基因組研究
宏病毒組研究
近期,諾禾致源與一線疾控中心通力協(xié)作,針對(duì)確診病例和疑似病例的不同組織(咽喉、血液、肺泡灌洗液)進(jìn)行宏病毒組的研究。該項(xiàng)目通過(guò) Illumina nova6000 的測(cè)序平臺(tái),測(cè)序數(shù)據(jù)量一般推薦10G,將 rRNA 去除后構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)。研究中我們發(fā)揮出諾禾致源在基因檢測(cè)的技術(shù)和研究的最大優(yōu)勢(shì),助力疫情防控。
宏病毒的研究,是以環(huán)境中 RNA 病毒的核酸為研究對(duì)象,能夠快速準(zhǔn)確的鑒定出環(huán)境中所有的病毒組成,在病毒發(fā)現(xiàn)、病毒溯源、微生物預(yù)警等研究方面具有重要作用。已知 SARS-CoV-2(新冠病毒)是屬于套式病毒目、冠狀病毒科、冠狀病毒屬,是一類(lèi)具有囊膜、基因組為線性單股正鏈的 RNA 病毒。在2020年2月14日世衛(wèi)組織公布的關(guān)于新冠病毒的針對(duì)性研究方向中,首先被提出的就是為更好地理解新冠病毒的自然史、傳播模式和診斷方法,研究人員將專(zhuān)注于病理模型開(kāi)發(fā),包括感染、疾病和傳播的動(dòng)物模型,并開(kāi)發(fā)用于監(jiān)測(cè)和研究病毒表型改變和潛在適應(yīng)性的工具,并支持通過(guò)應(yīng)用診斷工具及相關(guān)產(chǎn)品來(lái)改善臨床過(guò)程。針對(duì)這個(gè)研究重點(diǎn),高通量二代測(cè)序的宏病毒組學(xué),能夠大樣本量,大數(shù)據(jù)量的提供不同病毒的序列信息,在樣本中的表達(dá)情況,進(jìn)化方向,突變現(xiàn)象等一系列可以指導(dǎo)生物學(xué)研究及臨床應(yīng)用的有效數(shù)據(jù)證據(jù)。目前,針對(duì) SARS-CoV-2 的合作項(xiàng)目,RNA 研究部專(zhuān)門(mén)組織了項(xiàng)目運(yùn)行小組,指定負(fù)責(zé)人專(zhuān)項(xiàng)對(duì)接和推進(jìn)研究。已有多個(gè)科研合作項(xiàng)目接入,待客戶(hù)建庫(kù)后即可進(jìn)行后續(xù)的合作服務(wù)。
在這次抗擊戰(zhàn)中,我們的優(yōu)勢(shì)
1. 短周期,高通量,全分析。采用先進(jìn)的測(cè)序平臺(tái),高通量覆蓋可全面檢測(cè)生態(tài)環(huán)境中的微生物信息,充分挖掘樣品中存在的微生物多樣性及動(dòng)態(tài)變化情況。
2. 諾禾致源是商業(yè)科研領(lǐng)域?yàn)閿?shù)不多的可以進(jìn)行宏病毒轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析的公司,宏病毒轉(zhuǎn)錄組不僅進(jìn)行基因表達(dá)情況以及差異基因表達(dá)分析,還進(jìn)行物種注釋及分類(lèi)分析,多樣品間的比較分析,病毒進(jìn)化分析等。此外,針對(duì)宏病毒的測(cè)序結(jié)果,諾禾致源還可以提供個(gè)性化分析的服務(wù),可以根據(jù)不同需求定制分析內(nèi)容。
3. 宏病毒轉(zhuǎn)錄組采用先進(jìn)的 Illumina 測(cè)序平臺(tái),快速、高效地讀取高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計(jì)算平臺(tái)(High Performance Computing,HPC)采用 DELL 計(jì)算節(jié)點(diǎn)和 Isilon 存儲(chǔ)的高效組合,實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測(cè)序數(shù)據(jù)分析及交付。
諾禾致源丨提供領(lǐng)先的基因科技解決方案
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