PacBio HiFi測序全國巡演活動(上海站)圓滿結(jié)束
瀏覽次數(shù):1105 發(fā)布日期:2023-6-10
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Blue Pippin 全自動DNA脈沖場電泳回收儀助力PacBio HiFi測序
2023年6月1日,PacBio在上海交通大學(xué)Bio-X研究院舉辦了“PacBio HiFi測序全國巡演活動——上海場”。
PacBio專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊及交大該領(lǐng)域的專家學(xué)者,為大家奉獻(xiàn)了精彩的學(xué)術(shù)報告,主要內(nèi)容包括PacBio HiFi測序技術(shù)更新,PacBio HiFi測序應(yīng)用最新進(jìn)展,以及HiFi測序技術(shù)如何提供準(zhǔn)確和可行的全基因組解決方案。
會議精彩縮影:
上海交通大學(xué)Bio-X研究院院長師詠勇教授歡迎致辭
PacBio技術(shù)人員介紹PacBio長片段測序特點
PacBio技術(shù)人員介紹Revio自動化測序平臺
PacBio公司在會議上隆重介紹了近期推出的Revio自動化測序平臺。Revio平臺作為最新一代的高通量長讀長測序系統(tǒng),采用了25M SMRTcell,每次可以并行檢測4張芯片,提供每年以30X覆蓋率、多達(dá)1300個人類全基因組進(jìn)行測序的能力。上海交通大學(xué)Bio-X研究院引入全國首臺高校級PacBio Revio測序平臺,為科研人員提供了先進(jìn)的基因組測序工具,助力生命科學(xué)研究,進(jìn)一步凸顯Bio-X研究院生命科學(xué)研究實力。
Revio平臺采用了PacBio獨有的HiFi 測序技術(shù),這種測序方法克服了傳統(tǒng)測序技術(shù)的局限性,可同時實現(xiàn)長讀長和高準(zhǔn)確度的測序。因此,該平臺可實現(xiàn)解析復(fù)雜的基因組區(qū)域、檢測結(jié)構(gòu)變異、揭示罕見變異和研究表觀遺傳學(xué)等,在各個領(lǐng)域的應(yīng)用前景也非常廣闊。長讀長使其能夠有效解析復(fù)雜的基因組結(jié)構(gòu),包括短讀測序技術(shù)難以實現(xiàn)的高度重復(fù)的基因區(qū)域和基因組結(jié)構(gòu)變異。高準(zhǔn)確性也使得它能夠發(fā)現(xiàn)短讀測序技術(shù)可能錯過的罕見變異,為精準(zhǔn)醫(yī)療等提供更精確的基因變異信息。
為了確保HiFi測序能夠?qū)崿F(xiàn)長讀長和高準(zhǔn)確性,其測序文庫需要去除小片段(<10kb),將文庫大小限制在15-18kb范圍內(nèi)。該精準(zhǔn)的文庫要求,可確保測序數(shù)據(jù)的高質(zhì)量,也印證了
片段篩選是PacBio HiFi測序的關(guān)鍵步驟。然而在片段篩選環(huán)節(jié),常規(guī)的磁珠篩選法無法去除干凈小片段,也無法精準(zhǔn)控制回收范圍,大大影響了測序的數(shù)據(jù)質(zhì)量和產(chǎn)量。美國Sage Science公司的脈沖場電泳全自動DNA片段回收儀,可滿足上述需求,已成為HiFi文庫構(gòu)建的金標(biāo)準(zhǔn)和建庫必備工具。
美國Sage Science公司擁有行業(yè)領(lǐng)先的DNA片段回收技術(shù),其研發(fā)制造的Pippin系列全自動核酸電泳片段回收儀,采用了脈沖場電泳原理,可精準(zhǔn)回收常規(guī)直流電泳無法有效分離的大分子DNA。此外,Sage Science公司擁有多項DNA片段回收相關(guān)美國技術(shù)專利,其Pippin系列產(chǎn)品可高效完成不同長度范圍的DNA片段的精準(zhǔn)回收,廣泛用于二代測序、三代測序的文庫構(gòu)建以及多種分子生物學(xué)相關(guān)領(lǐng)域。此外,Sage Science最近推出了新的篩選模式“Range+T”,結(jié)合相應(yīng)的預(yù)制膠試劑盒,進(jìn)一步提高了9-30kb范圍內(nèi)片段篩選的分辨率,從而助力PacBio HiFi 測序獲取質(zhì)量更高的測序數(shù)據(jù)。
圖示:“Range+T”模式回收的精確性
回收起點設(shè)置為15kb,設(shè)置不同回收時間,結(jié)果顯示所有泳道回收起點一致,不同回收時間得到不同長度范圍的文庫
環(huán)亞生物科技有限公司作為美國Sage Science公司在中國區(qū)的獨家代理商,自2011年以來將Sage Science的產(chǎn)品線引入國內(nèi),一直為國內(nèi)用戶提供專業(yè)的全自動核酸片段回收系統(tǒng)的安裝測試、應(yīng)用培訓(xùn),技術(shù)支持與售后維護(hù)工作,贏得客戶的一致好評與信任。來自Sage Science的Blue Pippin 全自動DNA脈沖場電泳回收儀,通過對大片段核酸的精準(zhǔn)回收,助力PacBio HiFi測序開創(chuàng)三代測序新紀(jì)元。
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