5. 仔細(xì)移取上清液至另一50ml離心管,加入1倍體積異丙醇,混勻,室溫下放置片刻即出現(xiàn)絮狀DNA沉淀。
6. 在1.5ml eppendorf中加入1ml TE。用鉤狀玻璃棒撈出DNA絮團(tuán),在干凈吸水紙上吸干,轉(zhuǎn)入含TE的離心管中,DNA很快溶解于TE。
7. 如DNA不形成絮狀沉淀,則可用5000rpm離心5分鐘, 再將沉淀移入TE管中。這樣收集的沉淀,往往難溶解于TE,可在60℃水浴放置15分鐘以上,以幫助溶解。
8. 將DNA溶液3000rpm離心5分鐘, 上清液倒入干凈的5ml離心管。
9. 加入5μl RNaseA(10μg/μl), 37℃ 10分鐘, 除去RNA(RNA對(duì)DNA的操作、分析一般無(wú)影響,可省略該步驟)。
10. 加入1/10體積的3mol/L NaAc及2×體積的冰乙醇,混勻,-20℃放置20分鐘左右,DNA形成絮狀沉淀。
11. 用玻棒撈出DNA沉淀,70%乙醇漂洗,再在干凈吸水紙上吸干。
12. 將DNA重溶解于1ml TE, -20貯存。
13. 取2μl DNA樣品在0.7% Agarose膠上電泳, 檢測(cè)DNA的分子大小。同時(shí)取15μl稀釋20倍, 測(cè)定OD260/OD280, 檢測(cè)DNA含量及質(zhì)量。
[注意] 5g樣品可保證獲得500μg DNA, 足供RFLP、PCR等分析之用。
(二). 從李(蘋果)葉子提取基因組DNA
1. 取3-5克嫩葉, 液氮磨成粉狀。
2. 加入提取緩沖液Ⅱ10ml, 再研磨至溶漿狀。10000rpm, 10min。
3. 去上清液,沉淀加提取液Ⅰ20ml, 混勻。65℃, 30-60min, 常搖動(dòng)。
4. 同本節(jié)(一)中步驟3-13操作。
2. 從動(dòng)物組織提取基因組DNA
一、材料
哺乳動(dòng)物新鮮組織。
二、設(shè)備
移液管、高速冷凍離心機(jī)、臺(tái)式離心機(jī)、水浴鍋。
三、試劑
1、分離緩沖液:10mmol/L Tris·Cl pH7.4, 10mmol/L NaCl, 25mmol/L EDTA。
2、其它試劑:10% SDS,蛋白酶 K (20mg/ml或粉劑),乙醚,酚:氯仿:異戊醇(25:24:1),無(wú)水乙醇及70%乙醇,5mol/L NaCl,3mol/L NaAc,TE。
四、操作步驟:
1. 切取組織
2. 倒入液氮,磨成粉末,加10ml分離緩沖液。
3. 加1ml 10% SDS, 混勻,此時(shí)樣品變得很粘稠。
4. 加50ul或1mg 蛋白酶 K,
5. 加1ml 5mol/L NaCl, 混勻,5000rpm離心數(shù)秒鐘。
6.取上清液于新離心管,用等體積酚:氯仿:異戊醇(25:24:1)抽提。待分層后,3000rpm離心 5分鐘。
7. 取上層水相至干凈離心管, 加2倍體積乙醚抽提(在通風(fēng)情況下操作)。
8. 移去上層乙醚,保留下層水相。
9. 加1/10 體積3mol/L NaAc, 及2倍體積無(wú)水乙醇顛倒混合沉淀DNA。室溫下靜止10-20分鐘,DNA沉淀形成白色絮狀物。
10. 用玻棒鉤出DNA沉淀,70%乙醇中漂洗后,在吸水紙上吸干,溶解于1ml TE中,
11. 如果DNA溶液中有不溶解顆粒,可在5000rpm短暫離心,取上清; 如要除去其中的RNA,可加5μl RNaseA(10μg/μl),
3. 細(xì)菌基因組DNA的制備
一、材料
細(xì)菌培養(yǎng)物。
二、設(shè)備
移液管, 高速冷凍離心機(jī), 臺(tái)式離心機(jī),水浴鍋。
三、試劑
1、CTAB/NaCl溶液:
2、其它試劑:氯仿:異戊醇(24:1),酚:氯仿:異戊醇(25:24:1),異丙醇,70% 乙醇,TE,10% SDS,蛋白酶 K (20mg/ml或粉劑),5mol/L NaCl。
四、操作步驟:
1. 100ml 細(xì)菌過(guò)夜培養(yǎng)液, 5000rpm離心10分鐘, 去上清液。
2. 加9.5ml TE懸浮沉淀, 并加0.5ml 10% SDS, 50μl 20mg/ml(或1mg干粉)蛋白酶 K, 混勻,
3. 加1.5ml 5mol/L NaCl, 混勻。
4. 加1.5ml CTAB/NaCl溶液, 混勻,
5. 用等體積酚:氯仿:異戊醇(25:24:1)抽提, 5000rpm離心10分鐘, 將上清液移至干凈離心管。
6. 用等體積氯仿:異戊醇(24:1)抽提, 取上清液移至干凈管中。
7. 加1倍體積異丙醇, 顛倒混合, 室溫下靜止10分鐘,沉淀DNA。
8. 用玻棒撈出DNA沉淀, 70%乙醇漂洗后, 吸干,溶解于1ml TE,
9. 如要除去其中的RNA, 可以按本章第三節(jié)中操作步驟處理。
4. 基因組DNA的檢測(cè)
上述方法得到的DNA一般可以用作Southern, RFLP、PCR等分析。由于所用材料的不同,得到的DNA產(chǎn)量及質(zhì)量均不同,有時(shí)DNA中含有酚類和多糖類物質(zhì),會(huì)影響酶切和PCR的效果。所以獲得基因組DNA后,均需檢測(cè)DNA的產(chǎn)量和質(zhì)量。
1. DNA溶液稀釋20-30倍后,測(cè)定OD260 /OD280 比值, 明確DNA的含量和質(zhì)量。
2. 取2-5μl 在0.7% agarose膠上電泳, 檢測(cè)DNA的分子大小。
3. 取2μg DNA, 用10單位(U)HindⅢ酶切過(guò)夜, 0.7% agarose膠上電泳, 檢測(cè)能否完全酶解(做RFLP, DNA必須完全酶解)。
如果DNA中所含雜質(zhì)多, 不能完全酶切, 或小分子DNA多, 影響接續(xù)的分析和操作,可以用下列方法處理:
(1)選用幼嫩植物組織,可減少淀粉類的含量。
。2) 酚:氯仿抽提, 去除蛋白質(zhì)和多糖。
。3)Sepharose柱過(guò)濾, 去除酚類、多糖和小分子DNA。
(4)CsCl梯度離心, 去除雜質(zhì), 分離大片段DNA(可用作文庫(kù)構(gòu)建)。