Illumina文庫產(chǎn)品申請試用，更可獲因美納品牌提示物

瀏覽次數(shù)：18267　發(fā)布日期：2023-12-6　來源：Illumina因美納公眾號

新型RNA文庫制備試劑盒具有簡化的工作流程
Motoshige Yasuike，日本漁業(yè)研究教育廳（FRA）漁業(yè)資源研究所

Motoshige Yasuike博士和實驗室助理Erika Fukaya女士在NextSeq™ 500測序儀前合照

2020年6月，因美納推出了三款新的RNA文庫制備試劑盒。Motoshige Yasuike博士的團隊——日本漁業(yè)研究教育廳（FRA）漁業(yè)資源研究所漁業(yè)資源評估中心生物信息學和生物科學部分子功能分析小組，使用了Illumina Stranded mRNA Prep，Ligation，該試劑盒提供了更快、成本更低的文庫制備工作流程，可以實現(xiàn)更快、起始量更低的樣本分析。我們向Yasuike博士詢問了選擇該試劑盒的決定性因素以及他的用戶體驗。

我們主要進行轉錄組分析，整理重要漁業(yè)生物的基因組信息，從分子水平上了解它們的各種生理現(xiàn)象。日本擁有世界上最好的漁場，漁業(yè)產(chǎn)品種類繁多。因此，我們的目標物種非常廣泛，不僅包括魚類，還包括魷魚等頭足綱動物、日本虎蝦等甲殼綱動物、紫菜和裙帶菜等海藻以及用于珍珠養(yǎng)殖的珍珠貝。我們使用這種適用于所有此類非模式生物的試劑盒進行基因分類和表達圖譜分析（mRNA-Seq）。

之前我們使用的是TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit。與傳統(tǒng)產(chǎn)品（TruSeq）相比，這款新產(chǎn)品的宣傳特點為：

推薦的最小總RNA量從100 ng更改為25 ng，擴大了可分析樣本的范圍
并且工作時間縮短了近40%

因此，該產(chǎn)品一經(jīng)發(fā)布，我們就立即改用了它。

實際上是我們的實驗室助理進行了實驗。由于她有一個正在上小學低年級的孩子，所以她通常每天工作6個小時（8:30到15:30）。當我們使用傳統(tǒng)的TruSeq時，制備文庫需要3天時間，但使用這種新產(chǎn)品時，即使算上緩沖時間，我們也可以在2天或更短時間內完成文庫制備。因此，我們現(xiàn)在可以處理比以前更多的樣本。說實話，我們的實驗室助理在分子生物學實驗方面毫無經(jīng)驗。但是，使用這款簡化了工作流程的新產(chǎn)品后，她從第二次實驗開始就能獨自操作，并能獲得穩(wěn)定的結果。我認為，無論誰來做實驗，都能獲得穩(wěn)定的結果，這在提高數(shù)據(jù)可靠性方面是一大優(yōu)勢。

未來，我們不僅計劃對實驗室中現(xiàn)存的漁業(yè)生物進行RNA-Seq分析，還計劃對從海洋和河流中采集的各種物種的天然樣本進行RNA-Seq分析。其中，有些物種只能采集到極少量的組織。如果能夠使用微量的總RNA樣本（例如1 ng）進行分析，那么分析靶標的范圍將大大擴展。此外，天然樣本在船上難以進行解剖，其中一些可能保存不善。然而，這些可能是再也無法采集到的珍貴樣本。因此，我們希望因美納能開發(fā)出一種試劑盒，即使利用已經(jīng)部分降解的非模式生物RNA，也能高效地制備文庫。