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Eppendorf 微生物組解決方案助力大熊貓腸道菌群研究

瀏覽次數(shù):7803 發(fā)布日期:2019-6-14  來源:本站 本站原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請注明出處
只吃素也有體重200斤的風險?小E探訪大熊貓基地,深挖了它的秘密……
 
大熊貓,昵稱“滾滾”,因為蠢萌的外表和稀有的屬性,成功在全球吸粉無數(shù),成為年薪百萬美元、躺著掙錢的“打工第一熊”。
 
▲ 我身價百萬(圖為四川成都大熊貓基地的嬌慶,圖片由四川大熊貓基地提供)
 
雖然長相十分蠢萌,看上去沒什么攻擊性,但人家祖上畢竟是“嚼鐵如泥的食鐵獸”(有興趣的可以百度一下哦)。即使經(jīng)過了進化,現(xiàn)在的滾滾們的飲食習慣早已從肉食主義轉(zhuǎn)變?yōu)榱怂厥持髁x,可是他們的牙齒和消化道還保持有原樣,在種屬中劃分為食肉目、熊科,發(fā)怒時的危險性堪比其他熊種。
 
▲ 注意,猛獸出沒(圖為四川成都大熊貓基地的嬌慶,圖片由四川大熊貓基地提供)
 
但為何身為一頭猛獸,卻在進化的過程中放棄了肉食?只鐘情于竹子和竹筍?還能吃得圓滾滾?這里面都有些什么奧妙呢?
 
為了揭開滾滾的秘密,小 E 親自來到了四川省瀕危野生動物保護生物學重點實驗室,為大家?guī)砹艘痪情報。
 
 
小 E 采訪了大熊貓基地的(熊貓達人)張文平研究員,那么現(xiàn)在就讓他來揭開大熊貓只愛竹筍的秘密吧。
 
張文平研究員
成都大熊貓繁育基地、
四川省瀕危野生動物保護
生物學重點實驗室
 
下文中小 E 縮寫為 E,張文平縮寫為張,以下為采訪節(jié)選,戳這里查看訪談全文。
 
E:大熊貓是通過攝取竹子中的纖維素獲得能量的嗎?
張:我們最初研究這個課題的時候,認為竹子中的主要成分——纖維素與木質(zhì)素是為大熊貓?zhí)峁┠芰康闹饕獊碓,但是在研究中逐漸發(fā)現(xiàn),大熊貓從出生到亞成年的過程中,體內(nèi)纖維素的菌群并沒有逐漸增加,這說明大熊貓對纖維素的消化降解能力其實非常有限。而其他的如消化半纖維素、淀粉等菌群的豐度卻逐漸增加,與這些菌群相關(guān)的基因家族的豐度也是遞增的。最終得出結(jié)論,大熊貓是通過消化竹子中的半纖維素、淀粉等來獲取能量的,纖維素可能僅作為輔助,起到改善腸道菌群的作用。
 
 
劃重點:
通過對收集的熊貓糞便進行宏基因組分析,張文平研究員和他的團隊發(fā)現(xiàn)大熊貓的腸道菌群基本沒有攝取竹子中纖維的能力,說明大熊貓并不能從纖維素中獲取必須的能量。
 
后續(xù)的研究顯示大熊貓主要通過竹子中的淀粉、半纖維素、果膠等獲取能量,他們選擇竹子的主要原因是這種食物分布廣泛、生長迅速且擁有高含量淀粉。
 
▲ 夢夢麻煩注意一下自己的體重(圖為四川成都大熊貓基地的夢夢,圖片由四川大熊貓基地提供)
 
從張文平研究員的結(jié)果來看,大熊貓鐘情于竹子主要是因為:
● 搶竹子的競爭者少,而竹子分布比較廣泛,容易獲得
● 和其他木本植物相比,竹子的淀粉含量更高
● 竹子不同部位隨四季的變化其淀粉含量亦隨之變化,大熊貓總是選擇取食竹子中淀粉含量高的部位
 
E:之前您說宏基因組研究熊貓的糞便,那么您能說說具體是怎樣應用宏基因組的嗎?
張:宏基因組它實際上包含了環(huán)境中的細菌、真菌、病毒以及其他的微生物的基因組的總和。最開始我們是從糞便或是菌懸液中提取總的 DNA,這個 DNA 它包括各種微生物的 DNA,然后我們采用 16s 建庫的方法,挑單克隆看這個克隆是哪個菌,然后我們逐漸發(fā)展到采用 454 測序方法,因為它的測序讀長比較長,現(xiàn)在我們已經(jīng)采用 Miseq 的二代測序方法來進行,它的讀長比較長,通過拼接可以達到 200bp。
 
 
張:至于為什么選擇熊貓的糞便,當然是因為滾滾的“珍貴”與“特殊”,因此對熊貓的研究很多是采用非損傷的樣品采集,所以糞便和尿液就成了最好的對象。我們一般會定時監(jiān)控大熊貓,一旦發(fā)現(xiàn)它有糞便產(chǎn)生,馬上進行采集,然后盡快送到實驗室處理,用 PBS 清洗了以后放到液氮急凍,再轉(zhuǎn)移到超低溫冰箱,在 -80° 的環(huán)境中長期保存。


 
正如張文平研究員所說的,基于 NGS 技術(shù)的方法已被廣泛地應用于標記基因研究、宏基因組學和宏轉(zhuǎn)錄組學,從不同側(cè)重點和細節(jié)研究微生物群落。為了能夠廣泛且多角度的比較各單體研究,從樣本采集和儲存到樣本制備的 NGS 工作流程的標準化,以及對測序數(shù)據(jù)的深入了解都是非常重要的。
 
有感于此,Eppendorf 推出了基于旗下經(jīng)典的 epMotion 全自動移液工作站為核心的微生物組解決方案,為研究人員提供一個標準化的涵蓋樣本存儲、采集、處理等步驟的測序前處理方案,點擊可查看 Eppendorf 微生物組樣品制備解決方案。


 
通過數(shù)年累積的樣品和科學的分析方法,張文平研究員獲得了這個出色的階段性研究結(jié)果,這份研究成果已發(fā)表在國際知名的期刊 The ISME Journal 上。
 
今后他將繼續(xù)在這個領(lǐng)域進行更深入的研究,如腸道中的哪些菌群對大熊貓的健康是有益的、哪些是有害的,為更科學更合理地喂養(yǎng)大熊貓?zhí)峁├碚撘罁?jù)。
 
這個研究結(jié)果的幕后故事,刊載在電子雜志《Off the Bench》上,想要閱讀全文的 E 粉兒可以戳下方圖片查看
 
▲點圖片閱讀最新 “Off the Bench” 雜志
 
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