNA降解或斷裂 |
實驗操作過程中注意輕柔操作,盡可能在低溫條件下進行。 |
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