今天,小編跟您聊聊磷酸化蛋白質(zhì)組鑒定!
蛋白質(zhì)翻譯后修飾(PTMs)幾乎參與了細胞所有正常生命活動的過程,并發(fā)揮十分重要的調(diào)控作用。蛋白修飾已經(jīng)成為國際上蛋白質(zhì)研究的一個極其重要的領(lǐng)域,目前研究比較成熟的有磷酸化、乙;、糖基化、泛素化等。
蛋白質(zhì)磷酸化是生物體中最常見、最重要的一種蛋白質(zhì)翻譯后修飾方式,它可以通過激發(fā)、調(diào)節(jié)諸多信號通路進而參與調(diào)控生物體的生長、發(fā)育、逆境應激、疾病發(fā)生等多種生命過程,一直是生物學研究的重點與熱點。根據(jù)客戶需求,金開瑞蛋白質(zhì)組平臺可提供磷酸化蛋白質(zhì)組全譜鑒定、label-free定量技術(shù)服務。
磷酸化蛋白質(zhì)組全譜鑒定以組織、細胞等較為復雜樣本為研究對象,目的在于鑒定樣品中發(fā)生磷酸化的蛋白質(zhì)以及相應的磷酸化位點。首先對蛋白樣本進行酶解,TiO2或IMAC-Fe或IMAC-Ti富集磷酸化多肽,5600-plus質(zhì)譜檢測,利用得到的質(zhì)譜譜圖與相應數(shù)據(jù)庫搜索比較,從而得到肽段序列結(jié)果,同時通過生物信息軟件計算出磷酸化位點。對于磷酸化位點鑒定,為了增加定位修飾位點的準確性,金開瑞采用較流行的Ascore算法對發(fā)生在各位點的磷酸化修飾做進一步打分評估,從而正確辨別真實修飾位點。
技術(shù)路線:
技術(shù)特點:
●富集方法特異性高,對低PH溶液、去垢劑、鹽類、其它低分子污染物有更高的耐受性,容易與非磷酸化肽段分離;
●通量大,一次可以鑒定1000個以上磷酸化位點。
適用范圍:
●已知物種基因組序列、ESTs序列或蛋白質(zhì)序列全庫;
●無其他特別要求。
經(jīng)典案例:
題目:Identification of tyrosine-phosphorylated proteins associated with lung cancer metastasis using label-free quantitative analyses.(用Label-free定量技術(shù)鑒定肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的酪氨酸磷酸化蛋白)
期刊:Journal of proteome research
主要技術(shù):Label-free定量技術(shù)
文章摘要:酪氨酸磷酸化(P-酪氨酸)蛋白可參與肺癌的侵襲和轉(zhuǎn)移,但目前已被報道的數(shù)量還較少。本文采用Label-free定量技術(shù)進行大規(guī)模研究酪氨酸磷酸化蛋白及其參與轉(zhuǎn)移過程的情況,共鑒定到來自276個磷酸化蛋白的335個P-Tyr位點。Label-free定量結(jié)果顯示,有36個磷酸化肽在不同酪氨酸磷酸化蛋白侵襲能力的樣品間呈現(xiàn)顯著差異。從這些肽段中提取了兩個新的位點保守序列和4個已知的特定激酶和磷酸化motif序列:EGFR, Src, JAK2和TC-PTP。通過對P-絡(luò)氨酸蛋白的蛋白相互作用分析發(fā)現(xiàn),有11個蛋白連接在包含EGFR, c-Src, c-Myc和STAT的互作網(wǎng)絡(luò)中,該網(wǎng)絡(luò)已被確認與肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)。這11個蛋白中有7個之前未報道,這將提供一個更好的、全面的了解肺癌的侵襲/轉(zhuǎn)移的機制及治療方法。
圖:新發(fā)現(xiàn)的三個motif展示
Wu HY, Tseng VS et al. Identification of tyrosine-phosphorylated proteins associated with lung cancer metastasis using label-free quantitative analyses. Journal of proteome research
圖: 表達量發(fā)生顯著變化的酪氨酸磷酸化蛋白的網(wǎng)絡(luò)互作圖
Wu HY, Tseng VS et al. Identification of tyrosine-phosphorylated proteins associated with lung cancer metastasis using label-free quantitative analyses. Journal of proteome research
參考文獻:Wu HY, Tseng VS, Chen LC, Chang HY, Chuang IC, Tsay YG, Liao PC: Identification of tyrosine-phosphorylated proteins associated with lung cancer metastasis using label-free quantitative analyses. Journal of proteome research 2010, 9(8): 4102-4112.