“微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班”的通知
各有關(guān)單位:
微生物作為地球環(huán)境中的一大類生物群體,每種微生物都有其獨特的功能。微生物學(xué)(microbiology)作為生物學(xué)的分支學(xué)科之一,在許多學(xué)科領(lǐng)域都發(fā)揮著舉足輕重的作用。作為國內(nèi)最大的綜合性微生物學(xué)研究機構(gòu),為推動我國微生物學(xué)的發(fā)展,提高從業(yè)人員的技術(shù)水平,更好地與微生物研究領(lǐng)域的專家學(xué)者們分享、交流在微生物研究領(lǐng)域中的心得、經(jīng)驗。應(yīng)廣大行業(yè)工作者的要求,由中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司舉辦“生物信息學(xué)最新技術(shù)-微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班。培訓(xùn)班采用理論和演示相結(jié)合的教學(xué)形式,使學(xué)員在短時間內(nèi)對微生物研究中涉及的知識和方法得到進(jìn)一步地提高,同時學(xué)員與授課專家進(jìn)行現(xiàn)場交流與咨詢,探討學(xué)員在平時工作、研究中的瓶頸問題。與同行交流以拓寬自己的研究思路,共同探討和挖掘微生物資源的科學(xué)研究價值和應(yīng)用前景。具體事宜通知如下:
一、培訓(xùn)目標(biāo)及特點:
本培訓(xùn)以微生物宏基因組學(xué)技術(shù)的應(yīng)用與數(shù)據(jù)分析為主題,精心設(shè)計了具有前沿性、實用性和針對性強的理論課程和上機課程。培訓(xùn)邀請的主講人均是有理論和實際研究經(jīng)驗的人員。學(xué)員通過與專家直接交流,能夠分享到這些頂尖學(xué)術(shù)機構(gòu)的研究經(jīng)驗和實驗設(shè)計思路。學(xué)員通過集中專題學(xué)習(xí)后能夠擴展思路,在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。
二、授課專家:
主講專家來自中科院科研機構(gòu)的高級專家,擁有豐富的科研工作經(jīng)驗,長期從事生物信息學(xué)方面的項目研究,發(fā)表Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell等雜志40多篇。具有資深的技術(shù)底蘊和專業(yè)背景,目前承擔(dān)國家科技部、國家自然基金委和市科技新星項目等多項課題。
三、培訓(xùn)對象:
大中專院校生物信息、生物計算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計算機科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員;科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員;生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。
四、時間地點: 2020年12月10日—12月13日 江蘇 南京 (時間安排:第1天報到,授課3天)
五、培訓(xùn)內(nèi)容:見附件二
六、報名辦法及費用:
每人¥3980元(含報名費、培訓(xùn)費、資料費、上機費)
團隊報名:4+1優(yōu)惠。(5位其中1位免除費用)
食宿可統(tǒng)一安排,費用自理。各單位人員報名參加,報名回執(zhí)表請回傳至?xí)⻊?wù)處即可。
如單位有內(nèi)訓(xùn)需求,請將內(nèi)訓(xùn)方案傳至?xí)⻊?wù)組,根據(jù)單位需求安排相應(yīng)專家進(jìn)行授課
七、聯(lián)系方式:
聯(lián)系人: 張琦 17744569660
報名郵箱:
zkcc_BIS@vip.163.com
中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司
二零二零年十月二十六日
附件一:報名回執(zhí)表
附件二:培訓(xùn)內(nèi)容
(12月11日 上午)
微生物基因組
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微生物基因組和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
1.1、微生物基因組研究的意義
1.2、微生物基因組研究概況
1.3、微生物基因組的特點
1.4、微生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究 |
(12月11日 下午)
R語言繪圖
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R語言基本介紹
R語言基本運算、向量函數(shù)
1.3 R語言數(shù)據(jù)讀入以及導(dǎo)出
ggplot2基本繪圖 (條形圖、散點圖、折線圖等) |
(12月12日 上午)
宏基因組學(xué)
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1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法
1.1. 測序平臺、引物設(shè)計及區(qū)域選擇不同測序平臺、針對細(xì)菌、真菌不同微生物實驗設(shè)計
1.2. 測序量及采樣建議
針對水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境
1.3. 分析流程圖
數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析
1.4. 結(jié)果解析
1.4.1 OTU聚類
1.4.2 物種注釋
1.4.3 物種分布情況
1.4.4 樣品復(fù)雜度分析:α多樣性
Coverage Chao指數(shù) ACE指數(shù)
Shannon曲線
Richness rarefaction曲線
1.4.5 多樣品比較分析:β多樣性
樣品間物種豐度熱圖
排序分析:
PCA分析
PCoA分析
NMDS分析
Unifrac分析
樣品聚類分析
2. DSS (direct shotgun sequencing)法
2.1. 分析流程
2.2. 功能注釋分析
2.3. 代謝途徑解析 |
(12月12日 下午)
微生物基因組及宏轉(zhuǎn)錄組常用軟件介紹
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2.1 微生物基因組在線圈圖分析
2.2 代謝通路分析(KEGG & KAAS)
2.3 病原菌耐藥基因鑒定(CARD & Resfinder)
2.4 細(xì)菌基因組島鑒定 (Islandviewer)
2.5 CAZy 碳水化合物活性酶注釋(宏轉(zhuǎn)錄組)
2.6 基因差異表達(dá)分析(宏轉(zhuǎn)錄組)
2.7 基因聚類分析(宏轉(zhuǎn)錄組) |
(12月13日 上午)
宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)
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1 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)介紹
2 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)定義
3 宏轉(zhuǎn)錄組研究方法
4 宏轉(zhuǎn)錄組研究內(nèi)容
5 宏基因組與宏轉(zhuǎn)錄組的差別 |
(12月13日 下午)
16S測序數(shù)據(jù)分析及宏基因組學(xué)軟件介紹
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1. 筆記本電腦配置要求建議筆記本內(nèi)存4G以上,64位操作系統(tǒng)
2. 針對16S rDNA amplicon sequencing分析
2.1. 虛擬機安裝:Virtual Box
2.2. 16S分析運行環(huán)境搭建:QIIME Virtual Machine
2.3. 實例演示及結(jié)果展示
數(shù)據(jù)預(yù)處理
OTU 聚類
物種注釋
OTU table生成
α多樣性分析
序列比對
構(gòu)建進(jìn)化樹
β多樣性分析
3. 針對shotgun sequencing分析(只做流程演示講解)
3.1. 序列質(zhì)量控制:fastqc
3.2. 序列拼接
3.3. 基因預(yù)測及豐度分析
3.4. 物種注釋
3.4. 功能注釋
3.5. MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等軟件介紹 |
(*實際授課還會增加一些學(xué)員報名時反饋的感興趣內(nèi)容,希望參會人員可以把自己想了解的內(nèi)容,報名時一起填寫在回執(zhí)表上。大家在上課期間有什么問題,都可以隨時提出,如果有針對性問題可在 課間、課下和老師進(jìn)行交流;)
Figure 1 QIIME2結(jié)果1:16s rDNA測序數(shù)據(jù)質(zhì)控信息
Figure 2 QIIME2結(jié)果2:features的序列信息
Figure 3 QIIME2結(jié)果3:alpha diversity 差異分析
Figure 4 QIIME2結(jié)果3:beta diversity 可視化
Figure 5 QIIME2結(jié)果5:物種注釋結(jié)果可視化
Figure 6 QIIME2結(jié)果6:差異菌群分析結(jié)果