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吉?jiǎng)P基因Dr.L的私家實(shí)驗(yàn)筆記——穩(wěn)定株

瀏覽次數(shù):4401 發(fā)布日期:2016-8-5  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

1、什么是瞬時(shí)表達(dá)和穩(wěn)定表達(dá)?

課前熱身,了解的同學(xué)請(qǐng)直接進(jìn)入題2

瞬時(shí)表達(dá):外源片段不能隨細(xì)胞分裂而一同復(fù)制,導(dǎo)致表達(dá)時(shí)間短暫,且表達(dá)量隨時(shí)間逐漸下降。

穩(wěn)定表達(dá):是指外源片段整合入細(xì)胞基因組中,并能隨細(xì)胞分裂穩(wěn)定傳遞下去,表達(dá)量長時(shí)間處于穩(wěn)定水平。

那穩(wěn)定株,顧名思義當(dāng)然是屬于穩(wěn)定表達(dá)的體系了。

2、我的實(shí)驗(yàn)是否需要篩選穩(wěn)定株?

能夠達(dá)到穩(wěn)定表達(dá)的方法不止穩(wěn)定株一種哦。我們使用慢病毒感染細(xì)胞,也一樣可以達(dá)到穩(wěn)定表達(dá)的效果。什么原理呢?

*慢病毒是整合型的逆轉(zhuǎn)錄病毒載體,感染細(xì)胞后,攜帶的外源片段會(huì)直接整合入細(xì)胞的基因組DNA中,并能夠隨細(xì)胞分裂穩(wěn)定傳代。所以對(duì)于大多數(shù)實(shí)驗(yàn),包括細(xì)胞周期、凋亡、增殖等功能學(xué)實(shí)驗(yàn),甚至裸鼠成瘤等長時(shí)間的實(shí)驗(yàn),只要細(xì)胞感染效率較高(70%~80%以上),感染一次慢病毒就可以達(dá)到長時(shí)間、高效的基因操作的目的,滿足實(shí)驗(yàn)要求,無須篩選穩(wěn)定細(xì)胞株。

3、細(xì)胞感染效率較高(70%~80%以上),臣妾做不到啊,難感染的細(xì)胞怎么辦?

少年,恭喜你選擇了hard模式。那就趕緊召喚穩(wěn)定株吧。那么問題來了,選擇何種方式將外源片段整合入細(xì)胞基因組中呢?

質(zhì)粒(常規(guī)轉(zhuǎn)染/電轉(zhuǎn)):這種方法介導(dǎo)的整合幾率和中500w彩票差不多哦😱(<<10-6),且整合進(jìn)入的片段大小是隨機(jī)的,常常不是丟了西瓜(目的基因)就是少了芝麻(抗性基因),導(dǎo)致假陽/陰性率高。

慢病毒:攜帶的外源片段在病毒重組酶的作用下直接整合入細(xì)胞的基因組DNA中,因此效率與質(zhì)粒相比要高多個(gè)數(shù)量級(jí)。而且整合片段是固定的,目的基因和抗性基因終于可以手牽手一起走啦。

下面幫大家整理了利用抗性基因進(jìn)行篩選的標(biāo)準(zhǔn)流程。

*藥篩法關(guān)鍵在于藥物作用濃度和時(shí)間的確定,這點(diǎn)根據(jù)細(xì)胞的不同需要經(jīng)過預(yù)實(shí)驗(yàn),還要保證在篩選出穩(wěn)定株的同時(shí)藥物不會(huì)對(duì)細(xì)胞的狀態(tài)產(chǎn)生不良影響。

➢常用抗性篩選標(biāo)志物:新霉素(neomycin)、潮霉素(hygromycin)和嘌呤霉素(puromycin),常用G418來代替新霉素進(jìn)行選擇性篩選。

篩選抗生素的推薦使用濃度(μg/ml

💣此處有坑請(qǐng)注意:大部分細(xì)胞是群居“動(dòng)物”,需要同類的陪伴才能正常生長哦,若是不幸落單,則生長緩慢或者索性不長,再努力也拿不到單克隆株呢。

4、那么問題來了,同樣是穩(wěn)定株,單克。炕旌峡寺?傻傻分不清楚~要怎么選?

單克隆穩(wěn)定株:來源于含有穩(wěn)定整合外源片段的單個(gè)細(xì)胞的擴(kuò)增。

混合穩(wěn)定株:由多個(gè)單克隆穩(wěn)定株混合構(gòu)成的克隆群,不同的單克隆其外源片段的整合位點(diǎn)不一樣。

由于不同細(xì)胞基因組背景存在差異,且不同整合位點(diǎn)的單克隆細(xì)胞株表現(xiàn)出來的細(xì)胞表型可能不一致,所以使用混合克隆株更能去除細(xì)胞間差異造成的干擾,否則需要對(duì)多個(gè)單克隆穩(wěn)定株進(jìn)行比較,才能獲得更精確的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。

為了去除細(xì)胞間差異,得到更精確的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,我們推薦您使用慢病毒感染,或者構(gòu)建混合克隆穩(wěn)定株!

● 感染效率70%~80%以上即可直接實(shí)驗(yàn),不會(huì)受到質(zhì)疑

● 高分低分文獻(xiàn)都使用混合克隆,國際承認(rèn)

● 篩選單克隆株至少要用兩株細(xì)胞來去除細(xì)胞間差異,工作量翻倍,不劃算

比如下面這篇5分文章,花了2個(gè)月構(gòu)建穩(wěn)定株,再吭哧吭哧把細(xì)胞功能學(xué)、動(dòng)物實(shí)驗(yàn)都做了兩遍。不但要保證兩個(gè)單克隆株目的基因表達(dá)量一致,功能實(shí)驗(yàn)結(jié)果也要類似哦!要是不一致怎么辦?換一株再重復(fù)呀,真是給自己挖了一大坑!

5、穩(wěn)定株構(gòu)建不出來,怎么辦?可誘導(dǎo)表達(dá)的穩(wěn)定株:TET-on慢病毒系統(tǒng)

下面兩種情況,常規(guī)的穩(wěn)定株構(gòu)建式比較困難的,但是辦法總比困難多

1)過表達(dá):看基因功能。如果是抑制腫瘤細(xì)胞的增殖或促進(jìn)腫瘤細(xì)胞的凋亡,那么是很難構(gòu)建穩(wěn)定株的(目的基因感染細(xì)胞后就會(huì)凋亡或不長)。

2)干擾:建議構(gòu)建可誘導(dǎo)表達(dá)的穩(wěn)定株。RNA 干擾敲減的是細(xì)胞內(nèi)源在用的基因,敲減后,短時(shí)間內(nèi)會(huì)看到抑制效果,但時(shí)間長了后,細(xì)胞內(nèi)會(huì)有調(diào)控機(jī)制將被抑制的基因上調(diào)表達(dá),甚至超過常規(guī)的量。

這兩種情況下,建議病毒感染細(xì)胞后直接做功能實(shí)驗(yàn)或進(jìn)行裸鼠成瘤實(shí)驗(yàn)。如果要做穩(wěn)定株需要用TET-on慢病毒系統(tǒng)。

那什么是TET-on系統(tǒng)?具體如何使用呢?

我們下期見!


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