高通量測序應(yīng)用最新技術(shù)與數(shù)據(jù)分析高級培訓(xùn)班通知
關(guān)于舉辦“高通量測序應(yīng)用最新技術(shù)與數(shù)據(jù)分析”高級培訓(xùn)班通知
2017年南寧基因組高通量測序分析及生物信息繪圖上機(jī)實(shí)操班
各有關(guān)單位:
隨著新一代高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展，在準(zhǔn)確度大大提高的前提下, 進(jìn)一步降低測序成本。由此不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復(fù)雜的特點(diǎn)，以至于不利用計(jì)算機(jī)根本無法實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲和分析。隨著生物信息學(xué)作為新興學(xué)科迅速蓬勃發(fā)展，正在改變?nèi)藗冄芯可镝t(yī)學(xué)的傳統(tǒng)方式，高通量測序技術(shù)以及數(shù)據(jù)分析技術(shù)已成為探索生物學(xué)底層機(jī)制和研究人類復(fù)雜疾病診斷、治療及預(yù)后的重要工具，廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)各個領(lǐng)域，是21世紀(jì)生命科學(xué)與生物技術(shù)的重要戰(zhàn)略前沿和主要突破口。“智能信息處理技術(shù)”為人力資源與社會保障部中國科學(xué)院北京分院國家級專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地培訓(xùn)點(diǎn)培訓(xùn)項(xiàng)目，“生物信息”為智能信息處理技術(shù)系列培訓(xùn)項(xiàng)目之一。為進(jìn)一步推動我國生物信息學(xué)特別是基因組學(xué)的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，北京海淀中科計(jì)算技術(shù)轉(zhuǎn)移中心（中科院計(jì)算所技術(shù)轉(zhuǎn)移中心）舉辦“高通量測序應(yīng)用最新技術(shù)與數(shù)據(jù)分析”高級培訓(xùn)班，并由北京嘉誠永恒科技有限公司具體承辦，具體事宜通知如下：
一、培訓(xùn)目標(biāo)及特點(diǎn)：
本培訓(xùn)以第三代測序、第四代測序技術(shù)的應(yīng)用與數(shù)據(jù)分析、基因組、轉(zhuǎn)錄組為主題，精心設(shè)計(jì)了具有前沿性、實(shí)用性和針對性強(qiáng)的理論課程和上機(jī)課程。培訓(xùn)邀請的主講人均是有理論和實(shí)際研究經(jīng)驗(yàn)的人員。學(xué)員通過與專家直接交流，能夠分享到這些頂尖學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)的研究經(jīng)驗(yàn)和實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)思路。學(xué)員通過集中專題學(xué)習(xí)后能夠擴(kuò)展思路，在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。
二、培訓(xùn)對象：
大中專院校生物信息、生物計(jì)算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員；科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員；生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。
三、時間地點(diǎn)：2017年1月12日——1月16日 南寧 （時間安排：第1天報到，授課4天）
四、培訓(xùn)內(nèi)容
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章節(jié) |
內(nèi) 容 |
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生物信息學(xué)介紹 |
生物信息學(xué)介紹與前沿技術(shù)動態(tài) |
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序列的比對 |
1、全局比對 Clustalw,Muscle,Hmmer
2、局部比對 Blast, Sim4,Genewise
3、序列比對算法分析 |
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基因組/基因注釋分析 |
1、新一代測序技術(shù)原理和數(shù)據(jù)處理介紹
2、基因組拼接與組裝
基因組de novo組裝方法
重復(fù)序列分析技術(shù)
3、 RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA RNA干擾，SiRNA預(yù)測技術(shù) 4、基因預(yù)測 原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus 5、 基因功能注釋及常用的數(shù)據(jù)庫介紹 |
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基因組學(xué)研究概述
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1、structural genomics: 結(jié)構(gòu)基因組學(xué)
2、functional genomics: 功能基因組學(xué)
3、Drug discovery: 藥物研發(fā)
4、Personalized medicine：個性化、精細(xì)醫(yī)療
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DNA測序技術(shù)-轉(zhuǎn)錄組分析的進(jìn)化 |
1、第一代測序技術(shù)：Sanger測序原理
2、第二代測序技術(shù)：Illumina，454, Ion Torrent原理
3、第三代測序技術(shù)：PacBio, Hellicos原理
4、第四代測序技術(shù): Oxford NanoPore原理
5、其他技術(shù)Hybridization based methods (NabSys) |
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Experimental procedure for transcriptomic analysis |
Introduction
Number of duplications
Sequencing coverage
Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)
Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)
IsoSeq Experimental design |
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Data analysis （part 1）：data pre-processing
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evaluation of data quality 數(shù)據(jù)分析
Data format，fasta，fastq，quality value，gff3 Data cleanup
Quality filter, trimmer, clipper
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Data analysis （part 2）：reference free analyses（無參轉(zhuǎn)錄組分析） |
Gene discovery
Trinity de novo transcriptome assembly
Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs）
Abundance estimation using RSEM
Differential expression analysis using EdgeR
Explore the results (cummerbund)
MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)
hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.
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使用R語言進(jìn)行生物信息學(xué)相關(guān)的分析 |
使用R語言相關(guān)的包對轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)的高通量測序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異表達(dá)、富集分析等。
生物信息學(xué)專業(yè)圖KEGG、GO等的繪制方法與運(yùn)用R語言進(jìn)行實(shí)現(xiàn) |
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基因組可視化軟件circos的使用 |
使用circos繪制基因組圈圖 |
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生物信息學(xué)專業(yè)常用工具及繪圖方法 |
應(yīng)用生物信息常用的工具進(jìn)行專業(yè)繪圖及格式轉(zhuǎn)換；
學(xué)BioEdit、WeGO等常用生物學(xué)專業(yè)軟件的圖表及格式轉(zhuǎn)換 |
五、主講專家：
主講專家來自中科院等科研機(jī)構(gòu)的高級專家，擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗(yàn)，長期從事生物信息領(lǐng)域項(xiàng)目研究，具有資深的技術(shù)底蘊(yùn)和專業(yè)背景。
六、頒發(fā)證書：
學(xué)員經(jīng)培訓(xùn)考試合格后可以獲得：
1．由人力資源與社會保障部中國科學(xué)院北京分院國家級專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地頒發(fā)專業(yè)技術(shù)人員高級研修項(xiàng)目證書。該證書可作為專業(yè)技術(shù)人員考核、職稱評聘、崗位聘任、職業(yè)注冊的重要依據(jù)。
2．由北京海淀中科計(jì)算技術(shù)轉(zhuǎn)移中心頒發(fā)的《高通量測序應(yīng)用最新技術(shù)與數(shù)據(jù)分析》培訓(xùn)證書。
注：請學(xué)員將電子版照片1張（背注明姓名）發(fā)送指定郵箱、身份證復(fù)印件一張。
七、報名辦法及費(fèi)用：
每人￥4300元（含報名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)），住宿可統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理。請各有關(guān)部門統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報名參加培訓(xùn)，各單位也可直接報名參加，報名回執(zhí)表請傳真至?xí)⻊?wù)處。
八、 聯(lián)系方式：
聯(lián)系方式：張琦 聯(lián)系電話：17310133545
聯(lián)系郵箱：hdzkyjsjs@163.com 聯(lián)系QQ：1206492125（請備注南寧培訓(xùn)）
聯(lián)系郵箱：hdzkyjsjs@163.com 聯(lián)系QQ：1206492125（請備注南寧培訓(xùn)）
中國科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所 北京海淀中科計(jì)算技術(shù)轉(zhuǎn)移中心 北京嘉誠永恒科技有限公司
二零一六年十二月十一日
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