表觀遺傳學(xué)及DNA甲基化數(shù)據(jù)分析專題班通知

瀏覽次數(shù)：25801　發(fā)布日期：2019-8-15　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

各有關(guān)單位:

表觀遺傳學(xué)是研究基因的核苷酸序列不發(fā)生改變的情況下，基因表達(dá)的可遺傳的變化的一門遺傳學(xué)分支學(xué)科。隨著實(shí)驗(yàn)技術(shù)的進(jìn)步，產(chǎn)生了海量的表觀基因組數(shù)據(jù)，從這些數(shù)據(jù)中挖掘生物學(xué)特征對理解生命的生理及病理過程有重要意義。面對海量的數(shù)據(jù)包括DNA甲基化譜、組蛋白修飾譜、核小體定位信息，研究人員開發(fā)了針對不同數(shù)據(jù)的分析工具和策略，理解和掌握表觀基因組數(shù)據(jù)的分析方法，為推動(dòng)表觀遺傳學(xué)在各學(xué)科領(lǐng)域應(yīng)用及發(fā)展，更好地促進(jìn)專家學(xué)者們在研究中的分享和交流，由中科成創(chuàng)（北京）生物技術(shù)有限公司舉辦“表觀遺傳學(xué)及DNA甲基化數(shù)據(jù)分析”專題班，具體事宜通知如下：

一、培訓(xùn)目標(biāo)及特點(diǎn)：

本次培訓(xùn)班邀請?jiān)诒碛^遺傳前沿技術(shù)方面有杰出貢獻(xiàn)的專家和學(xué)者向我們提供精彩實(shí)用的培訓(xùn)內(nèi)容，涵蓋多個(gè)熱門領(lǐng)域尖端研究技術(shù)，指導(dǎo)課題設(shè)計(jì)，分享寶貴經(jīng)驗(yàn)，并介紹本領(lǐng)域的最新動(dòng)態(tài)和進(jìn)展，與大家共同探討表觀遺傳學(xué)研究的課題設(shè)計(jì)思路和未來發(fā)展方向。

通過理論和實(shí)踐有機(jī)的相結(jié)合，對表觀遺傳學(xué)基本理論和基本技術(shù)的講解，使學(xué)員們深入了解DNA甲基化、組蛋白修飾、非編碼RNA等的知識(shí)以及相關(guān)的數(shù)據(jù)產(chǎn)生的各種高通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)與數(shù)據(jù)挖掘。

二、培訓(xùn)對象：

大中專院校生物信息、生物計(jì)算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員；科研單位從事表觀遺傳學(xué)、DNA甲基化、組蛋白修飾等方面數(shù)據(jù)分析的技術(shù)人員領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。

三、授課專家：

主講專家來自中科院及高校等科研機(jī)構(gòu)的高級(jí)專家，擁有豐富的科研工作經(jīng)驗(yàn)，長期從事表觀遺傳學(xué)、DNA甲基化、非編碼RNA、組蛋白修飾方面的項(xiàng)目研究，發(fā)表Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell等雜志40多篇。具有資深的技術(shù)底蘊(yùn)和專業(yè)背景，目前承擔(dān)國家科技部、國家自然基金委和市科技新星項(xiàng)目等多項(xiàng)課題。

四、時(shí)間地點(diǎn)：2019年9月27日-9月30日四川成都（時(shí)間安排：第1天報(bào)到，授課3天）

五、培訓(xùn)內(nèi)容：

第一天上午	表觀遺傳學(xué)研究內(nèi)容及思路，DNA甲基化原理、應(yīng)用及研究	1. 表觀遺傳學(xué)研究內(nèi)容及調(diào)控機(jī)制。 2. 通過近期Cell文章掌握表觀多組學(xué)研究思路。 3. 高通量測序技術(shù)概述。 4. 表觀遺傳學(xué)各組學(xué)測序技術(shù)及分析內(nèi)容。 5. DNA甲基化理論：作用機(jī)制及研究應(yīng)用。	理論
第一天下午	Linux及R語言實(shí)操，DNA甲基化數(shù)據(jù)分析	1. 常規(guī)基礎(chǔ)Linux命令入門講解及實(shí)操訓(xùn)練。 2. R語言簡介及安裝，RStudio的安裝及使用說明。 3. R語言語法介紹及常用命令。 4. DNA甲基化測序數(shù)據(jù)分析（bismark，methylKit等軟件）。 5. DNA甲基化芯片數(shù)據(jù)分析（IMA等軟件）。	實(shí)操
第二天上午	組蛋白修飾及ATAC測序技術(shù)、分析思路及流程	1. 組蛋白修飾的研究方法及技術(shù)發(fā)展。 2. 組蛋白修飾的研究內(nèi)容及科研思路。 3. 組蛋白修飾數(shù)據(jù)的分析流程及繪圖。 4. 組蛋白和多組學(xué)數(shù)據(jù)的整合分析。	理論
第二天下午	組蛋白修飾及ATAC數(shù)據(jù)分析	1. 利用fastqc、cutadapt及Trimmomatic對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控。 2. 通過bowtie2、bwa等軟件進(jìn)行基因組mapping。 3. 通過MACS2軟件進(jìn)行peak calling。 4. 利用HOMER軟件進(jìn)行peak注釋及motif分析。 5. 調(diào)用R語言包Diffbind進(jìn)行差異peaks分析。	實(shí)操
第三天上午	非編碼RNA、表觀轉(zhuǎn)錄組研究內(nèi)容及思路	1. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析內(nèi)容及思路介紹。 2. 長非編碼RNA、microRNA及circRNA的研究方法及思路。 3. 轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)整合分析思路和案例介紹。 4. 表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究內(nèi)容及多組學(xué)整合思路。 5. 組學(xué)分析常用數(shù)據(jù)庫介紹及使用。	理論
第三天下午	mRNA及非編碼轉(zhuǎn)錄組分析：定量、差異、功能富集及網(wǎng)絡(luò)	1. 通過tophat2、hisat2軟件進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)mapping。 2. 通過HTSeq及featureCounts進(jìn)行基因表達(dá)定量。 3. 通過Deseq2，edgeR等R語言包進(jìn)行差異表達(dá)分析。 4. 應(yīng)用DAVID及metascape網(wǎng)站進(jìn)行通路富集分析。 5. 箱型圖，熱圖，網(wǎng)絡(luò)圖，GO、KEGG富集圖，GSEA等圖形繪制。	實(shí)操