伴隨著 2019 年 SARS-CoV-2 的爆發(fā)，快速、高通量地識別和檢測病毒的高通量測序技術(shù)迅速成為幫助了解病毒傳播地點和傳播速度的必備手段。病毒測序?qū)τ跈z測以及追蹤、監(jiān)測和識別新變異必不可少。二代測序 (NGS)已擁有多種成熟的應(yīng)用方案，而質(zhì)量控制步驟對于確定起始核酸和文庫的完整性、分子量和濃度至關(guān)重要，可以保障成功的實驗與可靠的測序結(jié)果。在本白皮書中，我們通過對各類文獻(xiàn)的檢索，整理并展示了安捷倫自動化電泳系統(tǒng)是如何集成到從低通量到高通量的病毒測序 NGS 工作流程中，幫助實現(xiàn)高效、穩(wěn)定的樣品質(zhì)量控制 (QC)。
   
通過本書，您將了解到：

• 如何評估病毒 RNA 提取流程
• 病毒 DNA 或 cDNA 的質(zhì)量控制
• 片段化和文庫構(gòu)建的質(zhì)量控制
• 病毒變異檢測的質(zhì)量控制
• 病毒檢測中的質(zhì)量控制

 
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目前，科學(xué)家已開發(fā)出多種測序方法，可以檢測復(fù)雜生物樣本中的已知病毒和新型病毒。測序數(shù)據(jù)的可靠性和質(zhì)量很大程度上取決于起始材料的完整性和文庫制備過程。病毒基因組由單鏈或雙鏈 RNA或 DNA 組成，其大小和組成可能千差萬別。通常，病毒核酸與宿主基因組一起提取，其中病毒成分的含量相對較低。由于病毒和宿主基因組非常不同，很有必要優(yōu)化從宿主核酸中提取病毒核酸以及單獨擴增病毒基因組的方案。
 
一般而言，對各種來源的起始 DNA 和RNA 進(jìn)行質(zhì)量控制 (QC)，有助于確定哪些樣本適合測序。其中包括檢查起始核酸的完整性、分子量和濃度�，F(xiàn)有的各種提取方法和試劑盒會在所提取核酸的分子量、分布和濃度方面引入較大的變異性。因此，用于二代測序分析的核酸起始材料的完整性可能存在很大的差異。例如，來源于福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 組織和舊材料的樣品往往因化學(xué)固定、存放時間、溫度升高或紫外線輻射而降解。并且， RNA 和 DNA 還容易因酶解和處理不當(dāng)而降解。此外，生物樣本的收集、處理、儲存和運輸?shù)确治銮傲鞒虝�影響核酸的完整性。如果樣本產(chǎn)生明顯降解，僅存在小片段，則會導(dǎo)致測序數(shù)據(jù)不佳、目標(biāo)編碼區(qū)域丟失以及全長RNA 和 gDNA 序列出現(xiàn)缺口。處理過程和環(huán)境影響永遠(yuǎn)無法得到完全控制，并且影響樣本質(zhì)量的因素非常多，因此非常有必要監(jiān)測起始材料的質(zhì)量。

安捷倫提供一系列自動化電泳儀器，包括生物分析儀、片段分析儀和 TapeStation系統(tǒng)，它們均是核酸質(zhì)量控制的理想選擇。樣本檢測的結(jié)果會自動顯示在數(shù)字化膠圖、電泳圖以及包含分子量、濃度和摩爾濃度信息的表格中。每臺儀器僅需 1–2 µL 樣品即可進(jìn)行分析，可以節(jié)省原始核酸樣本以用于病毒測序分析。儀器具有高靈敏度，可以檢測極低濃度的樣品。無論是低通量還是高通量實驗室，安捷倫全系列自動化電泳儀器總能滿足您的需求。