2020年末，在英國、南非等多個國家發(fā)現(xiàn)的變異新冠病毒，由于傳播力增強、致死率增高引發(fā)了全世界人民的廣泛關(guān)注。而近日，在我國新冠肺炎疫情防控進入常態(tài)化防控階段，多地相繼出現(xiàn)散發(fā)、聚集或多點散發(fā)聚集疫情，其中也發(fā)現(xiàn)了變異新冠病毒感染者，再加上臨近春節(jié)，導(dǎo)致疫情防控形勢變得嚴峻而復(fù)雜。

在目前全球疫情確診人數(shù)屢創(chuàng)新高的背景下，我們無法獨善其身，進口產(chǎn)品外包裝屢現(xiàn)新冠病毒的新聞也時刻提醒著我們新冠病毒仍沒有遠去。近日，中國疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所等機構(gòu)的研究人員分析對比了2020年4-11月的輸入病毒導(dǎo)致的十起本土疫情首例病例的新冠病毒基因特征，為我國新冠防控策略的制定以及后續(xù)新冠疫情的溯源提供了參考依據(jù)^[1]。
 

該研究對十株病毒基因組測序數(shù)據(jù)進行了詳細分析，包括：

• 新冠病毒的全基因組測序

• 使用CLC Genomics Workbench對測序結(jié)果進行全基因組拼接

• 將拼接結(jié)果與參考序列 (NC_045512.2) 比對

• 基于比對結(jié)果分析變異位點

• 選取GISAID數(shù)據(jù)庫特征性序列，構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹

結(jié)果表明，這十起本土疫情的首例病例基因組按照中國分型法可劃分為4個型，按照Pangolin 分型法可劃分為7 個型，與我國1-3月份武漢流行的毒株屬于不同基因型，不是本土SARS⁃CoV⁃2的持續(xù)傳播。與近期英國和南非變異株屬于不同基因型，無相關(guān)性。

病毒的全基因組測序方案目前主要有靶向測序和宏基因組測序兩種，其中的靶向測序是將基因組中病毒的核酸序列進行靶向富集，然后進行測序，具有靈活性高、特異性強、操作便捷、成本低等特點，彌補了宏基因組測序靈敏度不足和數(shù)據(jù)分析繁瑣等缺陷。QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel基于多重PCR技術(shù)，僅需1輪PCR即可有針對性的從復(fù)雜的背景信息里將新型冠狀病毒的全基因片段進行完整的擴增，再根據(jù)不同的測序需求進行簡單的文庫構(gòu)建即可上機測序。

QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel可以保留可能出現(xiàn)的變異序列信息，針對目前出現(xiàn)的變異新冠病毒，如英國發(fā)現(xiàn)的B.1.1.7以及南非發(fā)現(xiàn)的B.1.351，其病毒變異位點均可有效擴增并檢出。

B.1.1.7突變株相關(guān)突變位點 

 B.1.351突變株相關(guān)突變位點 

多重PCR技術(shù)實驗簡單操作方便，很容易實現(xiàn)自動化，靈敏度較高，即使針對病毒載量較低 (qPCR Ct≥35) 的樣本也能輕松擴增得到全基因組序列，美國馬里蘭州衛(wèi)生部針對不同病毒載量樣本的測試結(jié)果表明QIAseq SARS-CoV-2 Primer Panel對新冠病毒的基因組覆蓋度極高，對大部分樣本的覆蓋度高于99.95%，針對Ct值37.5的樣本也能擴增并實現(xiàn)95%的覆蓋度，確保呈現(xiàn)最完整的病毒核酸信息。

同時基于多重PCR技術(shù)的病毒全基因組測序數(shù)據(jù)量小、分析容易、外源干擾少，特別適合疾控中心和科研院所等機構(gòu)進行病毒的檢測、變異鑒定等研究。數(shù)據(jù)分析更是可以選擇文獻報道中使用的CLC Genomics Workbench，CLC 提供了針對QIAseq SARS-CoV-2完整的分析流程，通過一鍵式分析即可獲得病毒對應(yīng)的一致性序列及突變位點信息。

目前全球疫情蔓延加劇惡化，雖然我國不會再出現(xiàn)類似武漢的嚴重情況，但疫情防控任務(wù)依然繁重。相信在全國人民的共同努力下，我們終將取得疫情防控的全面勝利！

參考文獻：

[1] 趙翔，馮曄囡，陳志肖，等. 輸入病毒導(dǎo)致的十起本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析[J/OL]. 病毒學(xué)報. https://doi.org/10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003863

*以上產(chǎn)品僅限科研使用，不可用于診斷過程。

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