理論內(nèi)容:
一、宏基因組學(xué)
1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法
1.1. 測序平臺、引物設(shè)計及區(qū)域選擇不同測序平臺、針對細菌、真菌不同微生物實驗設(shè)計
1.2. 測序量及采樣建議
針對水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境
1.3. 分析流程圖
數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析
1.4. 結(jié)果解析
1.4.1 OTU聚類
1.4.2 物種注釋
1.4.3 物種分布情況
1.4.4 樣品復(fù)雜度分析:α多樣性
Coverage
Chao指數(shù)
ACE指數(shù)
Shannon曲線
Richness rarefaction曲線
1.4.5 多樣品比較分析:β多樣性
樣品間物種豐度熱圖
排序分析:
PCA分析
PCoA分析
NMDS分析
Unifrac分析
樣品聚類分析
2. DSS (direct shotgun sequencing)法
2.1. 分析流程
2.2. 功能注釋分析
2.3. 代謝途徑解析
二、宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)
1 介紹
2 物種組成、功能及代謝途徑分析
宏基因組優(yōu)勢菌分析
1.泛基因組分析
2.宏基因組中的優(yōu)勢菌株單基因組分析
上機實習(xí):
一、宏基因組中的優(yōu)勢菌株單基因組常規(guī)分析流程
1.原始數(shù)據(jù)評估 (fastqc)
2 基因組拼接、畫圖(CGview等)
3 功能注釋 (KEGG、CARD、Resfinder等)
4 進化樹分析 (MEGA、evolview)
5 多菌株泛基因組分析 (PanGP)
二、宏基因組學(xué)(16S部分)介紹以及上機操作
1.Virtual box 及Qiime2 安裝
2.Linux基礎(chǔ)知識介紹
3.Qiime2:
數(shù)據(jù)處理,
質(zhì)控,
生成feature,
進化樹構(gòu)建,
多樣性分析,
差異分析,
物種注釋
三、R語言基礎(chǔ)及宏基因組相關(guān)統(tǒng)計分析
1.常用基本命令
變量賦值
文件讀寫
常用的統(tǒng)計函數(shù)
2.差異OTU及差異菌群分析
wilcox檢驗
3.相關(guān)性檢驗
差異OTU與樣本臨床信息相關(guān)性檢驗
4.alpha多樣性
5.beta多樣性
6.PCoA
7.機器學(xué)習(xí)
邏輯回歸
隨機森林
svm
五、報名辦法及費用:
每人¥3900元(含報名費、培訓(xùn)費、資料費、證書費)
團隊報名:4+1優(yōu)惠。(5位其中1位免除費用)
食宿可統(tǒng)一安排,費用自理。各單位人員報名參加,報名回執(zhí)表請回傳至?xí)⻊?wù)處即可。
如單位有內(nèi)訓(xùn)需求,請將內(nèi)訓(xùn)方案傳至?xí)⻊?wù)組,根據(jù)單位需求安排相應(yīng)專家進行授課
六、頒發(fā)證書:
參加本次培訓(xùn)通過考試審核可獲得《生物信息工程師》結(jié)業(yè)證書。報道時攜帶兩張藍底1寸照片,一張身份證復(fù)印件
交給現(xiàn)場會務(wù)老師。 |