微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班(貴州)通知
瀏覽次數(shù):6609 發(fā)布日期:2018-11-26
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“微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班”的通知
各有關(guān)單位:
微生物作為地球環(huán)境中的一大類生物群體,每種微生物都有其獨特的功能。微生物學(xué)(microbiology)作為生物學(xué)的分支學(xué)科之一,在許多學(xué)科領(lǐng)域都發(fā)揮著舉足輕重的作用。作為國內(nèi)最大的綜合性微生物學(xué)研究機構(gòu),為推動我國微生物學(xué)的發(fā)展,提高從業(yè)人員的技術(shù)水平,更好地與微生物研究領(lǐng)域的專家學(xué)者們分享、交流在微生物研究領(lǐng)域中的心得、經(jīng)驗。應(yīng)廣大行業(yè)工作者的要求,由中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司舉辦“生物信息學(xué)最新技術(shù)-微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班。培訓(xùn)班采用理論和演示相結(jié)合的教學(xué)形式,使學(xué)員在短時間內(nèi)對微生物研究中涉及的知識和方法得到進(jìn)一步地提高,同時學(xué)員與授課專家進(jìn)行現(xiàn)場交流與咨詢,探討學(xué)員在平時工作、研究中的瓶頸問題。與同行交流以拓寬自己的研究思路,共同探討和挖掘微生物資源的科學(xué)研究價值和應(yīng)用前景。具體事宜通知如下:
一、 授課模式:
1. 上機操作為主,理論為輔;
2. 學(xué)員與授課老師互動性授課;
3. 解決學(xué)員在授課當(dāng)中的疑難問題;
4. 幫助學(xué)員開拓在課題工作中實驗設(shè)計思路及解決相關(guān)問題;
5. 配合研究中所需的要點,圍繞實際研究中常用的軟件展開;
二、授課專家
主講專家來自中科院基因組所胡松年主任,擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗,長期從事生物信息領(lǐng)域項目研究,具有資深的技術(shù)底蘊和專業(yè)背景。
三、時間地點:2019年1月10日——1月13日 貴州醫(yī)科大學(xué)(時間安排:第1天報到,授課3天)
四、培訓(xùn)內(nèi)容:
理論內(nèi)容:
一、宏基因組學(xué)
1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法
1.1. 測序平臺、引物設(shè)計及區(qū)域選擇不同測序平臺、針對細(xì)菌、真菌不同微生物實驗設(shè)計
1.2. 測序量及采樣建議
針對水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境
1.3. 分析流程圖
數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析
1.4. 結(jié)果解析
1.4.1 OTU聚類
1.4.2 物種注釋
1.4.3 物種分布情況
1.4.4 樣品復(fù)雜度分析:α多樣性
Coverage
Chao指數(shù)
ACE指數(shù)
Shannon曲線
Richness rarefaction曲線
1.4.5 多樣品比較分析:β多樣性
樣品間物種豐度熱圖
排序分析:
PCA分析
PCoA分析
NMDS分析
Unifrac分析
樣品聚類分析
2. DSS (direct shotgun sequencing)法
2.1. 分析流程
2.2. 功能注釋分析
2.3. 代謝途徑解析
二、宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)
1 介紹
2 物種組成、功能及代謝途徑分析
宏基因組優(yōu)勢菌分析
1.泛基因組分析
2.宏基因組中的優(yōu)勢菌株單基因組分析
上機實習(xí):
一、宏基因組中的優(yōu)勢菌株單基因組常規(guī)分析流程
1.原始數(shù)據(jù)評估 (fastqc)
2 基因組拼接、畫圖(CGview等)
3 功能注釋 (KEGG、CARD、Resfinder等)
4 進(jìn)化樹分析 (MEGA、evolview)
5 多菌株泛基因組分析 (PanGP)
二、宏基因組學(xué)(16S部分)介紹以及上機操作
1.Virtual box 及Qiime2 安裝
2.Linux基礎(chǔ)知識介紹
3.Qiime2:
數(shù)據(jù)處理,
質(zhì)控,
生成feature,
進(jìn)化樹構(gòu)建,
多樣性分析,
差異分析,
物種注釋
三、R語言基礎(chǔ)及宏基因組相關(guān)統(tǒng)計分析
1.常用基本命令
變量賦值
文件讀寫
常用的統(tǒng)計函數(shù)
2.差異OTU及差異菌群分析
wilcox檢驗
3.相關(guān)性檢驗
差異OTU與樣本臨床信息相關(guān)性檢驗
4.alpha多樣性
5.beta多樣性
6.PCoA
7.機器學(xué)習(xí)
邏輯回歸
隨機森林
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五、報名辦法及費用:
每人¥3900元(含報名費、培訓(xùn)費、資料費、證書費
)
報名優(yōu)惠:12月16日之前成功報名匯款享受報名費95折優(yōu)惠。
團隊報名:4+1優(yōu)惠。(5位其中1位免除費用)
食宿可統(tǒng)一安排,費用自理。各單位人員報名參加,報名回執(zhí)表請回傳至?xí)⻊?wù)處即可。
如單位有內(nèi)訓(xùn)需求,請將內(nèi)訓(xùn)方案傳至?xí)⻊?wù)組,根據(jù)單位需求安排相應(yīng)專家進(jìn)行授課
六、頒發(fā)證書:
參加本次培訓(xùn)通過考試審核可獲得《生物信息工程師》結(jié)業(yè)證書。報道時攜帶兩張藍(lán)底1寸照片,一張身份證復(fù)印件交給現(xiàn)場會務(wù)老師。
七、聯(lián)系方式:
聯(lián)系電話/傳真: 010-5947 9271
聯(lián)系人:楊俊輝 177 4456 9660
中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司
二零一八年十一月二十日