SBC ToolBox VIP專區(qū)再添新模塊—GSEA，GSEA(基因集富集分析)，基因在差異比較中表達(dá)的上下調(diào)與富集分析的碰撞，尋找出與差異上調(diào)或者下調(diào)密切相關(guān)的基因條目（GO、Pathway等）。與經(jīng)常使用的GO、KEGG富集分析不同，GO、KEGG富集分析不考慮基因表達(dá)變化程度，GSEA把基因表達(dá)值作為考慮因素，也可以把全部表達(dá)的基因進(jìn)行富集分析。一般情況下可以使用GSEA官網(wǎng)提供的客戶端進(jìn)行基因集富集分析，詳細(xì)的操作步驟也可以在官網(wǎng)找到。SBC ToolBox使用R包進(jìn)行GSEA數(shù)據(jù)分析，其具有輸入數(shù)據(jù)更簡(jiǎn)潔，分析速度更快的特點(diǎn)。

GSEA官網(wǎng)鏈接：

https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp
 

登錄GSEA模塊

a) 可以在SBC ToolBox導(dǎo)航頁(yè)面的VIP專區(qū)找到GSEA模塊。

b) 也可以直接登錄站點(diǎn)：

https://www4.shbiochip.com/V2023/svip/gsea/

c) 與單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄分析一樣，此分析模塊為VIP模塊，請(qǐng)老師登錄注冊(cè)，審核通過(guò)后會(huì)以郵件和短信的的方式發(fā)放登錄信息。

登錄地址：

https://www1.shbiochip.com/sbc/regvip.jsp
 

SBC ToolBox GSEA都有什么？

a) 內(nèi)嵌MSigDB九大經(jīng)典數(shù)據(jù)集

i.  H: hallmark gene sets：結(jié)合手動(dòng)篩選和自動(dòng)化計(jì)算方法生成的50個(gè)hallmark基因集，包含了細(xì)胞組分、發(fā)育、DNA損傷、免疫、代謝、通路、增值、信號(hào)相關(guān)的基因集。

ii. C1: positional gene sets：基因位置信息基因集。

iii. C2:curated gene sets：精選數(shù)據(jù)集包含了經(jīng)典通路和化學(xué)及遺傳擾動(dòng)相關(guān)基因集。

iv. C3:motif gene sets：轉(zhuǎn)錄因子，miRNA靶基因調(diào)節(jié)相關(guān)的基因集。

v. C4:computational gene sets：對(duì)癌癥相關(guān)的基因芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘的癌癥相關(guān)基因集。

vi. C5:GO gene sets：GO基因集。

vii.C6:oncogenic signatures：致癌相關(guān)特征基因集。

viii.C7:immunologic signatures：免疫相關(guān)特征基因集。

ix. C8:cell type signature gene sets：細(xì)胞類型相關(guān)特征基因集。

b) 自定義數(shù)據(jù)庫(kù)

i.  感興趣的基因集不在內(nèi)嵌數(shù)據(jù)庫(kù)中，可以將自有數(shù)據(jù)庫(kù)上傳GSEA模塊進(jìn)行基因集富集分析。

ii. 手搓數(shù)據(jù)集，老師自己收集組成的數(shù)據(jù)集也是支持的，但是比附符合以下格式。

iii. SBC ToolBox GSEA模塊自定義數(shù)據(jù)集格式：

一共兩列：第一列為基因集條目名字，第二列為數(shù)據(jù)集條目名字對(duì)應(yīng)的基因集GeneSymbol名字，這里的自定義數(shù)據(jù)集僅支持.xlsx格式的文件。

注意：一個(gè)基因集條目對(duì)應(yīng)多個(gè)基因，多個(gè)基因集條目組成GSEA分析參考基因集。

c) 可視化

i.  對(duì)GSEA結(jié)果進(jìn)行基因集條目展示。

 
SBC ToolBox GSEA怎么使用

a) 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備及上傳

i.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備：.xlsx格式包含兩列，第一列為GeneSymbol（該列與基因集中的GeneSymbol一致），第二列為差異倍數(shù)的log2變換。

ii.數(shù)據(jù)上傳：側(cè)邊欄點(diǎn)擊MSigDb GSEA組件，直接將數(shù)據(jù)點(diǎn)擊上傳或者拖拽下面紅框中，此接口為MSigDb和自定義數(shù)據(jù)集的統(tǒng)一數(shù)據(jù)上傳接口。

b)MSigDB GSEA參數(shù)調(diào)整

i.物種選擇：下拉菜單欄，可供選擇的為Human、Mouse及Rat三種物種。

ii.數(shù)據(jù)庫(kù)選擇：MSigDb數(shù)據(jù)庫(kù)的九個(gè)基因集，詳細(xì)內(nèi)容見(jiàn)MSigDB九大經(jīng)典數(shù)據(jù)集詳解。

c)MSigDB GSEA分析及結(jié)果展示保存

i.點(diǎn)擊提交分析按鈕，程序運(yùn)行，下圖黑色區(qū)域小花花轉(zhuǎn)圈圈，表示正在分析。 

ii.完成分析，會(huì)彈出完成對(duì)話框，默認(rèn)會(huì)展示兩個(gè)條目的GSEA展示，及GSEA富集分析結(jié)果表格。

iii.結(jié)果保存，一共可保存三項(xiàng)，1，GSEA富集表格。2，GSEA Top2富集條目展示，3，GSEA 結(jié)果.RDS文件，可用于可視化結(jié)果。

d)自定義數(shù)據(jù)庫(kù)分析

i.在下圖紅框中上傳自定義數(shù)據(jù)集，這里不用選擇物種，需要注釋差異基因的GeneSymbol與基因集的GeneSymbol需要一致。

ii.點(diǎn)擊提交分析，分析過(guò)程及結(jié)果展示與MSigDb GSEA一致，可以保存自定義數(shù)據(jù)庫(kù)的GSEA結(jié)果。

e)可視化，GSEA保存的.rds文件做為上傳數(shù)據(jù)進(jìn)行結(jié)果可視化。

i.默認(rèn)結(jié)果展示：

ii.展示單個(gè)條目，并調(diào)整顏色，這里的條目序號(hào)與表格：

iii.調(diào)整展示類型及取消顯著性

iv.可視化結(jié)果詳解

v.與上調(diào)相關(guān)的條目展示

vi.與上調(diào)相關(guān)的條目展示

完成以上步驟，您的GSEA數(shù)據(jù)分析就妥妥完成了。各位老師同學(xué)趕緊開啟您的SBC ToolBox云分析之旅吧！SBC ToolBox 是您科研路上的好搭檔，好幫手，助您在科研道路上披荊斬棘。