miRNA,siRNA高通量篩選由蘇州吉諾瑞公司推出,本公司全面代理
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1.背景介紹
RNAi技術(shù)是一種新型的基因沉默工具,可簡(jiǎn)單、快速、特異地分析特定基因的細(xì)胞功能。其工作原理如下:在內(nèi)源蛋白復(fù)合物(RISC)的作用下,雙鏈RNA分子可以通過(guò)堿基互補(bǔ)配對(duì)原則而降解目標(biāo)靶基因的信使RNA(mRNA),從而達(dá)到沉默靶基因表達(dá)水平的目的。在全基因范圍,篩選與確認(rèn)特定細(xì)胞行為的功能基因已成為藥物化學(xué)、生命科學(xué)研究已經(jīng)應(yīng)用的常規(guī)手段;赟iRNA全基因組文庫(kù)的高通量篩選技術(shù),可平行分析成千上萬(wàn)條基因的功能,大大加快研究進(jìn)程,從而能迅速、全面地鑒定出細(xì)胞過(guò)程或信號(hào)傳導(dǎo)途徑的相關(guān)候選基因,以及疾病相關(guān)的藥物靶基因,保證研究成果更為系統(tǒng)、新穎。
2.常規(guī)孔板篩選辦法
常規(guī)的siRNA篩選是基于384或96微孔板,采用一般轉(zhuǎn)染siRNA的方法或者反式轉(zhuǎn)染方法將siRNA導(dǎo)入細(xì)胞進(jìn)行高通量的細(xì)胞功能篩選。其中反式轉(zhuǎn)染法由于操作方便,時(shí)間較短,常被高通量篩選采用。簡(jiǎn)單講,預(yù)先將siRNA文庫(kù)里各條siRNA分別與轉(zhuǎn)染試劑混合,轉(zhuǎn)移到384微孔板中,然后將培養(yǎng)好的細(xì)胞接種到微孔板里,細(xì)胞被轉(zhuǎn)染siRNA。經(jīng)過(guò)48-72小時(shí)的培養(yǎng),蛋白表達(dá)水平沉默后,通過(guò)高通量的微孔板讀數(shù)儀或高通量的掃描顯微鏡讀出孔板里的細(xì)胞信號(hào)。若這些細(xì)胞信號(hào)與參照細(xì)胞相比發(fā)生了變化,則認(rèn)為相應(yīng)的siRNA與研究的細(xì)胞過(guò)程相關(guān),從而鑒定出相關(guān)的候選基因。
傳統(tǒng)siRNA篩選示意圖
微孔板篩選雖然簡(jiǎn)單明了,使用方便,適合于100-500個(gè)基因范圍的篩選。但是當(dāng)篩選庫(kù)容量增大時(shí),孔板篩選的成本將大大提高。比如,全基因組2萬(wàn)個(gè)基因,若重復(fù)三次篩選,需做6萬(wàn)次轉(zhuǎn)染、分析,因此使用的siRNA、轉(zhuǎn)染試劑、以及后續(xù)檢測(cè)用的抗體和底物需要量特別大。
3.芯片篩選技術(shù)
除了傳統(tǒng)的孔板篩選服務(wù)外,吉諾瑞針對(duì)大規(guī)模篩選需求,成功開(kāi)發(fā)出先進(jìn)的SAMcell(Self-Assemble Microcell)細(xì)胞芯片技術(shù),在玻璃蓋玻片上,細(xì)胞自組裝形成細(xì)胞島點(diǎn)陣,極大地提高了篩選通量。同時(shí)采用反向轉(zhuǎn)染技術(shù),簡(jiǎn)化了篩選過(guò)程,同時(shí)大大減少篩選中使用的SiRNA和相應(yīng)試劑的用量。
SAM cell技術(shù)示意圖: 在芯片上點(diǎn)印siRNA或miRNA,接種細(xì)胞后,細(xì)胞自組裝形成細(xì)胞島點(diǎn)陣,同時(shí)siRNA或miRNA自動(dòng)轉(zhuǎn)染到對(duì)應(yīng)的細(xì)胞小島,最后通過(guò)高內(nèi)涵圖像掃描系統(tǒng)成像,分析實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
細(xì)胞島間無(wú)交叉污染:在20x20mm的蓋玻片上,細(xì)胞在自組裝形成點(diǎn)陣的同時(shí)轉(zhuǎn)染表達(dá)GFP的質(zhì)粒,細(xì)胞小島間隔形成熒光點(diǎn)陣,而相鄰的細(xì)胞小島(沒(méi)有轉(zhuǎn)染GFP質(zhì)粒)則沒(méi)有熒光信號(hào)。
技術(shù)特點(diǎn):
1. 篩選通量極大提高。
2.操作簡(jiǎn)單,只需要像傳統(tǒng)的細(xì)胞培養(yǎng)操作一樣加入細(xì)胞,細(xì)胞自組裝自轉(zhuǎn)染,使得大規(guī)模篩選十分方便。
3.驗(yàn)平行性好,穩(wěn)定性提高100倍,所有細(xì)胞小島在同樣的培養(yǎng)環(huán)境,避免384孔板間實(shí)驗(yàn)條件差別。
4.成本是現(xiàn)有篩選技術(shù)的十分之一, SiRNA、轉(zhuǎn)染試劑及檢測(cè)抗體用量都大大降低。
SAM cell技術(shù)已經(jīng)大量應(yīng)用于SiRNA基因文庫(kù)及化合物庫(kù)高通量篩選。
4.篩選設(shè)備
吉諾瑞擁有高通量液體工作站、高內(nèi)涵成像儀、微孔板讀數(shù)儀、酶標(biāo)儀、高通量細(xì)胞分裝以及清洗儀先進(jìn)的全套高通量篩選設(shè)備
5.目前吉諾瑞提供如下規(guī)模文庫(kù)篩選
1) 全基因組siRNA文庫(kù)(約21585genes)
2) 人類全miRNA文庫(kù)及inhibitor(904條)
3) 細(xì)胞周期調(diào)節(jié)siRNA 文庫(kù)(131genes)
4) 去泛素化酶siRNA文庫(kù)(127genes)
5) 磷酸化酶文庫(kù)(257genes)
6) 細(xì)胞因子受體siRNA文庫(kù)(319genes)
7) G蛋白偶聯(lián)受體siRNA文庫(kù)(516genes)