每個瓶子都有一個氬氣壓力管道及輸送管道進入瓶蓋插塞，對于亞磷酰胺，1—8號瓶其壓力管道也作為排氣管。氬氣管要保持在液體水平以上，而輸送管卻伸到瓶的底部。當閥門正確設(shè)置打開時，儲液瓶上部空間由氬氣加壓，液體被推進輸送管，流到其目的地。

(二)壓力系統(tǒng)

　　系統(tǒng)壓力由超純氬(99．998％)提供。氬氣密度高、氧污染少，因此高壓氬氣常常用來啟動真空輔助系統(tǒng)及供給合成儀調(diào)節(jié)器。進入合成儀的氬氣通過10txm的顆粒過濾器后送到3個壓力調(diào)節(jié)器，調(diào)節(jié)器將氬氣輸送到特定的壓力閥來增加試劑和溶劑瓶的壓力。調(diào)節(jié)器也將氬氣供給柱子和試劑閥體。

(三)試劑和溶劑儲液瓶

　　儀器上每個儲液瓶都有特定的位置，儲液瓶蓋座和儀器上所有號碼相對應(yīng)，儀器上的位置或儲液瓶的編號都是1—8(5個堿基的儀器為1～5)、9、10、11、12、14、15、18和19(配有自動分析的儀器)。將1～8號瓶向上推，在聚四氟乙烯插塞周圍有一“O”形環(huán)，每一瓶頸內(nèi)部形成一氣密塞。因為試劑輸送系統(tǒng)是要加壓的，所以要使瓶子與儀器之間的密封塞保持氣密性。選擇合適的一次性塞及在瓶上加“O”形環(huán)可以加強氣密性。

(四)亞磷酰胺瓶排氣

　　除了加壓外，亞磷酰胺瓶都是用壓力排氣管排氣的。把亞磷酰胺放人儀器前，要用氬氣排除空氣使其凈化。凈化是通過輸送管輸送氣體，當氣體輸送到瓶內(nèi)時，空氣經(jīng)壓力排氣管排出。這是由瓶子更換步驟自動完成的。廢液瓶是輸送系統(tǒng)的低壓側(cè)，必須將出口與大氣相通。要確保排氣管通到通風柜。如果排氣管阻塞，將會產(chǎn)生反壓，試劑和溶劑的輸送會受到抑制。

(五)輸送閥塊

　　試劑輸送系統(tǒng)包括兩個試劑閥塊(8堿基儀器有3個)及2個或4個柱閥塊。閥塊控制氣體和化學試劑流人柱子及出口。除亞磷酰胺和四唑以外，試劑和溶劑都被同時輸送到所有活化柱。當有多個活化柱時，對流速的細微變化，以自動調(diào)節(jié)每個柱子的輸送次數(shù)來補償。每一個5—端口柱閥塊將流出物導人廢液口、DMT收集口，或DNA收集瓶，它也控制用于除去或沖洗柱內(nèi)和柱閥塊內(nèi)的試劑的氬氣。

(六)路節(jié)流閥

　　試劑通過底部的luer接頭，流到柱子，如果沒擰上下面的一個luer接頭，應(yīng)會在一個圓柱形的玻璃流路節(jié)流閥上發(fā)現(xiàn)。試劑通過流路節(jié)流閥中一個很小的通道流到柱子。小量的試劑可以在流路節(jié)流閥中結(jié)晶，長期這樣會造成流路阻塞。

(七)輔助真空

對于閥塊的適當運行，關(guān)鍵是隔膜形成一個圓頂小空隙，每次電磁閥打開時，抽氣泵為每個閥塊提供了輔助真空，輔助真空在隔膜的螺線管一側(cè)形成，使隔膜形成一圓頂空隙。　　

(八)柱子

　　起始結(jié)合在載體上的核苷酸是裝在一次性的柱子中，除柱體外，還有2個固定過濾板和2個接頭，所有的部件都由惰性材料制成。固定過濾板是多孑L性聚苯乙烯固定在兩端蓋子中。人口和出口都是母路厄氏(1uer)接頭，與儀器的公路厄氏接頭配對。柱子是對稱的(沒有頂端和底部、前后之分)，可以以任何方式與公路厄氏接頭相連接。每一個柱子都用顏色編號，表示不同的起始核苷酸，以及有一個唯一的連續(xù)順序號碼。正常的流路是從底部進入，通過向上輸送液體，使CPG顆粒上升并保持懸浮狀態(tài)。溶劑和試劑的流速已經(jīng)設(shè)置好，能使顆粒適當?shù)鼗旌稀?SPAN lang=EN-US>

(九)廢液和排氣

　　大多數(shù)化學試劑輸送的最終點是廢液瓶，廢液瓶是一個空立著的10L的聚苯乙烯容器，可放在合成儀附近的地板上或放在低于儀器的附近工作臺上。排氣管將廢氣導人適當?shù)呐艢庋b置，如排煙罩。

(十)電導池

　　電導流動池是為了測定在每個DNA合成循環(huán)內(nèi)釋放的DMT陽離子的總電導而設(shè)計的。流動池是由一空隙隔開的兩個電極組成，在空隙之間應(yīng)用一小電壓。DMT陽離子流過電導池時起電導作用。

(十一)電池

　　DNA合成儀一般帶有鋰電池，可以使用幾年。當主電源斷開時，所有的合成參數(shù)都被保留下來。這些參數(shù)包括儲存的DNA序列，用戶設(shè)定的循環(huán)、步驟和功能，以及瓶子使用資料等。如果正在合成中電源出現(xiàn)故障，合成將被中斷，只有主電源恢復(fù)時合成才可重新開始。電池還保持合成儀內(nèi)部的時鐘計時。

(十二)控制器

　　控制器指導和初始合成儀的所有活動，它的主要部分是軟件、微處理機、顯示屏幕、鍵板及相關(guān)的電子部件。軟件控制合成的所有必要操作并由微處理機來解釋和執(zhí)行。軟件儲存在一個可取出的存儲卡中，這個存儲卡插在儀器的背面。合成信息顯示在液晶顯示屏上，通過選擇鍵板上的鍵可與儀器交流。軟件是“菜單驅(qū)動”，通過按適當?shù)逆I，可選擇一項，給予指令。為了完成自動合成，軟件應(yīng)用一個包含一系列步驟的循環(huán)來完成全部化學反應(yīng)。