【會議背景】
單細胞測序是從單個細胞水平對基因組和轉(zhuǎn)錄組進行研究。2015年以來，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技術(shù)的出現(xiàn)，徹底降低了單細胞測序的成本門檻。自此，單細胞測序技術(shù)被廣泛應用于基礎科研和臨床研究。通過單細胞測序可以最大程度的反映細胞的異質(zhì)性，發(fā)現(xiàn)新的細胞群和細胞亞群，并為闡明細胞狀態(tài)轉(zhuǎn)換的調(diào)控機理提供了技術(shù)保障。單細胞技術(shù)以及數(shù)據(jù)分析方法在腫瘤、發(fā)育生物學、免疫學、神經(jīng)科學等領域有重要應用，是現(xiàn)今生命科學研究的焦點。
常規(guī)單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息�？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學、神經(jīng)生物學、免疫生物學、腫瘤微環(huán)境等領域的研究利器。
【會議特色】
本次課程以近期CNS文章為案例主線，逐一詳細剖析，全程電腦實戰(zhàn)教學。理論與實踐相結(jié)合，老師將以最簡單易懂的方式，既介紹單細胞測序的研究方法、分析內(nèi)容和最新前沿進展，又介紹具體的數(shù)據(jù)庫、工具和軟件的使用，并在課堂上進行上機指導。講師經(jīng)驗豐富，教學深入淺出，能讓大家獲得從單細胞組學原始數(shù)據(jù)實現(xiàn)CNS圖形繪制的實戰(zhàn)能力。
【講師簡介】
來自中科院，長期從事單細胞多組學方面的項目研究，目前已在Nature等雜志發(fā)表文章四十多篇，承擔國家科技部、國家自然基金委和重點研發(fā)計劃等多項課題。
【預期目標】
本學習班由多年從事單細胞組學研究的科研人員授課，通過深入淺出的理論講解和實例案例，幫助學員拓展研究思路，提升科研水平，增加職業(yè)競爭力。通過本次課程培訓將使學員系統(tǒng)掌握當前主流的單細胞組學分析流程、方法和軟件，從零基礎實現(xiàn)到CNS圖表的繪制，同時提升研究深度和廣度，拓寬研究思路。
【主要內(nèi)容】
1.熟悉單細胞組學圖表解讀和研究思路。
2.掌握單細胞組學分析標準流程和常用軟件。
3.熟悉單細胞數(shù)據(jù)的分型和marker基因鑒定。
4.掌握單細胞數(shù)據(jù)的軌跡分析及功能富集分析。
5.了解單細胞課題設計方法及研究思路。
6.熟悉并掌握單細胞空間轉(zhuǎn)錄組學實用技能
【課程內(nèi)容】

第一天上午 9:00-12:00	單細胞測序技術(shù)與應用	1. 單細胞組學技術(shù)的發(fā)展和原理。 2. 單細胞在各個科研領域的應用。 3. 單細胞高分文章分析思路解析（細胞群鑒定、擬時序分析、差異表達、功能富集、轉(zhuǎn)錄因子、細胞通訊等）。 4. 單細胞組學分析常用數(shù)據(jù)庫介紹及使用。	理論
第一天下午 14:00-17:00	單細胞組學數(shù)據(jù)分析實操	1. R語言簡介及安裝，RStudio的安裝及使用說明。 2. R語言語法介紹及常用命令。 3. R語言的數(shù)據(jù)處理功能及統(tǒng)計應用。 4. 10X官方單細胞軟件Cellranger講解及實操。 5. 從基因表達矩陣開始到marker基因篩選全過程講解及實操。 6. 通過Seurat軟件進行PCA及tSNE降維。 7. 單細胞轉(zhuǎn)錄組細胞鑒定及聚類分析。 8. 單細胞轉(zhuǎn)錄組差異分析。	實操
第二天上午 9:00-12:00	單細胞轉(zhuǎn)錄組軌跡、通路、轉(zhuǎn)錄因子等分析及繪圖實操	1. 通過Seurat 合并多樣本及消除樣本異質(zhì)性。 2. 通過Monocle軟件進行單細胞轉(zhuǎn)錄組擬時間分析。 3. 通過DAVID及metascape網(wǎng)站進行通路富集分析。 4. 通過GSVA計算細胞通路得分信號等。 5. 通過cellphonedb進行細胞互作分析。 6. 通過infercnv推斷染色體拷貝數(shù)變異。 7. 通過SCENIC軟件進行轉(zhuǎn)錄因子預測分析。	實操
第二天下午 14:00-17:00	空間轉(zhuǎn)錄組+單細胞測序聯(lián)合分析	1. 空間轉(zhuǎn)錄組基本概念及原理。 2. 單細胞及空間轉(zhuǎn)錄組研究思路及案例分享。 3. 單細胞和空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合課題設計。 4. 空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析。 5. 通過Seurat進行空間變量特征的識別。 6. 與單細胞數(shù)據(jù)關聯(lián)分析（空間細胞類型定義）。 7. 通過Seurat處理多個切片。	理論+實操
備注: 自備電腦，windows電腦建議win10 64位以上系統(tǒng)，內(nèi)存不低于4G，建議8G以上。上課主要軟件為R和Rstudio。

會議時間：2022年8月20-21日
會議地點：騰訊網(wǎng)絡會議
主辦單位：北京華斯泰生物醫(yī)學科技有限公司、合肥華斯泰生物醫(yī)學科技有限公司
收費標準：會務費：3000元/人，此次課程為線上直播教學模式，開課前統(tǒng)一提供配套電子版培訓資料。參加培訓的學員課后可通過微信群繼續(xù)和授課講師交流，長期獲得指導機會。
課程結(jié)束后統(tǒng)一快遞紙質(zhì)版蓋章通知和正式發(fā)票，如提前需要請聯(lián)系會務組。
繳費方式:
本次會議費委托合肥華斯泰生物醫(yī)學科技有限公司收取并統(tǒng)一提供會務發(fā)票。
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