基因組高通量測序與數(shù)據(jù)挖掘高級培訓(xùn)班（成都）通知

瀏覽次數(shù)：4148　發(fā)布日期：2016-8-2　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

關(guān)于舉辦“基因組高通量測序與數(shù)據(jù)挖掘”高級培訓(xùn)班的通知

各有關(guān)單位:

隨著新一代高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展，在準(zhǔn)確度大大提高的前提下, 進(jìn)一步降低測序成本。由此不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復(fù)雜，以至于不利用計(jì)算機(jī)根本無法實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲(chǔ)和分析。隨著基因組學(xué)的發(fā)展，利用高通量測序等技術(shù)，全球生物研究機(jī)構(gòu)建立了眾多基因信息數(shù)據(jù)庫，如描述人類基因組中所編碼的全部功能性序列元件的ENCODE項(xiàng)目（DNA元件百科全書）、全球最大的癌癥基因信息數(shù)據(jù)庫TCGA等。這些數(shù)據(jù)庫包含了海量的基因信息數(shù)據(jù)，為了對這些海量數(shù)據(jù)進(jìn)行有效的分析和深入的研究，人們結(jié)合了計(jì)算機(jī)科學(xué)技術(shù)開發(fā)了多種生物數(shù)據(jù)挖掘工具，獲得了很多新的成果。生物數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)已經(jīng)成為當(dāng)前生物信息領(lǐng)域的重要突破口�！爸悄苄畔⑻幚砑夹g(shù)”為人力資源與社會(huì)保障部中國科學(xué)院北京分院國家級專業(yè)技術(shù)人員繼續(xù)教育基地培訓(xùn)點(diǎn)培訓(xùn)項(xiàng)目，“生物信息”為智能信息處理技術(shù)系列培訓(xùn)項(xiàng)目之一。為進(jìn)一步推動(dòng)我國生物信息學(xué)特別是生物數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，北京海淀中科計(jì)算技術(shù)轉(zhuǎn)移中心（中科院計(jì)算所技術(shù)轉(zhuǎn)移中心）舉辦“生物信息學(xué)最新技術(shù)”暨“基因組高通量測序與數(shù)據(jù)挖掘”高級培訓(xùn)班，并由北京嘉誠永恒科技有限公司具體承辦，具體事宜通知如下：

一、培訓(xùn)目標(biāo)及特點(diǎn)：

本培訓(xùn)邀請的主講人均是有理論和實(shí)際研究經(jīng)驗(yàn)的人員。學(xué)員通過與專家直接交流，能夠分享到這些頂尖學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)的研究經(jīng)驗(yàn)和實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的思路。學(xué)員通過集中專題學(xué)習(xí)后能夠擴(kuò)展思路，在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。

二、培訓(xùn)對象：

大中專院校生物信息、生物計(jì)算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員；科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員；生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。

三、時(shí)間地點(diǎn)：

2016年8月20日——8月24日成都

（時(shí)間安排：第1天報(bào)到，授課4天）

四、培訓(xùn)內(nèi)容

基因組學(xué)的進(jìn)展及應(yīng)用	DNA測序技術(shù)-轉(zhuǎn)錄組分析的進(jìn)化第一代測序技術(shù)：Sanger測序原理第二代測序技術(shù)：Illumina，454, Ion Torrent原理第三代測序技術(shù)：PacBio, Hellicos原理第四代測序技術(shù): Oxford NanoPore原理其他技術(shù)Hybridization based methods (NabSys) 生物信息學(xué)基本技能：基于virtual box的linux虛擬機(jī)的安裝及使用（實(shí)驗(yàn)）云服務(wù)器登陸及文件傳輸（實(shí)驗(yàn)）常用LINUX命令（實(shí)驗(yàn)）簡單shell腳本的編寫（實(shí)驗(yàn)）
高通量測序應(yīng)用	基因組測序和組裝第二代測序技術(shù)應(yīng)用 ChIRP-Seq, GRO-Seq, Ribo-Seq)/ARTseq, RIP-Seq, HITS-CLIP, CLIP-Seq, PAR-CLIP, iCLIP, NET-Seq, TRAP-Seq, CLASH-Seq, PARE-Seq, GMUCT, TIF-Seq, PEAT等方法的原理解析第三代測序的應(yīng)用植物、動(dòng)物全基因組測序研究實(shí)例
轉(zhuǎn)錄組分析	Experimental procedure for transcriptomic analysis Introduction Number of duplications, Sequencing coverage Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq) Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq) IsoSeq Experimental design Data analysis （part 1）：data pre-processing evaluation of data quality 數(shù)據(jù)分析 Data format，fasta，fastq，quality value，gff3 Data cleanup Quality filter, trimmer, clipper Data analysis （part 2）：reference free analyses，無參轉(zhuǎn)錄組分析 Gene discovery Trinity de novo transcriptome assembly Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs） Abundance estimation using RSEM Differential expression analysis using EdgeR Explore the results (cummerbund) MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR) hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance,gene expression profiles. Data analysis （part 3）：reference based analyses，有參轉(zhuǎn)錄組分析 Gene discovery Mapping reads to the reference (tophat) Assemble mapped reads (cufflinks) Merge sample-specific assemblies (cuffmerge) Analysis of Differentially Expressed Gene （DEGs） Identify DEGs (cuffdiff) Explore the results (cummerbund) Data analysis （part 4）：from gene list to gene function，基因功能注釋 File format for annotation information: GFF3 Annotation Enrichment analysis using DAVID
表觀基因組數(shù)據(jù)	數(shù)據(jù)的產(chǎn)生、處理與分析 ChIP-Seq與DNA甲基化測序主要分析方法和原理 -數(shù)據(jù)質(zhì)量檢查和質(zhì)量控制 -數(shù)據(jù)前處理 Peak calling算法介紹 DNA Accessibility解析 3D Chromatin Structure解析 UCSC Genome Browser工具介紹與應(yīng)用
ENCODE項(xiàng)目	ENCODE項(xiàng)目背景、目標(biāo)、實(shí)驗(yàn)種類介紹數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)倉庫的概況工具介紹: ChromHMM, Segway, chromImpute等. 數(shù)據(jù)資源: regulomeDB, HaploReg等. 其他應(yīng)用與項(xiàng)目如Epigenome Roadmap等
TCGA項(xiàng)目及其他	TCGA項(xiàng)目背景、目標(biāo)、實(shí)驗(yàn)種類介紹數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)倉庫的概況臨床數(shù)據(jù)介紹 SNV, CNV等識(shí)別多維基因組數(shù)據(jù)分析 cBioPortal工具的介紹與應(yīng)用 CCLE、CGP項(xiàng)目的介紹與應(yīng)用

五、主講專家：

主講專家來自中科院等科研機(jī)構(gòu)的高級專家，擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗(yàn)，長期從事生物信息領(lǐng)域項(xiàng)目研究，具有資深的技術(shù)底蘊(yùn)和專業(yè)背景。

六、頒發(fā)證書：學(xué)員經(jīng)培訓(xùn)考試合格后可以獲得：

1．由人力資源和社會(huì)保障部中國高級公務(wù)員培訓(xùn)中心、全國信息化計(jì)算機(jī)技術(shù)水平教育培訓(xùn)管理中心頒發(fā)的《生物信息工程師技術(shù)水平教育培訓(xùn)》證書，證書可在人保部中國國家人事人才培訓(xùn)網(wǎng)查（http://www.chinanet.gov.cn），可作為能力評價(jià)、考核和任職的重要依據(jù)。

2．由北京海淀中科計(jì)算技術(shù)轉(zhuǎn)移中心頒發(fā)的《生物信息工程師》培訓(xùn)證書。

注：請學(xué)員帶兩寸（藍(lán)底）彩照2張（背面注明姓名）、身份證復(fù)印件一張。

七、報(bào)名辦法及費(fèi)用：

每人￥4300元（含報(bào)名費(fèi)、培訓(xùn)費(fèi)、資料費(fèi)、考試費(fèi)、證書相關(guān)費(fèi)用）食宿統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理。請各有關(guān)部門統(tǒng)一組織本地區(qū)行政、企事業(yè)單位報(bào)名參加培訓(xùn)，各單位也可直接報(bào)名參加，報(bào)名回執(zhí)表請傳真至?xí)⻊?wù)處。

八、聯(lián)系方式：

聯(lián)系人：張琦 17310133545

聯(lián)系電話/傳真：17310133545 010-58032566

郵箱：zkyjsjs@163.com

監(jiān)督電話：010-82629244

監(jiān)督郵箱：ec-ttc@ict.ac.cn

官方網(wǎng)址： http://ec.ict-ttc.com

中國科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所北京海淀中科計(jì)算技術(shù)轉(zhuǎn)移中心北京嘉誠永恒科技有限公司
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附件：報(bào)名回執(zhí)表.doc