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Nanostring&冷泉港空間多組學(xué)及癌癥研究研討會邀請

瀏覽次數(shù):3195 發(fā)布日期:2020-9-29  來源:本站 本站原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請注明出處
【bioRxiv】空間全轉(zhuǎn)錄組助力麻省理工團隊在胰腺導(dǎo)管癌治療中的重大突破
 
Aviv Regev團隊是單細胞測序研究領(lǐng)域的佼佼者,近期他們再一次將該技術(shù)應(yīng)用于棘手癌種-胰腺導(dǎo)管癌的研究應(yīng)用中。更重要的是,該項目首次聯(lián)合單細胞核測序和空間全轉(zhuǎn)錄組技術(shù),對腫瘤微環(huán)境精準解析?臻g全轉(zhuǎn)錄組分析和數(shù)據(jù)映射讓單細胞核測序的數(shù)據(jù)具備了空間分布的意義。

胰腺導(dǎo)管癌是一種惡性程度較差的消化系統(tǒng)癌癥,不僅發(fā)病隱蔽而且預(yù)后極差,預(yù)計到2030年它將成為美國第二高致死率的癌種。目前尚無成熟有效的治療方案,醫(yī)學(xué)界傾向于病人先接受術(shù)前治療再進行手術(shù)切除來改善預(yù)后。然而胰腺導(dǎo)管癌對放化療的抗性以及術(shù)前治療對剩余腫瘤細胞可能造成的影響依然是個謎團。在分子分型方面,胰腺導(dǎo)管癌的相關(guān)研究也依然處于初級階段。目前通過大塊組織RNA分析手段,只有兩個亞型:classic亞型和basal亞型。而這兩個亞型也尚難對目前的診療方案做出有效的指導(dǎo)作用。因此,通過對胰腺導(dǎo)管癌組織微環(huán)境中的癌細胞,免疫細胞和腫瘤相關(guān)成纖維細胞進行詳細精準的分子分型和生物標(biāo)記物分析,將成為改善病人診治和預(yù)后的突破口。

近日,麻省理工學(xué)院的Aviv Regev團隊首次通過單細胞核RNA測序以及空間全轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)的聯(lián)合應(yīng)用,對接受了術(shù)前治療和未接受術(shù)前治療的胰腺導(dǎo)管癌樣本進行了細胞群落,分子生物標(biāo)記物和空間信息的深度解析。在胰腺導(dǎo)管癌分子分型深度研究方面,以及由術(shù)前治療和免疫微環(huán)境對癌細胞造成的影響分析方面獲得了突破性發(fā)現(xiàn)。

首先,研究團隊采用單細胞核測序的方法開展細胞分型工作。該方法可避免胰腺導(dǎo)管癌研究的其中一個棘手難題,即由于纖維化和組織降解帶來的細胞損傷對基因表達分析的影響。 然而單純的單細胞核測序并不能把某一特定癌細胞與其周圍富集的免疫細胞或者成纖維細胞進行關(guān)聯(lián)。因此,研究團隊突破性地采用NanoString的GeoMx DSP空間全轉(zhuǎn)錄組和空間靶向轉(zhuǎn)錄組技術(shù),在相同的胰腺導(dǎo)管癌樣本中對組織中不同的細胞群落進行了空間分析,再通過反卷積(Deconvolution)的模型與單細胞核RNA測序的數(shù)據(jù)結(jié)合對映分析,有效分辨出不同癌細胞及其相關(guān)的免疫細胞,從而實現(xiàn)在空間信息和單細胞精度層面的最優(yōu)化。這對新的診療方案開發(fā)會更有指導(dǎo)價值。

A. Experimental workflow for digital spatial profiling on the GeoMx platform (NanoString)
 

B. Spatial resolution of cell types across ROIs and AOIs. Expression (z-score of normalized counts across AOIs; purple/yellow color bar) of signature genes (rows) from diverse cell types (color legend (4) and left bar) across AOIs (columns, color legend and horizontal bar (3)) profiled by 1,412-gene cancer transcriptome atlas or CTA, capturing epithelial (green), fibroblasts (blue) and immune (red) cells, from ROIs characterized by presence or absence of immune (color legend and horizontal bar (1)) and fibroblast (color legend and horizontal bar (2)) infiltration. Both columns and rows are clustered by unsupervised hierarchical clustering

 

C.  Box-plots comparing mean normalized gene expression by cluster for basal-like vs. classical-like epithelial AOIs. * p < 0.05, Student’s t-test.
D.Coverage of PDAC snRNA-seq programs by CTA and WTA digital spatial profiling. Number of genes (y axis) from each untreated malignant cell program (x axis) captured by CTA only (white), WTA only (black), or both (grey)
E. Impact of gene panel on program scores. Spearman correlation coefficient () between the scores for different untreated malignant programs (x axis) obtained with WTA using the full gene panel vs. the gene subset shared with the CTA assay


近年,隨著空間生物學(xué)時代的到來,空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在腫瘤免疫、腫瘤微環(huán)境的深度分析應(yīng)用日新月異。Nanostring GeoMx DSP作為目前腫瘤免疫、微環(huán)境研究領(lǐng)域的創(chuàng)新性解決方案和工具,已被國內(nèi)外多個團隊用于腫瘤,神經(jīng)科學(xué)以及新冠病毒研究。

為使該前沿創(chuàng)新技術(shù)不斷助力腫瘤免疫等相關(guān)研究,Nanostring將與冷泉港生物科技股有限公司于2020年10月15號下午共同舉辦“空間多組學(xué)及癌癥研究技術(shù)研討會暨第四屆Nanostring大中華區(qū)用戶會”,屆時將邀請中國大陸和臺灣地區(qū)的知名腫瘤研究的專家進行技術(shù)研討。

會議組誠邀國內(nèi)專家和客戶踴躍觀看,積極參與會議學(xué)術(shù)交流。掃描二維碼,成功注冊參會人員,有機會贏取現(xiàn)金紅包。

相關(guān)公司:冷泉港生物科技有限公司上海辦事處
聯(lián)系電話:021-58952661,58953141
E-mail:yinbenliang@cs-biotech.com


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