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高通量測序應(yīng)用最新技術(shù)與數(shù)據(jù)分析高級培訓(xùn)班通知

瀏覽次數(shù):3863 發(fā)布日期:2018-10-29  來源:本站 本站原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請注明出處
                             關(guān)于舉辦“高通量測序應(yīng)用最新技術(shù)與數(shù)據(jù)分析”高級培訓(xùn)班通知
 
各有關(guān)單位:
隨著新一代高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展,在準確度大大提高的前提下, 進一步降低測序成本。由此不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學(xué)數(shù)據(jù),這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復(fù)雜的特點,以至于不利用計算機根本無法實現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲和分析。隨著生物信息學(xué)作為新興學(xué)科迅速蓬勃發(fā)展,正在改變?nèi)藗冄芯可镝t(yī)學(xué)的傳統(tǒng)方式,高通量測序技術(shù)以及數(shù)據(jù)分析技術(shù)已成為探索生物學(xué)底層機制和研究人類復(fù)雜疾病診斷、治療及預(yù)后的重要工具,廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)各個領(lǐng)域,是21世紀生命科學(xué)與生物技術(shù)的重要戰(zhàn)略前沿和主要突破口。為進一步推動我國生物信息學(xué)特別是基因組學(xué)的發(fā)展,提高從業(yè)人員的技術(shù)水平。由中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司具體承辦,具體事宜通知如下:
 
一、培訓(xùn)目標及特點:
本培訓(xùn)以第三代測序、第四代測序技術(shù)的應(yīng)用與數(shù)據(jù)分析、基因組、轉(zhuǎn)錄組為主題,精心設(shè)計了具有前沿性、實用性和針對性強的理論課程和上機課程。培訓(xùn)邀請的主講人均是有理論和實際研究經(jīng)驗的人員。學(xué)員通過與專家直接交流,能夠分享到這些頂尖學(xué)術(shù)機構(gòu)的研究經(jīng)驗和實驗設(shè)計思路。學(xué)員通過集中專題學(xué)習(xí)后能夠擴展思路,在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。
二、培訓(xùn)對象:
大中專院校生物信息、生物計算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計算機科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員;科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員;生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。
三、時間地點:          
2018年11月22日——11月26日 湖北武漢(時間安排:第1天報到,授課4天)
培訓(xùn)內(nèi)容 
    章節(jié)
   內(nèi)
生物信息學(xué)介紹
生物信息學(xué)介紹與前沿技術(shù)動態(tài)
序列的比對
1、全局比對  Clustalw,Muscle,Hmmer
2、局部比對  Blast, Sim4,Genewise
3、序列比對算法分析
 
 
基因組/基因注釋分析
1、新一代測序技術(shù)原理和數(shù)據(jù)處理介紹
2、基因組拼接與組裝
基因組de novo組裝方法
重復(fù)序列分析技術(shù)
3、 RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA
RNA干擾,SiRNA預(yù)測技術(shù)
4
、基因預(yù)測
原核:Glimmer,真核:Genescan, Augustus
5
、 基因功能注釋及常用的數(shù)據(jù)庫介紹
宏基因組
1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING
1.2. 分析流程圖  數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析
1.3. 結(jié)果解析
1.4. OTU聚類  1.4.2 物種注釋
1.5 物種分布情況   樣品復(fù)雜度分析:α多樣性
Coverage  Chao指數(shù)
ACE指數(shù)   Shannon曲線   Richness rarefaction曲線
 
DNA測序技術(shù)-轉(zhuǎn)錄組分析的進化
1、第一代測序技術(shù):Sanger測序原理
2、第二代測序技術(shù):Illumina,454, Ion Torrent原理
3、第三代測序技術(shù):PacBio, Hellicos原理
4、第四代測序技術(shù):   Oxford NanoPore原理
5、其他技術(shù)Hybridization based methods (NabSys)
Experimental   procedure for transcriptomic analysis
Introduction
Number of duplications
Sequencing coverage
Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)
Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)
IsoSeq Experimental design
Data analysis  (part 1):data pre-processing
 
evaluation of data quality 數(shù)據(jù)分析
Data format,fasta,fastq,quality value,gff3 Data cleanup
Quality filter, trimmer, clipper
 
Data analysis (part 2):reference free analyses(無參轉(zhuǎn)錄組分析)
Gene discovery
Trinity de novo transcriptome assembly
Analysis of Differential Expressed Gene (DEGs
Abundance estimation using RSEM
Differential expression analysis using EdgeR
Explore the results (cummerbund)
MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)
hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.
 
使用R語言進行生物信息學(xué)相關(guān)的分析
使用R語言相關(guān)的包對轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)的高通量測序數(shù)據(jù)進行差異表達、富集分析等。
生物信息學(xué)專業(yè)圖KEGG、GO等的繪制方法與運用R語言進行實現(xiàn)
基因組可視化軟件circos的使用
 
使用circos繪制基因組圈圖
生物信息學(xué)專業(yè)常用工具及繪圖方法
應(yīng)用生物信息常用的工具進行專業(yè)繪圖及格式轉(zhuǎn)換;
學(xué)BioEdit、WeGO等常用生物學(xué)專業(yè)軟件的圖表及格式轉(zhuǎn)換
五、主講專家:
主講專家來自中科院等科研機構(gòu)的高級專家,擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗,長期從事生物信息領(lǐng)域項目研究,具有資深的技術(shù)底蘊和專業(yè)背景。
六、報名辦法及費用: 
每人¥4300元(含報名費、培訓(xùn)費、資料費)
報名優(yōu)惠:11月9日之前成功報名匯款享受報名費95折優(yōu)惠。
團隊報名:4+1優(yōu)惠。(5位其中1位免除費用)
食宿可統(tǒng)一安排,費用自理。請各有關(guān)部門統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報名參加培訓(xùn),各單位也可直接報名參加,報名回執(zhí)表請回傳至?xí)⻊?wù)處。
七、 聯(lián)系方式:
聯(lián)系電話/傳真:010-59479271   17744569660     聯(lián)系人:楊老師
報名郵箱:zkcc_BIS@vip.163.com
                                       中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司
                                                  二零一八年十月二十號  
參考附件:報名回執(zhí)表.doc          

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