近年來,隨著現(xiàn)代分子生物學(xué)的發(fā)展,特別是人類基因組計劃的實(shí)施,不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學(xué)數(shù)據(jù),這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復(fù)雜,以至于不利用計算機(jī)根本無法實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲和分析。生物信息學(xué)大量的使用計算機(jī)技術(shù)進(jìn)行分析工作,這就要求技術(shù)人員熟悉多種分析軟件的使用方法及其在生物各領(lǐng)域的應(yīng)用技術(shù)。在此次疫情中宏基因組的測序也助力新冠病毒的檢測,中科院計算所西部高等技術(shù)研究院將在
7月4-5日舉辦“
宏基因組與R語言數(shù)據(jù)分析在線直播課”由北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院承辦,中科院及權(quán)威專家主講,具體通知如下,歡迎廣大相關(guān)企事業(yè)單位科技工作者,核心技術(shù)人員踴躍報名參加!
主辦單位:中科院計算所西部高等技術(shù)研究院
指導(dǎo)單位:中國電子學(xué)會(國家專業(yè)人員繼續(xù)教育基地)
承辦單位:北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院
協(xié)辦單位:北京中科圖云科技有限公司 、北京安控冠博科技有限公司
培訓(xùn)對象:
大中專院校生物信息、生物計算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員;科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員;生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。
主講專家:
來自中科院微生物研究所國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的高級專家,長期從事生物信息學(xué)領(lǐng)域及國家重大項目研究,具有資深的技術(shù)底蘊(yùn)和專業(yè)背景。
時間:7月4-7月5日(上午9:00-11:00 下午14:00-16:00)
培訓(xùn)費(fèi)用:RMB:300元/人,(包含報名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、)
培訓(xùn)結(jié)束經(jīng)考核合格,可獲得由中國電子學(xué)會頒發(fā)全國電子信息人才能力提升工程專業(yè)技術(shù)證書, 依據(jù)人力資源與社會保障部《國家級專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地管理辦法》(人社廳發(fā)〔2013〕53 號)的要求,本次學(xué)習(xí)情況,本次學(xué)習(xí)情況可計入繼續(xù)教育學(xué)時并作為對專業(yè)技術(shù)人員考核評價、崗位、職稱評聘和執(zhí)業(yè)注冊的重要依據(jù)。須提交電子版彩色照片,身份證復(fù)印件。(證書自愿辦理,費(fèi)用五百元)
課程內(nèi)容
(7月4日 上午)
宏基因組學(xué)介紹一
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1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法
1.1. 測序平臺、引物設(shè)計及區(qū)域選擇不同測序平臺、針對細(xì)菌、真菌不同微生物實(shí)驗(yàn)設(shè)計
1.2. 測序量及采樣建議
針對水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境
1.3. 分析流程圖
數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析
1.4. 結(jié)果解析
1.4.1 OTU聚類
1.4.2 物種注釋
1.4.3 物種分布情況
1.4.4 樣品復(fù)雜度分析:α多樣性
Coverage Chao指數(shù) ACE指數(shù)
Shannon曲線
Richness rarefaction曲線
1.4.5 多樣品比較分析:β多樣性
樣品間物種豐度熱圖
排序分析:
PCA分析
PCoA分析
NMDS分析
Unifrac分析
樣品聚類分析
2. DSS (direct shotgun sequencing)法
2.1. 分析流程
2.2. 功能注釋分析
2.3. 代謝途徑解析
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(7月4日 下午)
宏基因組高豐度菌株
分析流程介紹
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1 微生物基因組在線圈圖分析
2 代謝通路分析(KEGG & KAAS)
3 病原菌耐藥基因鑒定(CARD & Resfinder)
4 細(xì)菌基因組島鑒定 (Islandviewer)
5 進(jìn)化樹軟件MEGA使用
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(7月5日 上午)
宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)介紹二
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1 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)介紹
2 宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)定義
3 宏轉(zhuǎn)錄組研究方法
4 宏轉(zhuǎn)錄組研究內(nèi)容
5 宏基因組與宏轉(zhuǎn)錄組的差別
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(7月5日 下午)
基于ggplot2程序包的R語言繪圖
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R語言基本介紹
2 R語言基本運(yùn)算、向量函數(shù)
3 R語言數(shù)據(jù)讀入以及導(dǎo)出
ggplot2基本繪圖 (條形圖、散點(diǎn)圖、折線圖等)
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(*實(shí)際授課還會增加一些學(xué)員報名時反饋的感興趣內(nèi)容,希望參會人員可以把自己想了解的內(nèi)容,報名時一起填寫在回執(zhí)表上。大家在上課期間有什么問題,都可以隨時提出,如果有針對性問題可在 課間、課下和老師進(jìn)行交流;)
課程特色
一流的講師
★依據(jù)豐富的項目實(shí)踐經(jīng)驗(yàn),為您講解在操作過程中常見的錯誤及解決方案;
全方位課程輔導(dǎo)
★課前: 提供社群輔導(dǎo);課間: 在直播間為您答疑;課后: 設(shè)置專門的操作練習(xí)時間并配助教實(shí)時答疑;
專屬課程福利
★ 贈送操作所需全部代碼;
★ 提供1v1遠(yuǎn)程指導(dǎo),吃透每一個實(shí)操步驟;
優(yōu)惠政策:先到先學(xué)
早鳥價:270/人
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6月7日之前完成報名并繳費(fèi),即可享受早鳥價9折;
★轉(zhuǎn)發(fā)優(yōu)惠,轉(zhuǎn)發(fā)本文到朋友圈,并帶上【注冊參會】的文字,朋友圈保留五天以上,即可享受早鳥價;
★6月7日以后:300元/人 以上優(yōu)惠只能選擇其一
收款單位:戶 名:北京中科云暢應(yīng)用技術(shù)研究院
開戶行:招商銀行股份有限公司北京豐臺科技園支行
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