培訓班介紹

隨著我國精準醫(yī)療計劃的全面啟動，包括腫瘤、心腦血管、代謝性疾病、免疫性疾病及罕見病等多種高發(fā)重大疾病被列入精準醫(yī)學的研究范疇，通過對基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組及代謝組等多組學數(shù)據(jù)的深度整合和深度挖掘，并結(jié)合多種臨床數(shù)據(jù)，希望實現(xiàn)精準的疾病分類和診斷，制定具有個性化的疾病預防和診療方案。在邁向精準醫(yī)療的道路上，蛋白質(zhì)組學扮演了重要的角色：它是基因組的表型，更接近生命活動的當下狀態(tài)，更合適作為一個動態(tài)的生化指標，更直接地判斷疾病的發(fā)生和發(fā)展！隨著腫瘤研究領(lǐng)域基因組與蛋白質(zhì)組的深度對接，蛋白質(zhì)組的臨床轉(zhuǎn)化之路在摸索中發(fā)展，在發(fā)展中加速！而高通量質(zhì)譜實驗技術(shù)及數(shù)據(jù)分析方法的不斷成熟與更新，進一步激發(fā)了蛋白質(zhì)組學在精準醫(yī)學領(lǐng)域的發(fā)力和突破！

為了更好地交流分享基于蛋白質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學在精準醫(yī)學領(lǐng)域的最新實驗技術(shù)、數(shù)據(jù)分析方法，以及具有代表性的應用實例，賽默飛世爾科技與上�？店攀⒐�司以及克里克學院合作推出了本次培訓班，于2016年7月9日-10日、16日-17日、30日-31日，分別于上海、北京和廣州舉辦。培訓課程包括基礎(chǔ)課程和應用課程兩個部分，邀請了中國科學院計算技術(shù)研究所蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)算法專家、賽默飛世爾資深應用科學家、康昱盛公司高級應用科學家，為大家講授從樣品制備、質(zhì)譜實驗到數(shù)據(jù)處理、深度分析以及相關(guān)數(shù)據(jù)庫使用的基礎(chǔ)知識，并有幸邀請到分別來自復旦大學醫(yī)學院、上海交通大學醫(yī)學院、北京協(xié)和醫(yī)學院、清華大學生命科學學院、暨南大學生命科學技術(shù)學院的多位專家教授，為大家介紹最前沿的臨床應用，分享他們多年沉淀的寶貴科研經(jīng)驗和令人矚目的科研成果！

本次培訓班面向?qū)Φ鞍踪|(zhì)組學感興趣的醫(yī)學及臨床科研人員，以及參與臨床合作研究的蛋白質(zhì)組學基礎(chǔ)科研人員以及生物信息學研究人員，同時歡迎有志于投身臨床蛋白質(zhì)組學及精準醫(yī)學領(lǐng)域的研究生及本科高年級學生。為滿足廣大同行的培訓需求，同時控制人數(shù)，保證培訓質(zhì)量，本次培訓班計劃在上海、北京及廣州各辦一場，每場時間為兩天，第一天及第二天下午的課程相同，第二天上午應用課程的授課老師和授課內(nèi)容各不相同，請有意報名的學員注意查看每一場課程安排的詳細情況，以便選擇最合適自己的場次。若有任何問題，歡迎通過電話或郵件等方式聯(lián)系組委會工作人員，我們會竭誠為您服務，并熱烈期盼您的參加！

 

王立順 研究員 博導 復旦大學附屬閔行醫(yī)院中心實驗室主任，復旦大學生物醫(yī)學研究院研究員，上�；瘜W生物學E-研究院研究員
2000年在白求恩醫(yī)科大學獲得碩士學位，2003年在吉林大學獲得博士學位。期間，2001年7月-2003年12在中國科學院北京基因組研究所蛋白質(zhì)組學研究中心工作，參與人類重大疾病及動植物的蛋白質(zhì)組學研究，2003年作為研究集體主要完成者之一獲得2003年度中國科學院杰出科技成就獎。2004年3月作為重要學術(shù)骨干加盟上海交通大學附屬瑞金醫(yī)院，參與蛋白質(zhì)組學平臺建設，開展疾病蛋白質(zhì)組學研究；2007年獲得上海市醫(yī)學科技一等獎；2008年入選上海市科技啟明星；2010年被上海交通大學醫(yī)學院聘為研究員。2015年作為蛋白質(zhì)組學領(lǐng)域?qū)W術(shù)帶頭人，加盟復旦大學，擔任復旦大學附屬閔行醫(yī)院中心實驗室主任，復旦大學生物醫(yī)學院研究院研究員。研究方向：藥物蛋白質(zhì)組學和化學蛋白質(zhì)組學。 

王通 研究員 博導 暨南大學生命科學技術(shù)學院
1993-1997年，于廈門大學生物系獲理學學士學位；1997-2000年，于華南農(nóng)業(yè)大學植物學專業(yè)獲理學碩士學位;2001-2004年，于暨南大學生物醫(yī)學工程專業(yè)獲理學博士學位。2004-2006年，于暨南大學生命科學院任助理研究員，研究方向免疫細胞凋亡和線粒體毒性。2008-2009 美國University of Washington School of Medicine，Senior Fellow；2006-2008 美國University of Nebraska Medical Center，博士后；2004-2014 暨南大學生命科學技術(shù)學院/生命與健康工程研究院助理研究員，副研究員；2014-至今 暨南大學生命科學技術(shù)學院/生命與健康工程研究院，研究員。研究方向 ：感染、炎癥與癌癥；分子系統(tǒng)生物學。

 

庫鑫 博士 助理研究員 上海交通大學系統(tǒng)生物醫(yī)學研究院
2007年畢業(yè)于華中科技大學同濟醫(yī)學院，獲學士學位。同年9月被保送至中科院上海藥物研究所并于2010年取得碩士學位。2010年10月至2014年6月在德國慕尼黑工業(yè)大學（Technische Universität München）生物分析與蛋白質(zhì)組學研究所（Prof. Bernhard Kuster）攻讀博士學位，專業(yè)方向為基于串聯(lián)質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學在腫瘤藥物研究中的應用。庫鑫在博士期間發(fā)展了基于定量質(zhì)譜的化學蛋白組學方法用于近生理條件下激酶小分子藥物脫靶效應的研究，相關(guān)結(jié)果發(fā)表于J Prot Res, J Prot等雜志上�，F(xiàn)任職于上海交通大學系統(tǒng)生物醫(yī)學研究院，研究方向：腫瘤相關(guān)生物標志物的發(fā)現(xiàn)和蛋白質(zhì)糖基化修飾的研究。

 

劉超 助理研究員 博士 中國科學院計算技術(shù)研究所
自2007年起，劉超博士在中科院計算所pFind團隊從事蛋白質(zhì)組學相關(guān)的算法設計、軟件開發(fā)和數(shù)據(jù)解析研究，主攻方向為定量蛋白質(zhì)組學，開發(fā)了蛋白質(zhì)定量數(shù)據(jù)分析軟件pQuant。2015年，國際科研權(quán)威機構(gòu)ABRF組織了蛋白質(zhì)組學非標記定量數(shù)據(jù)分析評測（iPRG2015），在全球51組參評結(jié)果中，劉超博士提交的分析結(jié)果不但蛋白質(zhì)定量數(shù)目最多，而且報告差異蛋白質(zhì)的定量準確度第一。劉超博士曾參與了多項973、863等科研項目，并曾與美國John Yates教授實驗室等國內(nèi)外實驗室合作發(fā)表多篇論文。

 

蔣好 博士 賽默飛世爾科技質(zhì)譜應用工程師
2009年畢業(yè)于復旦大學應用化學專業(yè)，獲理學學士學位。同年保送至中國科學院大連化學物理研究所攻讀博士學位，師從張玉奎院士和張麗華研究員，2016年獲得分析化學理學博士學位。主要開展的工作包括糖基化蛋白質(zhì)組學的研究、集成化樣品預處理分析平臺的構(gòu)建和組蛋白及其翻譯后修飾的分析。熟悉基于生物質(zhì)譜的蛋白組學常用分析、鑒定與定量流程，在液質(zhì)聯(lián)用(LC-MS)技術(shù)的應用方面具有一定的經(jīng)驗。2016年加入賽默飛世爾科技(中國)有限公司。

 

唐家澍 博士賽默飛世爾科技質(zhì)譜應用工程師2006年畢業(yè)于南京大學理科強化部，生物化學專業(yè)，獲得學士學位。2013年畢業(yè)于中科院上海生化所，師從曾嶸研究員，主要從事蛋白質(zhì)組學技術(shù)和應用研究。隨后在中科院上海生科院系統(tǒng)生物學重點實驗室進行了為期兩年的博士后訓練，主要從事系統(tǒng)生物學和基于分子生物學的功能研究。從2016年1月開始，在賽默飛世爾科技色譜質(zhì)譜事業(yè)部擔任應用工程師，主要擅長磷酸化蛋白質(zhì)組學技術(shù)，定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)以及質(zhì)譜數(shù)據(jù)的生物統(tǒng)計學和生物信息學分析。

 

周岳 博士 賽默飛世爾科技質(zhì)譜應用工程師
畢業(yè)于中國科學院生物物理研究所，致力于蛋白質(zhì)組學，生物制藥的應用開發(fā)，技術(shù)支持和科學研究工作。在生物質(zhì)譜蛋白定性分析，翻譯后修飾以及蛋白定量方面有豐富的經(jīng)驗，參與完成多篇高水平文章的質(zhì)譜工作。在賽默飛世爾科技擔任質(zhì)譜應用工程師期間，優(yōu)化了QE系列產(chǎn)品，fusion系列產(chǎn)品在蛋白質(zhì)組學應用中的質(zhì)譜參數(shù)，并在Orbitrap用戶中進行推廣。建立了基于QE, Fusion的DIA數(shù)據(jù)采集以及數(shù)據(jù)分析流程，實現(xiàn)了7500個蛋白的DIA定量分析。

 

沈誠頻 博士 康昱盛信息科技有限公司高級應用科學家
2005年畢業(yè)于復旦大學化學系，獲得理學學士學位；同年保送至復旦大學生物醫(yī)學研究院攻讀博士學位，師從復旦大學生物醫(yī)學研究院常務副院長楊芃原教授，2011年獲得理學博士學位，攻讀博士學位期間，作為訪問學者于2009年-2011年前往美國麻省理工大學生物工程系交流學習。主要開展的工作包括：人肝蛋白質(zhì)組學，蛋白質(zhì)組學信息學，糖蛋白質(zhì)組學。于2011年作為應用科學家加盟康昱盛信息科技有限公司生物信息學部，并于2013年聘為公司高級應用科學家及生物信息學部主管，主要負責蛋白質(zhì)組學及生物通路分析軟件和方法的技術(shù)支持及方案咨詢。

 

課程表	時段	主題	授課老師
第一天	9:00-10:00	臨床蛋白質(zhì)組學樣品前處理	蔣 好 （廣州站）
	10:00-11:00	臨床蛋白質(zhì)組學質(zhì)譜分析一	蔣 好 （廣州站）
	11:00-12:00	臨床蛋白質(zhì)組學質(zhì)譜分析二	蔣 好 （廣州站）
	13:30-14:00	蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)基礎(chǔ)知識	劉超
	14:00-15:00	蛋白質(zhì)定性數(shù)據(jù)解析要點	劉超
	15:00-16:00	蛋白質(zhì)定量數(shù)據(jù)解析要點	劉超
	16:00-17:00	數(shù)據(jù)解析流程及統(tǒng)計分析	劉超
	17:00-17:30	答疑及討論
第二天	9:00-10:30	蛋白質(zhì)組學在生物醫(yī)學中的應用研究策略	王通（廣州站）
	10:30-12:00	腫瘤微環(huán)境的蛋白質(zhì)組學研究	田瑞軍（廣州站）
	13:30-15:00	蛋白質(zhì)組學與其它組學數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析	沈誠頻
	15:00-16:00	蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)的深度注釋	沈誠頻
	16:00-17:00	基于蛋白質(zhì)組學的生物通路分析	沈誠頻
	17:00-17:30	答疑及討論

 

 

8:00 – 9:00      注冊

9:00 – 9:15     開班儀式

9:15 – 10:00    臨床蛋白質(zhì)組學樣品前處理

                 —臨床細胞、組織樣本前處理

                 —臨床體液樣本前處理（血漿、尿液等）

                 —臨床小量樣本前處理（LCM等）

                 —蛋白質(zhì)復合物免疫沉淀

                 —蛋白質(zhì)酶解、除鹽、分級等

                 —修飾肽段富集（磷酸化、糖基化等）

                 —蛋白質(zhì)組學定量方法

10:00 – 10:45   臨床蛋白質(zhì)組學質(zhì)譜分析一

                 —蛋白質(zhì)質(zhì)譜分析基礎(chǔ)

                 —Oribtrap質(zhì)譜技術(shù)簡介

                 —未知蛋白質(zhì)與后修飾鑒定

10:45 – 11:00      茶歇

11:00 – 12:00   臨床蛋白質(zhì)組學質(zhì)譜分析二

                 —表達差異比較與標記物發(fā)現(xiàn)

                 —樣本數(shù)字化與標志物驗證

                 —目標蛋白定量與臨床檢測

12:00 – 13:30      午餐及午休

13:30 – 14:15   蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)基礎(chǔ)知識

                 —蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)類型及格式

                 —蛋白質(zhì)質(zhì)譜譜圖原理及介紹

                 —蛋白質(zhì)質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集策略介紹

14:15 – 15:15   蛋白質(zhì)定性數(shù)據(jù)解析要點

                 —肽譜匹配基本原理 

                 —搜庫參數(shù)設置優(yōu)化 

                 —譜圖信息的深度解析

15:15 – 15:30      茶歇

15:30 – 16:15   蛋白質(zhì)定量數(shù)據(jù)解析要點

                 —定量技術(shù)介紹  

                 —定量算法及軟件介紹  

                 —精確定量面臨的挑戰(zhàn)

16:15 – 17:00   數(shù)據(jù)解析流程及統(tǒng)計分析 

                 —肽段到蛋白質(zhì)的歸并

                 —顯著性計算及差異表達蛋白質(zhì)

                 —論文中常見的統(tǒng)計描述錯誤及更正方法

17:00 – 17:30      答疑

 

9:00 – 10:20       專題報告：

                    蛋白質(zhì)組學在生物醫(yī)學中的應用研究策略（廣州站）

10:20 – 10:40      茶歇

10:40 – 12:00      專題報告：

                    腫瘤微環(huán)境的蛋白質(zhì)組學研究 （廣州站）

12:00 – 13:30      午餐及午休

13:30 – 14:45      蛋白質(zhì)組學常用數(shù)據(jù)庫及使用方法

                    —介紹常用的蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)庫的特點，應用范圍及操作方法

14:45 – 15:45      蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)的深度注釋與生物通路分析

                    —蛋白功能注釋與生物學效應分析

                    —蛋白質(zhì)的功能異常與疾病的關(guān)聯(lián)

                    —蛋白與蛋白及蛋白與小分子相互作用網(wǎng)絡

                    —蛋白上游調(diào)節(jié)因子

15:45 – 16:00      茶歇                          

16:00 – 17:00      蛋白質(zhì)組學與其它組學數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析

                    —蛋白質(zhì)組學與轉(zhuǎn)錄組學關(guān)聯(lián)分析

                    實例解析

                    —蛋白質(zhì)組學與代謝組學關(guān)聯(lián)分析

                    實例解析

17:00 – 17:30      答疑