SBC單細胞轉錄組測序及生信分析培訓班報名通知

瀏覽次數(shù)：11459　發(fā)布日期：2019-9-27　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉載請注明出處

自今年6月第一期單細胞轉錄組測序及生信分析培訓班成功舉辦以來，陸續(xù)收到新用戶詢問單細胞測序的培訓課程，結合第一期學員的反饋和建議，SBC茲定于2019年10月24日-26日再次舉辦第二期進階版的單細胞轉錄組測序及生信分析培訓班。針對學員們的不同需求，本次培訓班為期三天，包含基礎課程（第1天）及進階課程（第2-3天）兩部分。

課程內容涵蓋10Xgenomic單細胞測序原理、樣本準備、分析流程及原理、R語言基礎、高級分析以及實驗設計策略等。本次培訓班特別邀請到上海交通大學系統(tǒng)生物醫(yī)學研究院副研究員鄒欣博士在第三天的課程中授課。

誠摯邀請各位老師報名參加，本次培訓班實行小班制（限額20人）。

主辦單位：上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心

培訓日期：2019年10月24日-26日
培訓地點：上海市浦東新區(qū)張江高科技園區(qū)李冰路151號1號樓

一、 日程安排（暫定）

日期	時間	主題	課程內容
10月24日第一天	08:45-09:00	簽到、領取資料
	09:00-09:10	開課致辭
	09:10-10:00	非編碼RNA研究概述及數(shù)據(jù)解讀
	10:00-11:00	R語言基礎	基本概念：向量、數(shù)組和矩陣、函數(shù)；數(shù)據(jù)導入、編輯、數(shù)據(jù)結構轉換；文件圖表生成、導出
	11:10-11:40	R語言進階：統(tǒng)計檢驗，差異基因計算
	13:00-14:00	ggplot2詳解（柱狀圖、餅圖、boxplot、小提琴圖、密度曲線圖，散點圖，差異基因可視化（火山圖）等）
	14:00-14:40	如何畫非常牛的hclust層次聚類圖
	15:00-15:30	heatmap詳解&韋恩圖詳解
	15:40-16:40	GEO數(shù)據(jù)庫詳解及常用文章繪圖（誤差線圖、生存曲線圖、jitterplot）
10月25日第二天	08:45-09:00	簽到、領取資料
	09:00-09:10	開課致辭
	09:10-09:55	單細胞測序介紹	單細胞測序技術的發(fā)展及10Xgenomic單細胞測序原理介紹
	10:00-10:30	樣本準備	單細胞樣本準備及常見問題
	10:40-11:30		Demo實驗
	13:10-13:40	10X單細胞轉錄組分析原理及流程介紹
	13:45-14:00	10XGenomoics 單細胞轉錄組數(shù)據(jù)分析介紹與上機實操	Cellranger運行環(huán)境、服務器配置，如何從fastq生成表達矩陣等系列結果; Loupe Cell Browser軟件使用
	14:05-15:40	單細胞轉錄組數(shù)據(jù)多樣本比較分析介紹與上機實操	使用Seurat進行全套單細胞轉錄組數(shù)據(jù)分析演練：常見7類分析圖：DimPlot_Integret、DotPlot、FeaturePlot整合圖等的代碼解析
	15:45-16:15	單細胞轉錄組結果報告解讀
	16:20-17:00	10X單細胞ATAC-seq分析流程及原理介紹	CellRanger-ATAC運行、運行過程中使用算法介紹及結果解讀； Loupe Cell Browser軟件運行、ChIPseeker對peaks結果注釋、Cicero介紹
10月26日第三天	09:00-09:40	單細胞ATAC結果報告解讀
	09:55-11:30	單細胞數(shù)據(jù)中的噪聲干擾以及解決方案特邀嘉賓：上海交通大學副研究員鄒欣博士
	13:00-14:00	高級分析案例分析；流程演練+實操過程答疑	1、Monocle的原理算法介紹；2、高分文章案例數(shù)據(jù)集作圖：擬時序分析等
	14:10-15:00	單細胞RNA測序數(shù)據(jù)的聚類工具比較介紹	聚類方法比較（包括Seurat、Cell Ranger、SC3、ascend、RaceID）
	15:30-16:30	單細胞測序技術的應用與實驗設計思路解析
	16:30-16:40	頒發(fā)證書、合影

二、費用及優(yōu)惠

1、培訓費用：

培訓課程	課程時間	培訓費
基礎班	10月24日（共1天）	1000元/人
進階班	10月25日-26日（共2天）	2000元/人
實戰(zhàn)班	10月24日-26日（共3天）	2800元/人
注：以上費用包含培訓費、資料費、培訓期間午餐費。