PEAKS GlycanFinder是一款用于深度糖蛋白質(zhì)組學(xué)分析的綜合性軟件，可以很好地分辨糖鏈結(jié)構(gòu)。它利用基于糖肽的方法來(lái)分析LC-MS/MS數(shù)據(jù)中的糖蛋白。PEAKS GlycanFinder集成了糖庫(kù)搜索和糖的從頭測(cè)序[1]，提升N-和O-聚糖的鑒定和定量。并開(kāi)發(fā)了基于深度學(xué)習(xí)的算法來(lái)解決糖基化位點(diǎn)和糖基結(jié)構(gòu)的模糊匹配問(wèn)題。
   

• 從結(jié)構(gòu)層面分辨N糖和O糖
• 結(jié)合多酶聯(lián)合酶切方法，深度剖析糖基化位點(diǎn)
• 糖肽的非標(biāo)記和標(biāo)記定量分析
• 糖的從頭測(cè)序幫助發(fā)現(xiàn)未知聚糖
• 結(jié)果圖形可視化，便于快速驗(yàn)證
• 支持Orbitrap, timsTOF and ZenoTOF原始數(shù)據(jù)

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PEAKS GlycanFinder就是為了應(yīng)對(duì)這些挑戰(zhàn)所進(jìn)行設(shè)計(jì)的。將所有肽譜匹配(PSMs)一致的結(jié)果用于確定糖基化位點(diǎn)。通過(guò)多種酶聯(lián)合酶切，PEAKS GlycanFinder可提供非常準(zhǔn)確的糖基化位點(diǎn)分析。如果多個(gè)候選糖鏈與某一糖譜相匹配，則為每個(gè)候選糖鏈計(jì)算一個(gè)S-Score。此外，糖的從頭測(cè)序克服了糖庫(kù)不完整的阻礙。
價(jià)態(tài)匹配（Charge Lookup）
肽段經(jīng)霧化電離后，通常會(huì)產(chǎn)生幾種不同價(jià)態(tài)的母離子，但并不是所有母離子都能產(chǎn)生對(duì)應(yīng)的二級(jí)譜。通常，PEAKS只計(jì)算有鑒定信息的母離子的特征峰面積用作該肽段的定量。因此，如果糖肽中某些價(jià)態(tài)的母離子未得到鑒定結(jié)果，該肽段的定量就會(huì)受到影響。為了得到更準(zhǔn)確的糖肽定量信息，PEAKS GlycanFinder采用價(jià)態(tài)匹配（Charge Lookup）的方式來(lái)尋找同一多肽的所有母離子，然后將所有母離子的特征峰用于對(duì)應(yīng)糖肽的定量。示例見(jiàn)下方圖6，可以看到被 (HexNAc)4(Hex)5(Fuc)1(NeuGc)1修飾的EEQFN（+2075.73）STFR糖肽只有4個(gè)特征峰被鑒定到，但是在Glycan Chart中，用作糖肽面積計(jì)算的#Feature有5個(gè)，這就是通過(guò)Charge Lookup實(shí)現(xiàn)的。
糖肽視圖
在PEAKS GlycanFinder中，糖肽視圖（Glycopeptide View）提供兩種糖基化肽段的譜圖查看方式，鏡像譜圖注釋便于驗(yàn)證糖鏈結(jié)構(gòu)。

糖基化位點(diǎn)精確度（A-Score）
糖鏈結(jié)構(gòu)特異性 (S-Score)
糖的從頭測(cè)序
當(dāng)糖庫(kù)中包含的糖不完全，或者肽段上發(fā)生了非預(yù)期的修飾時(shí)，PEAKS GlycanFinder的從頭測(cè)序算法可以提供更多的糖肽鑒定結(jié)果。
糖庫(kù)編輯工具
糖蛋白質(zhì)組學(xué)的LFQ和標(biāo)記定量 非標(biāo)記定量（LFQ）