LncRNA研究發(fā)表的成果五花八門,然而借助于lncRNA芯片,挖掘其中的高通量數(shù)據(jù),發(fā)表5分影響因子的文章,還是可行的。本研究是以葉酸處理肥胖模型為基礎(chǔ),讓我們來看看到底怎么樣就可以在《Cellular Physiology and Biochemistry》(IF=5.104)上發(fā)表。
研究背景
Folic Acid(FA, 葉酸),在促神經(jīng)管發(fā)育等方面的作用而被廣大備孕青年們使用。然而,除了這方面的用處外,現(xiàn)在的研究也發(fā)現(xiàn),葉酸可以預(yù)防肥胖引起的心血管和代謝異常。但是,其中的內(nèi)在分子機(jī)制是什么?本研究就是通過小鼠模型,高脂喂育加葉酸下,小鼠心臟中l(wèi)ncRNA和mRNA的變化分析,解釋了葉酸對胖子們心血管方面的影響。研究結(jié)果
1. 模型表型分析
研究人員通過對照組(SD),高脂喂育組(HFD)和葉酸加高脂喂育組(HFDF)模型,比較了12周以后的體重變化。結(jié)果顯示,HFD和HFDF組差別不大,但是HFD組比對照SD組顯著增高,糖耐受也增加。此外,HFD組的血漿瘦蛋白相比HFDF組顯著升高。因此,肥胖組,葉酸肥胖組還是存在著表型上的差異。
2. 差異lncRNA和mRNA篩選
為探究葉酸培養(yǎng)肥胖組的內(nèi)在RNAs表達(dá)變化,研究人員利用小鼠lncRNA表達(dá)譜芯片(伯豪生物提供),對HFD和HFDF組進(jìn)行了差異篩選。結(jié)果顯示,共有220個lncRNA表達(dá)異常(122個上調(diào),98個下調(diào)),共有101個mRNA表達(dá)異常(88個上調(diào),13個下調(diào))。3. 差異mRNA功能分析
那么,這些差異的100多個mRNA主要參與哪些生物學(xué)功能和信號通路呢?GO富集分析顯示,這些基因主要涉及到轉(zhuǎn)運(yùn),細(xì)胞發(fā)育和代謝過程;pathway富集分析顯示,主要涉及到“細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體互作”、“破骨細(xì)胞分化”、“MAPK 信號通路”、“代謝通路”和“葉酸生成”等,和炎癥,能量代謝和細(xì)胞分化相關(guān)的信號通路。4. 共表達(dá)分析挖掘lncRNA生物學(xué)功能
為挖掘異常表達(dá)的lncRNA的生物學(xué)功能,研究人員分別對HFD組和HFDF組的差異lncRNA與mRNA進(jìn)行共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,比較兩組之間變化大的RNAs。結(jié)果顯示,Dnajb1, Egr2, Hba-a1, NONMMUT033847, NONMMUT070811, NOMMUT015327變化顯著。而這些差異基因的功能,也主要是細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體互作”、“破骨細(xì)胞分化”、“MAPK 信號通路”、“Jak-STAT信號通路”等。因此,這些變化的lncRNA可能是通過影響這些信號通路影響肥胖者的心血管功能。5. QRT-PCR驗(yàn)證
研究人員最后對上述篩選到的mRNA和lncRNA進(jìn)行了qRT-PCR驗(yàn)證。結(jié)果顯示,驗(yàn)證數(shù)據(jù)和芯片數(shù)據(jù)高度一致。因此,葉酸可能是通過這些lncRNA和相關(guān)基因影響肥胖者的相關(guān)生理機(jī)能。研究結(jié)論
本研究通過一個非常巧妙的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),深入分析和挖掘了葉酸對于肥胖來說引起的lncRNA和mRNA變化。并通過共表達(dá)分析探討lncRNA的潛在生物學(xué)功能。該研究條理清晰,簡單明了,是非常不錯的lncRNA研究。