時(shí)光荏苒，不知不覺，2022年已漸行漸遠(yuǎn)。雖有疫情反復(fù)肆虐，但科學(xué)領(lǐng)域仍百花齊放，成績(jī)斐然，多篇蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)相關(guān)的研究成果見刊于各類SCI高分期刊，不斷推進(jìn)著生命科學(xué)與精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域蓬勃發(fā)展。

中科新生命一直深耕于蛋白質(zhì)組、代謝組、轉(zhuǎn)錄組、微生物組及多組學(xué)聯(lián)合技術(shù)服務(wù)，也非常榮幸參與了多項(xiàng)科研工作的組學(xué)分析部分。據(jù)不完全統(tǒng)計(jì)，中科新生命2022年12月又收錄客戶文章39篇，至此，2022年全年共收錄到客戶項(xiàng)目文章567篇，其中包括Nature，Cell Research、Molecular Cancer、Signal Transduction and Targeted Therapy，Cell Host & Microbe、Nature Biomedical Engineering、Blood、Journal of Medical Virology等在內(nèi)的20分以上的文章共計(jì)11 篇；Nature metabolism、Nature Communications，The Journal of Clinical Investigation，Advanced Science等等在內(nèi)的10分-20分的文章共計(jì)83 篇，累計(jì)影響因子4100+，平均影響因子7.77分，碩果累累！在此恭喜各位研究團(tuán)隊(duì)的老師。

2022年收錄的文章涉及多個(gè)研究領(lǐng)域和方向，其中所應(yīng)用到的中科新生命的組學(xué)產(chǎn)品包括：蛋白組學(xué)、修飾組學(xué)、代謝組學(xué)、高通量測(cè)序和多組學(xué)聯(lián)合分析等。由于高分文章較多，在此就不一一列舉了。我們從中篩選出了部分高分文章（附：文章解讀）與大家一起分享，希望能給各位老師今后的科研計(jì)劃提供一些思路和幫助（以下文章按中科新生命提供的技術(shù)服務(wù)類別進(jìn)行分類）。

 

01蛋白篇

# 01

文獻(xiàn)名稱：NLRs guard metabolism to coordinate pattern- and effector-triggered immunity

發(fā)表期刊：Nature

影響因子：69.504

合作單位：中國(guó)科學(xué)院分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：TMT蛋白質(zhì)組學(xué)+泛素化蛋白鑒定

主要內(nèi)容：本研究綜合利用蛋白質(zhì)組學(xué)、植物病理、分子遺傳等策略，鑒定到一條新的植物免疫代謝通路：PICI1—OsMETS—蛋氨酸—乙烯。證明去泛素化酶PICI1作為一個(gè)新的免疫調(diào)控蛋白，通過增強(qiáng)蛋氨酸合酶OsMETS的穩(wěn)定性，促進(jìn)蛋氨酸介導(dǎo)乙烯代謝通路，參與水稻對(duì)抗病原菌的過程中，并且證明該途徑是植物協(xié)同整合PTI和ETI兩層免疫系統(tǒng)的重要策略之一，為水稻抗病育種提供新策略。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Nature（IF 49.962）| 植物和病原菌“軍備競(jìng)賽”！ 為水稻抗病育種帶來新突破

 

# 02

文獻(xiàn)名稱：NUPR1 promotes the proliferation and metastasis of oral squamous cell carcinoma cells by activating TFE3-dependent autophagy

發(fā)表期刊：Signal Transduction and Targeted Therapy

影響因子：38.104

合作單位：上海交通大學(xué)/浙江大學(xué)/陸軍軍醫(yī)大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：Labelfree蛋白質(zhì)組學(xué)+TMT蛋白質(zhì)組學(xué)

主要內(nèi)容：該研究使用Labelfree定量蛋白組學(xué)方法分析顯示，核蛋白 1 (NUPR1) 是有或無淋巴轉(zhuǎn)移OSCC患者的福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)腫瘤樣本中最顯著上調(diào)的蛋白，NUPR1 在 OSCC 組織中異常表達(dá)，可能與 OSCC 患者的總體存活率較低。此外該研究使用TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)方法分析顯示NUPR1通過直接增加轉(zhuǎn)錄因子E3 (TFE3)活性來維持自噬流和溶酶體功能，進(jìn)而促進(jìn) OSCC 細(xì)胞增殖和體內(nèi)外轉(zhuǎn)移。本研究中NUPR1-TFE3介導(dǎo)的自噬過程為靶向OSCC進(jìn)展的藥物治療提供了潛在的治療靶點(diǎn)。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章STTT (IF 18) | 上海交大、浙大、陸軍軍醫(yī)大利用蛋白組學(xué)協(xié)力揭示自噬在口腔鱗狀細(xì)胞癌轉(zhuǎn)移中的機(jī)制

 

# 03

文獻(xiàn)名稱：CB1R-stabilized NLRP3 inflammasome drives antipsychotics cardiotoxicity

發(fā)表期刊：Signal Transduction and Targeted Therapy

影響因子：38.104

合作單位：復(fù)旦大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：Labelfree蛋白質(zhì)組學(xué)

主要內(nèi)容：該文章利用Labelfree蛋白組學(xué)、RNA測(cè)序等方法發(fā)現(xiàn)NLRP3 炎癥小體介導(dǎo)的細(xì)胞焦亡主要與多種抗精神病藥物的心臟毒性有關(guān)，且發(fā)現(xiàn)大麻素受體 1 (CB1R) 是NLRP3 炎性體的上游調(diào)節(jié)劑。此外，篩選到了安全、低毒的CB1R拮抗劑作為藥物毒性的聯(lián)合治療策略。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章STTT | 復(fù)旦大學(xué)利用Labelfree蛋白組學(xué)技術(shù)解析抗精神病藥物的心臟毒性機(jī)制

 

# 04

文獻(xiàn)名稱：Large extracellular vesicles secreted by human iPSC-derived MSCs ameliorate tendinopathy via regulating macrophage heterogeneity

發(fā)表期刊：Bioactive Materials

影響因子：16.874

合作單位：上海交通大學(xué)附屬第六人民醫(yī)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)

主要內(nèi)容：文章研究了誘導(dǎo)性多能干細(xì)胞來源的間充質(zhì)干細(xì)胞分泌的lEVs (iMSC-lEVs)在肌腱病變中的治療作用以及iMSC-lEVs在體外對(duì)巨噬細(xì)胞極化的調(diào)節(jié)作用。通過外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)、RNA測(cè)序、蛋白免疫印跡等技術(shù)方法，研究表明iMSC-lEVs能夠部分通過DUSP2和DUSP3來介導(dǎo)p38 MAPK信號(hào)通路，并使M1巨噬細(xì)胞向M2巨噬細(xì)胞進(jìn)行極化轉(zhuǎn)變，從而減輕肌腱病變中的疼痛和炎癥。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Bioactive Materials (IF 16.874) | 肌腱病疼痛難忍？看細(xì)胞外囊泡大顯神威！

 

# 05

文獻(xiàn)名稱：Quantitative proteomics and phosphoproteomics elucidate the molecular mechanism of nanostructured TiO₂-stimulated biofilm formation

發(fā)表期刊：Journal of Hazardous Materials

影響因子：14.224

合作單位：湘潭大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：蛋白質(zhì)組學(xué)+磷酸化修飾組學(xué)

主要內(nèi)容：盡管納米材料和微生物之間的相互作用具有廣泛的生態(tài)和健康影響，但微生物對(duì)納米材料的適應(yīng)機(jī)制仍不清楚。本研究中，在黑暗條件下暴露于nTiO₂的活性污泥中形成的生物膜生物量增加，并選擇性地富集病原體。蛋白質(zhì)多組學(xué)分析結(jié)果表明，nTiO₂脅迫進(jìn)一步導(dǎo)致條件致病菌的鐵載體過表達(dá)，通過相關(guān)轉(zhuǎn)錄翻譯蛋白的去磷酸化增強(qiáng)其耐藥性。nTiO₂會(huì)促進(jìn)生物膜的生成，提高致病菌的適應(yīng)性，從而會(huì)加速生物污染，導(dǎo)致潛在的生態(tài)和健康風(fēng)險(xiǎn)。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章J Hazard Mater（IF 14）| 快速發(fā)文新思路：蛋白組+磷酸化組揭示納米材料促進(jìn)生物膜形成的機(jī)制

 

# 06

文獻(xiàn)名稱：Toxicological effects of tris(1,3-dichloro-2-propyl) phosphate in oyster Crassostrea gigas using proteomic and phosphoproteomic analyses

發(fā)表期刊：Journal of Hazardous Materials

影響因子：14.224

合作單位：中科院煙臺(tái)海岸帶研究所

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：蛋白質(zhì)組學(xué)+磷酸化修飾組學(xué)

主要內(nèi)容：本研究利用蛋白質(zhì)組學(xué)+磷酸化修飾組學(xué)，結(jié)合生化數(shù)據(jù)和組織學(xué)結(jié)果，發(fā)現(xiàn)TDCIPP具有刺激性神經(jīng)毒素，會(huì)破壞細(xì)胞凋亡與細(xì)胞增殖之間的內(nèi)部穩(wěn)態(tài)。高濃度的TDCIPP可通過直接磷酸化關(guān)鍵蛋白或其上游信號(hào)通路導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄、能量代謝、細(xì)胞凋亡和增殖等過程發(fā)生異常。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章J Hazard Mater（IF 14）| 煙臺(tái)海岸帶所利用蛋白組+磷酸化修飾組學(xué)揭示TDCIPP在牡蠣中的毒理學(xué)效應(yīng)

 

# 07

文獻(xiàn)名稱：The potential role of plasma membrane proteins in response to Zn stress in rice roots based on iTRAQ and PRM under low Cd condition

發(fā)表期刊：Journal of Hazardous Materials

影響因子：14.224

合作單位：中國(guó)水稻研究所

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)+PRM靶向定量蛋白組學(xué)

主要內(nèi)容：本文利用相對(duì)定量蛋白質(zhì)組學(xué)和PRM靶向驗(yàn)證在蛋白質(zhì)水平揭示了脅迫響應(yīng)中Zn/Cd相互作用和跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制，并找到了與水稻根系重金屬攝取和轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)的潛在靶蛋白。本研究為水稻根系重金屬脅迫反應(yīng)蛋白生物標(biāo)志物的篩選及抗重金屬脅迫的解毒機(jī)理提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)參考。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章J Hazard Mater（IF 14）| 中國(guó)水稻研究所采用蛋白組+PRM驗(yàn)證探究水稻耐重金屬脅迫的分子機(jī)制

 

# 08

文獻(xiàn)名稱：SPINDLY interacts with EIN2 to facilitate ethylene signaling‐mediated fruit ripening in tomato

發(fā)表期刊：Plant Biotechnology Journal

影響因子：13.263

合作單位：浙江大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：O-GlcNAc糖基化修飾組學(xué)

主要內(nèi)容：研究發(fā)現(xiàn)SlSPY通過其糖基轉(zhuǎn)移酶功能參與番茄果實(shí)成熟，且SlSPY誘導(dǎo)的果實(shí)成熟與對(duì)乙烯反應(yīng)的增加有關(guān)。在機(jī)制研究中發(fā)現(xiàn)SlSPY與SlEIN2相互作用，從而促進(jìn)果實(shí)成熟。此外，SlSPY可以穩(wěn)定SIEIN2蛋白水平的表達(dá)和核積累。該研究為SlSPY在調(diào)節(jié)果實(shí)成熟中的獨(dú)特作用提供了新的見解，并提示O-GlcNAc糖基化在乙烯信號(hào)通路中發(fā)揮關(guān)鍵作用。

文章解讀鏈接：O-糖基化修飾項(xiàng)目文章二連發(fā)（IF＞10）| 浙江大學(xué)喻景權(quán)院士團(tuán)隊(duì)同期發(fā)表兩篇O-GlcNAc相關(guān)高分文章

 

# 09

文獻(xiàn)名稱：An integrated multi-omics approach revealed the regulation of melatonin on age-dependent mitochondrial function impair and lipid dyshomeostasis in mice hippocampus

發(fā)表期刊：Pharmacological Research

影響因子：10.334

合作單位：沈陽藥科大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：DIA蛋白組學(xué)

主要內(nèi)容：該研究利用DIA蛋白組等技術(shù)，研究褪黑素對(duì)大腦衰老的影響，發(fā)現(xiàn)褪黑素可以通過調(diào)節(jié)大腦能量代謝和脂質(zhì)代謝減緩與年齡相關(guān)的大腦衰退過程。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Pharmacol Res（IF 10）| 褪黑素可減緩大腦衰退！沈陽藥科大學(xué)利用DIA蛋白組揭示褪黑素的保健功能機(jī)制

 

# 10

文獻(xiàn)名稱：SEC1‐C3H39 module fine‐tunes cold tolerance by mediating its target mRNAs degradation in tomato

發(fā)表期刊：New Phytologist

影響因子：10.323

合作單位：浙江大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：O-GlcNAc糖基化修飾組學(xué)

主要內(nèi)容：在本研究中，作者發(fā)現(xiàn)了一個(gè)負(fù)向調(diào)節(jié)植物耐寒性的冷誘導(dǎo)基因SlC3H39，它可通過與冷響應(yīng)基因的3'UTR結(jié)合，調(diào)控番茄的耐寒性，并誘導(dǎo)mRNA降解。此外，研究發(fā)現(xiàn)SlC3H39與SlSEC1與結(jié)合，并被SISEC1介導(dǎo)發(fā)生O-GlcNAc糖基化修飾，提高自身穩(wěn)定性，從而介導(dǎo)植物的耐寒性。綜上所述，我們的研究結(jié)果揭示了番茄耐寒性的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控機(jī)制，并闡明了SlSEC1-SlC3H39模塊在調(diào)節(jié)冷信號(hào)中的作用。

文章解讀鏈接：O-糖基化修飾項(xiàng)目文章二連發(fā)（IF＞10）| 浙江大學(xué)喻景權(quán)院士團(tuán)隊(duì)同期發(fā)表兩篇O-GlcNAc相關(guān)高分文章

 

# 11

文獻(xiàn)名稱：HDAC6-dependent deacetylation of AKAP12 dictates its ubiquitination and promotes colon cancer metastasis

發(fā)表期刊：Cancer Letters

影響因子：9.756

合作單位：天津醫(yī)科大學(xué)腫瘤醫(yī)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：乙酰化修飾組學(xué)

主要內(nèi)容：本文通過乙�；�修飾組學(xué)、蛋白免疫印跡等技術(shù)方法，研究表明AKAP12是HDAC6新的相互作用物和底物，并揭示了一種新的機(jī)制，即HDAC6通過調(diào)節(jié) AKAP12去乙�；�以及泛素化介導(dǎo)的降解來促進(jìn)結(jié)腸癌轉(zhuǎn)移。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Cancer Lett (IF 9.756) | 天津醫(yī)科大學(xué)腫瘤醫(yī)院通過乙酰化修飾組學(xué)探秘結(jié)腸癌轉(zhuǎn)移新機(jī)制

 

# 12

文獻(xiàn)名稱：RING‐box proteins regulate leaf senescence and stomatal closure via repression of ABA transporter gene ABCG40

發(fā)表期刊：Journal of Integrative Plant Biology

影響因子：9.106

合作單位：浙江大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：泛素化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)

主要內(nèi)容：文章通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)及修飾蛋白質(zhì)組學(xué)，研究發(fā)現(xiàn)了兩種未被鑒定的RING-box蛋白，衰老泛素連接酶1和2 （ULS1和ULS2），并證明其在ABA信號(hào)反饋抑制中作為ABCG40依賴的ABA轉(zhuǎn)運(yùn)負(fù)調(diào)控因子，控制葉片衰老和氣孔關(guān)閉，這對(duì)ABA轉(zhuǎn)運(yùn)調(diào)控及其對(duì)葉片衰老影響的理解提供了幫助。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章J Integr Plant Biol（IF 9.1）| 浙江大學(xué)丁忠杰教授團(tuán)隊(duì)通過泛素化修飾組揭示植物葉片衰老新機(jī)制

 

# 13

文獻(xiàn)名稱：CALCIUM-DEPENDENT PROTEIN KINASE38 regulates flowering time and common cutworm resistance in soybean

發(fā)表期刊：Plant Physiology

影響因子：8.005

合作單位：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：磷酸化蛋白質(zhì)組

主要內(nèi)容：本研究利用基因編輯、磷酸化修飾組學(xué)、代謝組學(xué)等分析證實(shí)鈣依賴性蛋白激酶GmCDPK38在協(xié)調(diào)大豆開花時(shí)間調(diào)節(jié)和抗蟲性方面起著雙重作用。GmCDPK38在野生大豆中具有豐富的遺傳多樣性，可能是在大豆馴化過程中選擇的。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Plant Physiol （IF 8.34）| 喻德躍教授團(tuán)隊(duì)采用磷酸化組揭秘大豆開花和抗蟲之間的協(xié)調(diào)關(guān)系

 

02代謝及脂質(zhì)篇

# 01

文獻(xiàn)名稱：Thrombin induces ACSL4-dependent ferroptosis during cerebral ischemia/reperfusion

發(fā)表期刊：Signal Transduction and Targeted Therapy

影響因子：38.104

合作單位：四川大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：脂質(zhì)組學(xué)

主要內(nèi)容：該研究發(fā)現(xiàn)凝血酶通過ACSL4促進(jìn)缺血性腦卒中后誘導(dǎo)的細(xì)胞鐵死亡過程，通過抑制該通路可能為治療提供新的途徑。本研究首次闡明了凝血酶在細(xì)胞鐵死亡中的作用，并且證明了鐵死亡過程在缺血性疾病中的重要性。通過蛋白質(zhì)組學(xué)、脂質(zhì)組學(xué)和免疫化學(xué)，作者發(fā)現(xiàn)凝血酶及其在AA代謝中的下游因子ACSL4，是參與急性缺血性腦損傷中導(dǎo)致細(xì)胞鐵死亡的關(guān)鍵蛋白，從而對(duì)缺血性腦卒中驅(qū)動(dòng)鐵死亡的生物學(xué)機(jī)制有了更新的認(rèn)識(shí)。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章STTT（IF 38）| 四川大學(xué)雷鵬教授團(tuán)隊(duì)利用脂質(zhì)組＋蛋白組揭示凝血酶調(diào)控卒中引起的神經(jīng)元鐵死亡機(jī)制

 

# 02

文獻(xiàn)名稱：Gut microbiome dysbiosis contributes to abdominal aortic aneurysm by promoting neutrophil extracellular trap formation

發(fā)表期刊：Cell Host & Microbe

影響因子：31.316

合作單位：山東大學(xué)齊魯醫(yī)院/山東省立醫(yī)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：非靶代謝組學(xué)+靶向短鏈脂肪酸

主要內(nèi)容：文章通過16S多樣性、宏基因組與代謝組學(xué)技術(shù)聯(lián)合，發(fā)現(xiàn)AAA患者腸道微生物組成存在明顯異常，如Roseburia intestinalis豐度在患者中下降。代謝譜在健康個(gè)體和患者中也有明顯改變，如丁酸含量降低、幾種短鏈脂肪酸（SCFAs）的水平顯著升高。為了研究其中機(jī)制，還進(jìn)行了糞菌移植(FMT)和體內(nèi)外功能實(shí)驗(yàn)，驗(yàn)證與AAA病情發(fā)展密切相關(guān)。另外，中性粒細(xì)胞耗竭能顯著減輕移植AAA患者糞便的AAA小鼠的病情。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Cell Host Microbe（IF 31）| 齊魯醫(yī)院&山東省立醫(yī)院利用多組學(xué)揭示腸道微生物群失調(diào)加重腹主動(dòng)脈瘤

 

# 03

文獻(xiàn)名稱：Glucosylated nanoparticles for the oral delivery of antibiotics to the proximal small intestine protect mice from gut dysbiosis

發(fā)表期刊：Nature Biomedical Engineering

影響因子：29.234

合作單位：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：靶向膽汁酸代謝組

主要內(nèi)容：該文開發(fā)了一種新型口服抗生素遞送載體-糖基化修飾的陽離子納米顆粒(PGNPs)，結(jié)合測(cè)序、膽汁酸靶向代謝組、分子實(shí)驗(yàn)等技術(shù)證實(shí)了口服PGNPs包裹的抗生素可顯著降低對(duì)小鼠腸道微生物群的不利影響，降低抗生素相關(guān)菌群失調(diào)的疾病風(fēng)險(xiǎn)和抗生素耐藥基因在菌群中的積累，該研究具有重要的臨床轉(zhuǎn)化潛力。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章NBE（IF 29）| 中科大朱書/王育才教授團(tuán)隊(duì)開發(fā)新型口服抗生素遞送載體，有效避免腸道菌群失衡

 

# 04

文獻(xiàn)名稱：Gut microbiota regulates acute myeloid leukaemia via alteration of intestinal barrier function mediated by butyrate

發(fā)表期刊：Nature Communications

影響因子：17.694

合作單位：山東大學(xué)齊魯醫(yī)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：非靶向代謝組+靶向短鏈脂肪酸代謝組

主要內(nèi)容：該文主要利用16S rRNA測(cè)序和代謝組學(xué)技術(shù)，并結(jié)合體內(nèi)體外實(shí)驗(yàn)揭示了腸道菌群以代謝物依賴的方式促進(jìn)AML進(jìn)展，為AML的靶向治療提供了新的思路和方法。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Nat Commun (IF 17.694) | 多組學(xué)助力腸道菌群在急性髓系白血病中的作用機(jī)制研究

 

# 05

文獻(xiàn)名稱：Multi-omics analysis reveals the molecular responses of Torreya grandis shoots to nanoplastic pollutant

發(fā)表期刊：Journal of Hazardous Materials

影響因子：14.224

合作單位：浙江農(nóng)林大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：植物代謝組

主要內(nèi)容：該文使用植物代謝組、蛋白組、轉(zhuǎn)錄組、microRNA測(cè)序等技術(shù)系統(tǒng)地研究了聚苯乙烯納米塑料(PSNPs)對(duì)香榧（中國(guó)特有經(jīng)濟(jì)樹種）幼苗的潛在毒性機(jī)制，為納米塑料對(duì)森林植物生長(zhǎng)的影響提供了新的見解。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章J Hazard Mater（IF 10.588）| 多組學(xué)分析揭示香榧幼苗對(duì)納米塑料污染物的分子響應(yīng)機(jī)制

 

# 06

文獻(xiàn)名稱：Response mechanism of psychrotolerant Bacillus cereus D2 towards Ni (II) toxicity and involvement of amino acids in Ni (II) toxicity reduction

發(fā)表期刊：Journal of Hazardous Materials

影響因子：14.224

合作單位：吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：非靶代謝組學(xué)

主要內(nèi)容：Ni (II)毒性嚴(yán)重影響菌株D2的生長(zhǎng)、形態(tài)、細(xì)胞周期和代謝產(chǎn)物。代謝組學(xué)研究發(fā)現(xiàn)氨基酸合成的變化與Ni (II)對(duì)菌株D2的毒性有關(guān)。外源添加Glu、IIe、His、Met和Asp可以緩解Ni對(duì)菌株D2細(xì)胞的毒性，說明氨基酸在提高菌株對(duì)Ni (II)毒性的抵抗力方面起著重要作用，為開發(fā)對(duì)Ni (II)毒性更耐受的生物修復(fù)菌株提供了基礎(chǔ)。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章J Hazard Mater（14.2）| 吉林農(nóng)大利用代謝組學(xué)揭示耐寒蠟樣芽孢桿菌D2對(duì)Ni (II)毒性的響應(yīng)機(jī)制

 

# 07

文獻(xiàn)名稱：Cadmium perturbed metabolomics signature in pancreatic beta cells correlates with disturbed metabolite profile in human urine

發(fā)表期刊：Environment International

影響因子：13.352

合作單位：浙江大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：非靶代謝組學(xué)

主要內(nèi)容：本文通過非靶向代謝組學(xué)在多層次上描繪了鎘暴露對(duì)機(jī)體代謝的影響，在亞細(xì)胞器水平上挖掘與描繪了鎘暴露的代謝毒性，并提出了尿液中相關(guān)代謝物的含量檢測(cè)可以作為檢測(cè)鎘暴露對(duì)機(jī)體代謝毒性的一種手段。這一工作首次揭示了鎘誘導(dǎo)的代謝紊亂在胰島β細(xì)胞功能障礙中的重要作用，強(qiáng)調(diào)了從人群水平控制鎘暴露降低糖尿病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的重要性。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Environ Int（IF 9.6）| 首次揭示鎘擾亂胰島β細(xì)胞代謝與人體尿液代謝紊亂的關(guān)聯(lián)

 

# 08

文獻(xiàn)名稱：Dietary intake of deuterium oxide decrases cochlear metabolism and oxidative stress levels in a mouse model of age-related hearing loss

發(fā)表期刊：Redox Biology

影響因子：10.787

合作單位：上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：代謝流

主要內(nèi)容：ARHL是一種具有多種因素的復(fù)雜疾病，研究者報(bào)告了膳食添加D₂O抑制了內(nèi)源性氧化應(yīng)激的產(chǎn)生，減少了Nrf2/HO-1/谷胱甘肽軸的激活。代謝流分析表明D₂O減緩了葡萄糖和氨基酸等營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的消耗，并在一定程度上延緩與衰老有關(guān)的代謝過程。D₂O補(bǔ)充劑可以通過減緩內(nèi)耳代謝速度和減少內(nèi)源性氧化應(yīng)激的產(chǎn)生來減少小鼠模型中ARHL的進(jìn)展�？寡趸�基因表達(dá)的降低表明，D₂O可能繞過Nrf2/HO-1/谷胱甘肽軸，直接抑制耳蝸內(nèi)部ROS的產(chǎn)生，最終減少ARHL小鼠的聽力障礙。本研究為ARHL的臨床治療提供了新的思路。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章RB（IF 10.787） | 上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院楊軍教授團(tuán)隊(duì)利用代謝流技術(shù)揭示老年性耳聾新機(jī)制

 

# 09

文獻(xiàn)名稱：Moderate heart rate reduction promotes cardiac regeneration through stimulation of the metabolic pattern switch

發(fā)表期刊：Cell Reports

影響因子：9.995

合作單位：中山大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：非靶代謝組學(xué)

主要內(nèi)容：心臟損傷后大量心肌細(xì)胞丟失和隨后的纖維化導(dǎo)致心力衰竭和突發(fā)心臟病死亡。本研究整合轉(zhuǎn)錄組，代謝流以及非靶代謝組學(xué)技術(shù)探討降低心率促進(jìn)心機(jī)損傷后心臟再生修復(fù)的分子機(jī)制。通過多組學(xué)研究發(fā)現(xiàn)，適度心率降低可通過糖代謝酶發(fā)揮非酶活性促進(jìn)誘導(dǎo)心肌細(xì)胞細(xì)胞周期重新進(jìn)入，啟動(dòng)細(xì)胞周期蛋白轉(zhuǎn)錄，同時(shí)還激活代謝功能，為增殖細(xì)胞提供能量。本研究發(fā)現(xiàn)適度心率降低是一種體外和體內(nèi)誘導(dǎo)心肌細(xì)胞增殖的方法，這為心臟疾病的臨床治療提供了新的思路。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Cell Reports (IF 9.995) | 中山大學(xué)蔡衛(wèi)斌教授團(tuán)隊(duì)揭示適度降低心率促進(jìn)心肌再生機(jī)制

 

# 10

文獻(xiàn)名稱：Effects of different feeding regimes on muscle metabolism and its association with meat quality of Tibetan sheep

發(fā)表期刊：Food Chemistry

影響因子：9.231

合作單位：青海大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：非靶向代謝組+靶向代謝組（氨基酸、脂肪酸）

主要內(nèi)容：文章結(jié)合非靶向代謝組和靶向代謝組技術(shù)研究了兩種飼養(yǎng)方式下藏羊肌肉代謝的差異，并與肉質(zhì)表型數(shù)據(jù)進(jìn)行相關(guān)性分析，從而有助于闡述兩種飼養(yǎng)方式下藏羊肉質(zhì)的差異。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Food Chem (IF 9.231) | 青海大學(xué)利用非靶+靶向代謝組學(xué)研究不同飼養(yǎng)方式對(duì)藏羊肌肉品質(zhì)的影響

 

# 11

文獻(xiàn)名稱：Investigation of oyster Crassostrea gigas lipid profile from three sea areas of China based on non-targeted lipidomics for their geographic region traceability

發(fā)表期刊：Food Chemistry

影響因子：9.231

合作單位：海南大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：脂質(zhì)組絕對(duì)定量

主要內(nèi)容：文章采用脂質(zhì)組學(xué)方法研究了中國(guó)不同緯度三個(gè)海域的長(zhǎng)牡蠣脂質(zhì)分布情況，結(jié)果發(fā)現(xiàn)存在明顯差異。YS組長(zhǎng)牡蠣的脂質(zhì)含量最高，包括三�；�甘油、二�；�甘油，大多數(shù)的磷脂分子種類，而ECS組長(zhǎng)牡蠣的磷脂酰膽堿種類居多，SCS組長(zhǎng)牡蠣的鞘脂種類居多。進(jìn)一步篩選出45種脂質(zhì)分子可作為不同海域長(zhǎng)牡蠣脂質(zhì)的鑒別標(biāo)志物。表明脂質(zhì)組學(xué)可作為一種鑒別海洋貝類脂質(zhì)性狀的潛在方法。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Food Chemistry (IF 7.514) | 脂質(zhì)組學(xué)助力長(zhǎng)牡蠣地理溯源研究

 

03高通量測(cè)序篇

# 01

文獻(xiàn)名稱：Nanoparticle-enhanced radiotherapy synergizes with PD-L1 blockade to limit post-surgical cancer recurrence and metastasis

發(fā)表期刊：Nature Communications

影響因子：17.694

合作單位：復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：轉(zhuǎn)錄組學(xué)

主要內(nèi)容：該研究運(yùn)用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（中科新生命提供服務(wù)）和免疫相關(guān)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)研究了外科手術(shù)（SR）對(duì)腫瘤微環(huán)境（TME）的生物學(xué)效應(yīng)和分子機(jī)制，并針對(duì)性開發(fā)了一種放射免疫療法——使用放射免疫刺激納米藥物（IPI549@HMP）結(jié)合放療（RT）并與aPD-L1聯(lián)用，為術(shù)后癌癥復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移的治療干預(yù)提供了新策略。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章 | 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序助力徐輝雄教授團(tuán)隊(duì)最新成果登陸Nature Communication

 

# 02

文獻(xiàn)名稱：Lithocholic acid inhibits dendritic cell activation by reducing intracellular glutathione via TGR5 signaling

發(fā)表期刊：International Journal of Biological Sciences

影響因子：10.75

合作單位：重慶醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：轉(zhuǎn)錄組學(xué)

主要內(nèi)容：本文利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、qPCR、ELISA和Western blot等技術(shù)對(duì)BAs調(diào)節(jié)DCs的功能機(jī)制進(jìn)行研究，發(fā)現(xiàn)石膽酸（LCA）能通過激活TGR5信號(hào)來抑制DCs中谷胱甘肽（GSH）的產(chǎn)生并誘導(dǎo)氧化應(yīng)激反應(yīng)，下調(diào)NF-κB和MAPK途徑，從而抑制骨髓源性DCs（BMDCs）促炎細(xì)胞因子的產(chǎn)生并可導(dǎo)致DCs的凋亡和自噬。此外，本研究還發(fā)現(xiàn)LCA和TGR5激動(dòng)劑可能是治療自身免疫性葡萄膜炎的潛在藥物。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章 | 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序助力免疫性葡萄膜炎中膽汁酸調(diào)控樹突狀細(xì)胞功能機(jī)制研究

 

04多組學(xué)聯(lián)合篇

 

# 01

文獻(xiàn)名稱：High-protein diet prevents fat mass increase after dieting by counteracting Lactobacillus-enhanced lipid absorption

發(fā)表期刊：Nature Metabolism

影響因子：19.865

合作單位：中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：非靶代謝組+靶向膽汁酸+16S微生物多樣性

主要內(nèi)容：該研究設(shè)計(jì)了10種節(jié)食方式，結(jié)合多組學(xué)技術(shù)探討了節(jié)食后再進(jìn)食對(duì)體脂量的影響以及節(jié)食后進(jìn)行高蛋白（HP）飲食的預(yù)防效果。結(jié)果表明通過高蛋白飲食或抗生素處理靶向作用腸道乳酸桿菌來抑制腸道中的脂質(zhì)吸收可能是預(yù)防節(jié)食后肥胖的有效策略。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Nat Metab (IF 19.865) | 節(jié)食減肥易反彈？中科院團(tuán)隊(duì)新研究帶您了解背后的機(jī)制

 

# 02

文獻(xiàn)名稱：Targeting FAPα-expressing hepatic stellate cells overcomes resistance to anti-angiogenics in colorectal cancer liver metastasis models

發(fā)表期刊：Journal of Clinical Investigation

影響因子：19.456

合作單位：暨南大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：轉(zhuǎn)錄組學(xué)+TMT蛋白質(zhì)組學(xué)

主要內(nèi)容：本文通過運(yùn)用轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)進(jìn)行前期數(shù)據(jù)探索性挖掘，并結(jié)合細(xì)胞和分子生物學(xué)技術(shù)揭示了貝伐單抗耐藥的腫瘤細(xì)胞高表達(dá)FGFBP1 ，并通過FGFBP1-FGF2-FGFR1-ERK1/2-EGR1通路誘導(dǎo)HSCs中FAPα蛋白的表達(dá)，F(xiàn)APα進(jìn)而促進(jìn)HSCs中CXCL5的分泌后激活CXCR2來增強(qiáng)MDSC的浸潤(rùn)和腫瘤細(xì)胞EMT，最終促進(jìn)血管選定。此外，用FAPα激活的前藥物Z-GP-DAVLBH靶向FAPα⁺HSCs有效地克服了血管選定介導(dǎo)的CRCLM對(duì)抗血管生成治療的耐藥性，提供了潛在的治療策略和藥物候選。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章JCI（IF 19.5）| 暨南大學(xué)張冬梅教授團(tuán)隊(duì)利用轉(zhuǎn)錄+蛋白聯(lián)合解析結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移藥物耐藥新機(jī)制

 

# 03

文獻(xiàn)名稱：Multi-roles of nanoscale bismuth metal-organic frameworks: Infectious photoacoustic probe and inhibitor of antibiotics tolerant bacteria via targeting endogenous H₂S

發(fā)表期刊：Nano Today

影響因子：18.962

合作單位：上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：TMT蛋白質(zhì)組+代謝組

主要內(nèi)容：本研究合成了一種靶向耐受金黃色葡萄球菌的治療性抗生素增強(qiáng)劑，通過體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)證實(shí)，其可有效下調(diào)細(xì)菌細(xì)胞內(nèi)H₂S水平，根除耐甲氧西林金黃色葡萄球菌感染，防止感染復(fù)發(fā)。此外，又通過多組學(xué)分析深入揭示了Bi-MOF治療耐受菌的全景和其抗菌作用背后的詳細(xì)機(jī)制。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Nano Today（IF 18.962）| 湯亭亭&楊盛兵團(tuán)隊(duì)通過多組學(xué)揭秘Bi-MOF通過光聲技術(shù)可實(shí)現(xiàn)感染早期診斷

 

# 04

文獻(xiàn)名稱：Seasonal variations and feedback from microplastics and cadmium on soil organisms in agricultural fields

發(fā)表期刊：Environment International

影響因子：13.352

合作單位：南京大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：16S rDNA多樣性測(cè)序+非靶向代謝組學(xué)+靶向代謝組學(xué)

主要內(nèi)容：本文通過對(duì)無錫太湖農(nóng)田污染物微塑料和Cd季節(jié)性變化的研究發(fā)現(xiàn)，春季和冬季采樣點(diǎn)的微塑料豐度不同，但兩者間尺寸大小分布類似，來源于地膜覆蓋的聚乙烯是主要的微塑料類型。原位蚯蚓對(duì)土壤微塑料污染的反應(yīng)表明微塑料可作為載體，將土壤環(huán)境中的重金屬轉(zhuǎn)移并在生物體內(nèi)富集。16S rRNA測(cè)序和代謝組學(xué)的結(jié)果表明，微塑料-重金屬污染土壤可導(dǎo)致原位蚯蚓腸道細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)失調(diào)和能量代謝失衡。這些研究結(jié)果對(duì)土壤生態(tài)系統(tǒng)中微塑料和重金屬污染物共存的潛在風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行了綜合評(píng)價(jià)，對(duì)維護(hù)土壤生態(tài)安全具有重要作用。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章 | 16S+代謝助力客戶土壤污染研究登陸環(huán)境科學(xué)頂刊

 

# 05

文獻(xiàn)名稱：Secreted MUP1 that reduced under ER stress attenuates ER stress induced insulin resistance through suppressing protein synthesis in hepatocytes

發(fā)表期刊：Pharmacological Research

影響因子：10.334

合作單位：中山大學(xué)附屬第三醫(yī)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：轉(zhuǎn)錄組+蛋白組

主要內(nèi)容：該研究利用轉(zhuǎn)錄組和蛋白組數(shù)據(jù)分析揭示了MUP1減輕肝臟內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激的關(guān)鍵作用，重組MUP1或其潛在衍生物可能是緩解NAFLD的一個(gè)有效的治療靶點(diǎn)。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Pharmacol Res（IF 10）|中山大學(xué)附屬第三醫(yī)院利用轉(zhuǎn)錄組和蛋白組分析揭示MUP1減輕內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激的關(guān)鍵作用

 

# 06

文獻(xiàn)名稱：circPRKAA1 activates a Ku80/Ku70/SREBP-1 axis driving de novo fatty acid synthesis in cancer cells

發(fā)表期刊：Cell Reports

影響因子：9.995

合作單位：中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：靶向膽汁酸+蛋白組學(xué)

主要內(nèi)容：本文證明了circPRKAA1通過與Ku蛋白相互作用促進(jìn)mSREBP-1穩(wěn)定性和轉(zhuǎn)錄活性的機(jī)制和作用。circPRKAA1有助于脂肪酸的從頭生物合成，表明circPRKAA1是AMPK調(diào)控腫瘤細(xì)胞脂質(zhì)代謝重編程的重要組成部分。circPRKAA1升高可能在HCC中起腫瘤啟動(dòng)子作用，靶向circPRKAA1可能為HCC提供新的治療機(jī)會(huì)，此項(xiàng)研究具有重要的理論和臨床意義。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Cell Rep (IF=9.995) | 中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)等團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)circPRKAA1調(diào)控脂肪酸代謝的新機(jī)制

 

# 07

文獻(xiàn)名稱：OTUB2 exerts tumor-suppressive roles via STAT1-mediated CALML3 activation and increased phosphatidylserine synthesis

發(fā)表期刊：Cell Reports

影響因子：9.995

合作單位：中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院/北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：轉(zhuǎn)錄組+蛋白組+代謝組

主要內(nèi)容：本文章利用多組學(xué)整合分析系統(tǒng)的研究了OTUB2在上消化道鱗狀細(xì)胞癌中的重要抑癌功能，并發(fā)現(xiàn)該功能是通過促進(jìn)轉(zhuǎn)錄因子STAT1的磷酸化及二聚體形成進(jìn)而激活CALML3轉(zhuǎn)錄而實(shí)現(xiàn)的。其中磷脂酰絲氨酸合成增加是介導(dǎo)OTUB2抑癌功能的關(guān)鍵代謝事件，并且臨床前研究結(jié)果提示口服磷脂酰絲氨酸可能會(huì)為抑制上消化道鱗狀細(xì)胞癌的發(fā)生帶來幫助。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章Cell Rep |中國(guó)醫(yī)科院劉芝華教授團(tuán)隊(duì)利用三組學(xué)聯(lián)合分析揭示OTUB2/STAT1/CALML3/PS軸的抑癌機(jī)制

 

# 08

文獻(xiàn)名稱：EGFR tyrosine kinase activity and Rab GTPases coordinate EGFR trafficking to regulate macrophage activation in sepsis

發(fā)表期刊：Cell Death & Disease

影響因子：9.685

合作單位：廣東醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院/解放軍南部戰(zhàn)區(qū)總醫(yī)院

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：磷酸化修飾組+非靶向代謝組

主要內(nèi)容：該研究發(fā)現(xiàn)在LPS作用下，巨噬細(xì)胞表面EGFR的表達(dá)增強(qiáng)。然后通過磷酸化修飾組和代謝組學(xué)等方法揭示了EGFR的整個(gè)細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn)過程，包括質(zhì)膜易位、早期內(nèi)化和晚期內(nèi)吞，以及調(diào)控這些過程的特異性Rab蛋白的分子機(jī)制。此外，作者還發(fā)現(xiàn)細(xì)胞表面EGFR水平調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞M1/M2極化表型轉(zhuǎn)化，并通過代謝重編程影響膿毒癥誘導(dǎo)的多器官損傷。該研究為EGFR作為膿毒癥治療的潛在靶點(diǎn)提供了有力的證據(jù)。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章CDD(IF 9.68) | 唐靖/劉志峰團(tuán)隊(duì)合作利用磷酸化組和代謝組揭示膿毒癥中EGFR胞內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制

 

# 09

文獻(xiàn)名稱：SEMA7A^R148W mutation promotes lipid accumulation and NAFLD progression via increased localization on the hepatocyte surface

發(fā)表期刊：JCI insight

影響因子：9.484

合作單位：陸軍軍醫(yī)大學(xué)第一附屬醫(yī)院（又名西南醫(yī)院）

中科新生命提供的服務(wù)內(nèi)容：TMT蛋白組學(xué)+脂質(zhì)組學(xué)+靶向代謝組（中長(zhǎng)鏈脂肪酸）

主要內(nèi)容：本項(xiàng)目利用蛋白質(zhì)組學(xué)和靶向代謝組學(xué)技術(shù)研究了Sema7a^R145W 突變（相當(dāng)于人類 SEMA7A^R148W）造成小鼠肝臟的脂質(zhì)沉積的分子機(jī)制，表明SEMA7A^R148W 突變是 NAFLD 的重要的遺傳決定因素，并通過增強(qiáng)蛋白激酶 C（PKC-α）信號(hào)傳導(dǎo)引起小鼠肝內(nèi)脂滴積聚。針對(duì)肝臟 中PKC-α 信號(hào)的靶向抑制，有望成為新的 NAFLD 療法。

文章解讀鏈接：項(xiàng)目文章JCI insight | 西南醫(yī)院采用蛋白代謝多組學(xué)揭示SEMA7AR148W突變促進(jìn)NAFLD疾病發(fā)展的分子機(jī)制

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