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SBC第四季度單細(xì)胞及空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序培訓(xùn)班通知

瀏覽次數(shù)：3519　發(fā)布日期：2021-10-26　來(lái)源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處

培訓(xùn)通知 | SBC 2021年度四季度單細(xì)胞及空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序培訓(xùn)班開課

從2019年單細(xì)胞多組學(xué)被評(píng)為《Nature Methods》年度技術(shù)進(jìn)展，到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評(píng)為年度技術(shù)進(jìn)展，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)正處于蓬勃發(fā)展期，在現(xiàn)有的高通量檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域?yàn)榭茖W(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)能夠提供每個(gè)細(xì)胞詳實(shí)的轉(zhuǎn)錄表達(dá)信息，但是缺失來(lái)源組織的空間組成信息。空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的特點(diǎn)在于提供完整的組織空間位置信息，但是每個(gè)捕獲spot信息無(wú)法達(dá)到單細(xì)胞分辨率（10個(gè)左右細(xì)胞）。因此，兩個(gè)技術(shù)的結(jié)合應(yīng)用是必然的發(fā)展趨勢(shì)。

上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國(guó)家工程研究中心）（以下簡(jiǎn)稱SBC）是國(guó)內(nèi)最早一批搭建10x Genomics單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)及開發(fā)完善空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)并開展相關(guān)技術(shù)服務(wù)的公司之一。作為生物芯片上海國(guó)家工程研究中心的依托單位，在搭建先進(jìn)技術(shù)平臺(tái)的同時(shí)，融入再次創(chuàng)新開發(fā)和應(yīng)用，目前已為復(fù)旦大學(xué)、上海交通大學(xué)、同濟(jì)大學(xué)、上海中醫(yī)藥大學(xué)、中國(guó)科技大學(xué)、華東理工大學(xué)以及瑞金醫(yī)院、華山醫(yī)院、仁濟(jì)醫(yī)院、東方醫(yī)院、第十人民醫(yī)院、長(zhǎng)征醫(yī)院、胸科醫(yī)院、肺科醫(yī)院等多家知名院校單位提供單細(xì)胞測(cè)序及空間測(cè)序技術(shù)服務(wù)，積累了豐富的單細(xì)胞懸液制備和空間組織優(yōu)化實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)，包括較難處理的滑膜、軟骨、肝癌、人淋巴結(jié)等，同樣也積累了豐富的數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)。

2021年度SBC單細(xì)胞培訓(xùn)課程進(jìn)入四季度收尾階段，繼續(xù)帶您玩轉(zhuǎn)單細(xì)胞熱點(diǎn)研究。把握最新科研動(dòng)態(tài)，多維度課程設(shè)置，關(guān)鍵點(diǎn)逐個(gè)擊破，助力您的科研之旅。誠(chéng)摯邀請(qǐng)各位老師報(bào)名參加，培訓(xùn)為小班制（限額20人，以匯款憑證為準(zhǔn)，報(bào)滿截止）。

主辦單位：

上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國(guó)家工程研究中心）

上海市生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)會(huì)

培訓(xùn)日期：2021年11月4日-11月5日

培訓(xùn)地點(diǎn)：上海市浦東新區(qū)張江高科李冰路151號(hào)1號(hào)樓

課程安排

日期	時(shí)間	題目	主要內(nèi)容
11月4日第一天	09:00-09:20	簽到、領(lǐng)取資料
	09:20-09:30	開課致辭
	09:30-10:30	單細(xì)胞測(cè)序及單細(xì)胞多組學(xué)研究策略及前沿進(jìn)展	單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的發(fā)展； 10x Genomic單細(xì)胞測(cè)序原理；樣本準(zhǔn)備注意事項(xiàng)及前沿應(yīng)用介紹
	10:30-11:30	空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究進(jìn)展及注意事項(xiàng)	空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)進(jìn)展； 10x空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)介紹；空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序樣本準(zhǔn)備注意事項(xiàng)；空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用介紹
	11:30-12:30	午餐
	13:00-13:45	R語(yǔ)言基礎(chǔ)	基本概念：向量、數(shù)組和矩陣、函數(shù)；數(shù)據(jù)導(dǎo)入、編輯、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換；文件圖表生成、導(dǎo)出
	13:45-14:30	R語(yǔ)言進(jìn)階	統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，差異基因計(jì)算
	14:30-15:00	實(shí)驗(yàn)室參觀、茶歇交流
	15:00-16:00	樣本準(zhǔn)備及注意事項(xiàng)	單細(xì)胞樣本準(zhǔn)備及常見問(wèn)題，Demo實(shí)驗(yàn) 空間轉(zhuǎn)錄組樣本準(zhǔn)備及常見問(wèn)題，Demo實(shí)驗(yàn)
	16:00-17:00	ggplot2作圖詳解	柱狀圖、餅圖、boxplot、小提琴圖、密度曲線圖，散點(diǎn)圖，差異基因可視化（火山圖）等
11月5日第二天	09:30-10:30	單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析介紹與上機(jī)實(shí)操	基于cell ranger 、Loupe
	10:30-11:15	單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)多樣本比較分析介紹與上機(jī)實(shí)操	基于Seurat包
	11:15-11:45	單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)的聚類工具比較介紹
	11:45-13:00	午餐
	13:00-14:20	空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析介紹與上機(jī)實(shí)操	基于space ranger、Loupe
	14:20-15:00	單細(xì)胞擬時(shí)序分析	1、Monocle的原理算法介紹； 2、高分文章案例數(shù)據(jù)集作圖：擬時(shí)序分析等
	15:00-15:10	茶歇交流
	15:10-15:50	scanpy進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析	基于 Python 分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)：預(yù)處理，可視化，聚類，擬時(shí)序分析和差異表達(dá)分析等
	15:50-16:20	細(xì)胞類型注釋	SingleR的分析使用和庫(kù)的整理解讀
	16:20-16:30	頒發(fā)培訓(xùn)證書